t/Matrix/Matrix.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 77);
  11
  12         use_ok('Bio::Matrix::Generic');
  13         use_ok('Bio::Matrix::IO');
  14 }
  15
  16 my $raw = [ [ 0, 10, 20],
  17             [ 2, 17,  4],
  18             [ 3,  4,  5] ];
  19
  20 my $matrix = Bio::Matrix::Generic->new(-values => $raw,
  21                                       -matrix_id  => 'fakeid00',
  22                                       -matrix_name=> 'matname',
  23                                       -rownames   => [qw(A B C)],
  24                                       -colnames   => [qw(D E F)] );
  25
  26 is($matrix->matrix_name, 'matname');
  27 is($matrix->matrix_id,   'fakeid00');
  28 is($matrix->entry('A','F'), $raw->[0]->[2]);
  29 my @colE = $matrix->get_column('E');
  30 is($colE[0], $raw->[0]->[1]);
  31 is($colE[1], $raw->[1]->[1]);
  32 is($colE[2], $raw->[2]->[1]);
  33
  34 my @rowC = $matrix->get_row('C');
  35 is($rowC[0], $raw->[2]->[0]);
  36 is($rowC[1], $raw->[2]->[1]);
  37 is($rowC[2], $raw->[2]->[2]);
  38
  39 is($matrix->row_num_for_name('A'),0);
  40 is($matrix->column_num_for_name('D'),0);
  41
  42 is($matrix->row_header(1),'B');
  43 is($matrix->column_header(0),'D');
  44
  45 is($matrix->add_row(1, 'b', [qw(21 13 14)]),4);
  46 is($matrix->add_column(2, 'f', [qw(71 81 14 3)]),4);
  47
  48 is($matrix->add_row(4, 'c', [qw(22 11 17)]),5);
  49 is($matrix->remove_row(4),4);
  50
  51 is($matrix->add_column(4, 'g', [qw(11 10 100 71)]),5);
  52 is($matrix->remove_column(4),4);
  53
  54 is($matrix->row_num_for_name('B'),2);
  55 is($matrix->row_num_for_name('b'),1);
  56
  57 is($matrix->column_num_for_name('D'),0);
  58 is($matrix->column_num_for_name('F'),3);
  59 is($matrix->column_num_for_name('f'),2);
  60
  61 is($matrix->row_header(2),'B');
  62
  63 is($matrix->column_header(3),'F');
  64
  65 is($matrix->get_entry('b', 'f'), 81);
  66
  67
  68 # read in a scoring matrix
  69
  70 my $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'scoring',
  71                               -file   => test_input_file('BLOSUM50'));
  72 my $blosum_matrix = $io->next_matrix;
  73 isa_ok($blosum_matrix,'Bio::Matrix::Scoring');
  74 is($blosum_matrix->entropy, 0.4808);
  75 is($blosum_matrix->expected_score, -0.3573);
  76 is($blosum_matrix->scale, '1/3');
  77 is($blosum_matrix->get_entry('*','A'), -5);
  78 is($blosum_matrix->get_entry('V','Y'), -1);
  79 is($blosum_matrix->get_entry('Y','V'), -1);
  80 is($blosum_matrix->get_entry('L','I'), 2);
  81 my @diag = $blosum_matrix->get_diagonal;
  82 is($diag[2],7);
  83 my @row = $blosum_matrix->get_row('D');
  84 is($row[5], $blosum_matrix->get_entry('D','Q'));
  85 is($blosum_matrix->num_rows,24);
  86 is($blosum_matrix->num_columns,24);
  87
  88 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'scoring',
  89                            -file   => test_input_file('PAM250'));
  90 my $pam_matrix = $io->next_matrix;
  91 isa_ok($pam_matrix, 'Bio::Matrix::Scoring');
  92 is($pam_matrix->entropy, 0.354);
  93 is($pam_matrix->expected_score, -0.844);
  94 is($pam_matrix->scale, 'ln(2)/3');
  95 is($pam_matrix->num_rows,24);
  96 is($pam_matrix->get_entry('G','*'), -8);
  97 is($pam_matrix->get_entry('V','Y'), -2);
  98 is($pam_matrix->get_entry('Y','V'), -2);
  99 is($pam_matrix->get_entry('L','I'), 2);
 100 @diag = $pam_matrix->get_diagonal;
 101 is($diag[2],2);
 102 @row = $pam_matrix->get_row('D');
 103 is($row[5], $pam_matrix->get_entry('D','Q'));
 104
 105 # test Phylip parsing
 106
 107 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format  => 'phylip',
 108                           -program => 'phylipdist',
 109                           -file    => test_input_file('phylipdist.out'));
 110
 111 my $phy = $io->next_matrix;
 112 is $phy->program, 'phylipdist';
 113 is $phy->get_entry('Alpha','Beta'), '4.23419';
 114 is $phy->get_entry('Gamma','Alpha'),'3.63330';
 115
 116 my @column =  $phy->get_column('Alpha');
 117 is $column[0], '0.00000';
 118 is $column[1], '4.23419';
 119 is $column[2], '3.63330';
 120 is $column[3], '6.20865';
 121 is $column[4], '3.45431';
 122
 123 @row    = $phy->get_row('Gamma');
 124 is $row[0], '3.63330';
 125 is $row[1], '3.49289';
 126 is $row[2], '0.00000';
 127 is $row[3], '3.68733';
 128 is $row[4], '5.84929';
 129
 130 @diag   = $phy->get_diagonal;
 131
 132 is $diag[0], '0.00000';
 133 is $diag[1], '0.00000';
 134 is $diag[2], '0.00000';
 135 is $diag[3], '0.00000';
 136 is $diag[4], '0.00000';
 137
 138
 139 # test mlagan parsing
 140
 141 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'mlagan',
 142                                                   -file   => test_input_file('nucmatrix.txt'));
 143
 144 my $mlag = $io->next_matrix;
 145 is $mlag->get_entry('A', 'C'), -150;
 146 is $mlag->get_entry('.', 'A'), 0;
 147 is $mlag->gap_open, -300;
 148 is $mlag->gap_continue, -25;
 149
 150 # test output round-trip
 151 $mlag->entry('A', 'C', -149);
 152 $mlag->gap_open(-150);
 153 $mlag->gap_continue(-5);
 154
 155 my $out = test_output_file();
 156 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'mlagan',
 157                                                   -file   => ">$out");
 158 $io->write_matrix($mlag);
 159
 160 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'mlagan',
 161                                                   -file   => $out);
 162 $mlag = $io->next_matrix;
 163 is $mlag->get_entry('A', 'C'), -149;
 164 is $mlag->gap_open, -150;
 165 is $mlag->gap_continue, -5;