t/Tools/Alignment/Consed.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 #####
   5 #
   6 # this script simply tests parsing ace* files
   7 # - it cares nothing about the chromat_dir,phd_dir,edit_dir types of things
   8 #
   9 #####
  10
  11 use strict;
  12
  13 BEGIN {
  14     use lib '.';
  15         use Bio::Root::Test;
  16
  17         test_begin(-tests => 15);
  18
  19         use_ok('Bio::Tools::Alignment::Consed');
  20 }
  21
  22 my $DEBUG = test_debug();
  23
  24 # scope some variables
  25 my($o_consed,@singlets,@singletons,@pairs,@doublets,@multiplets,$invoker);
  26
  27 # instantiate a new object
  28 my $passed_in_acefile = test_input_file('acefile.ace.1');
  29 $o_consed = Bio::Tools::Alignment::Consed->new(-acefile => $passed_in_acefile);
  30 ok defined $o_consed, 'new CSM::Consed object was created';
  31
  32 $o_consed->verbose($DEBUG);
  33
  34 isa_ok($o_consed,'Bio::Tools::Alignment::Consed');
  35
  36 isnt($o_consed->set_singlets(), 1,  'singlets can be successfully set');
  37
  38 @singlets = $o_consed->get_singlets();
  39 is (scalar(@singlets), 65, 'singlets can be retrieved');
  40
  41 isnt ($o_consed->set_doublets(), 1, 'doublets can be set');
  42
  43 ok @doublets = $o_consed->get_doublets(), 'doublets can be retreived';
  44
  45 print(scalar(@doublets)." doublets were found\n") if ($DEBUG > 0);
  46 is (scalar(@doublets), 45, 'doublets can be retrieved');
  47
  48 @pairs = $o_consed->get_pairs();
  49 is (scalar(@pairs),1, 'pairs can be retrieved');
  50
  51 @multiplets = $o_consed->get_multiplets();
  52 is (scalar(@multiplets), 4, 'multiplets can be retrieved');
  53
  54 @singletons = $o_consed->get_singletons();
  55 is (scalar(@singletons), 3, 'singletons can be retrieved');
  56 my($total_object_sequences, $total_grep_sequences);
  57 is($total_grep_sequences = $o_consed->count_sequences_with_grep(), 179, 'how many sequences there are in the acefile _and_ in the singlets file');
  58
  59 is($total_object_sequences = $o_consed->sum_lets("total_only"),179, 'statistics from the Bio::Tools::Alignment::Consed object to compare the total number of sequences accounted for there to the number of sequences found via grep');
  60 print("Match?\n") if($DEBUG > 0) ;
  61 is ($total_object_sequences, $total_grep_sequences);
  62
  63 print("These are the statistics. Look right? ".$o_consed->sum_lets()."\n") if($DEBUG > 0);
  64 is($o_consed->sum_lets(),'Singt/singn/doub/pair/mult/total : 65,3,45(90),1(2),4(19),179');
  65
  66 print("Dumping out the hash in a compact way...\n")if($DEBUG > 0)  ;
  67 $o_consed->dump_hash_compact() if($DEBUG > 0)  ;
  68
  69 # print("Dumping out the hash in an ugly way...\n");
  70 # $o_consed->dump_hash();
  71
  72 sub allele_script {
  73         my($a,$trunc,$rev);
  74         ok defined $a,
  75         isa_ok $a, 'Bio::Variation::Allele';
  76
  77         is $a->accession_number(), 'X677667';
  78         is $a->seq(), 'ACTGACTGACTG';
  79         is $a->display_id(),'new-id' ;
  80         is $a->desc, 'Sample Bio::Seq object';
  81         is $a->moltype(), 'dna';
  82
  83         ok defined($trunc = $a->trunc(1,4));
  84         is $trunc->seq(), 'ACTG', "Expecting ACTG. Got ". $trunc->seq();
  85
  86         ok defined($rev = $a->revcom());
  87         is $rev->seq(), 'CAGTCAGTCAGT';
  88
  89         $a->is_reference(1);
  90         ok $a->is_reference;
  91
  92         $a->repeat_unit('ACTG');
  93         is $a->repeat_unit, 'ACTG';
  94
  95         $a->repeat_count(3);
  96         is $a->repeat_count, 3;
  97 }