t/Ontology/GOterm.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9     use Bio::Root::Test;
  10
  11     test_begin(-tests => 62,
  12                -requires_module => 'Graph::Directed');
  13
  14     use_ok('Bio::Ontology::GOterm');
  15     use_ok('Bio::Ontology::Ontology');
  16         use_ok('Bio::Annotation::DBLink');
  17 }
  18
  19 my $obj = Bio::Ontology::GOterm->new();
  20
  21 # note that all *dblink* methods are now deprecated...
  22
  23 isa_ok( $obj,"Bio::Ontology::GOterm");
  24
  25 $obj->init();
  26
  27 like( $obj->to_string(), qr'-- GO id:' );
  28
  29 is( $obj->GO_id( "GO:0003947" ), "GO:0003947" );
  30 is( $obj->GO_id(), "GO:0003947" );
  31
  32
  33 is( $obj->get_dbxrefs(), 0 );
  34
  35 my @dblinks = (Bio::Annotation::DBLink->new(-primary_id => 'dAA'),
  36                                  Bio::Annotation::DBLink->new(-primary_id => 'dAB'));
  37
  38 $obj->add_dbxref( -dbxrefs => \@dblinks );
  39 is( scalar($obj->get_dbxrefs()), 2 );
  40 my @df1 = $obj->get_dbxrefs();
  41 is( $df1[ 0 ]->display_text, "dAA" );
  42 is( $df1[ 1 ]->display_text, "dAB" );
  43 is( $obj->get_dbxrefs(), 2 );
  44
  45 my @df2 = $obj->remove_dbxrefs();
  46 is( $df2[ 0 ]->display_text, "dAA" );
  47 is( $df2[ 1 ]->display_text, "dAB" );
  48
  49 is( $obj->get_dbxrefs(), 0 );
  50 is( $obj->remove_dbxrefs(), 0 );
  51
  52
  53 is( $obj->get_secondary_GO_ids(), 0 );
  54
  55 $obj->add_secondary_GO_id( ( "GO:0000000", "GO:1234567" ) );
  56 is( scalar($obj->get_secondary_GO_ids()), 2 );
  57 my @si1 = $obj->get_secondary_GO_ids();
  58 is( $si1[ 0 ], "GO:0000000" );
  59 is( $si1[ 1 ], "GO:1234567" );
  60 is( $obj->get_secondary_GO_ids(), 2 );
  61
  62 my @si2 = $obj->remove_secondary_GO_ids();
  63 is( $si2[ 0 ], "GO:0000000" );
  64 is( $si2[ 1 ], "GO:1234567" );
  65
  66 is( $obj->get_secondary_GO_ids(), 0 );
  67 is( $obj->remove_secondary_GO_ids(), 0 );
  68
  69
  70
  71 is( $obj->identifier( "0003947" ), "0003947" );
  72 is( $obj->identifier(), "0003947" );
  73
  74 is( $obj->name( "N-acetylgalactosaminyltransferase" ), "N-acetylgalactosaminyltransferase" );
  75 is( $obj->name(), "N-acetylgalactosaminyltransferase" );
  76
  77 is( $obj->definition( "Catalysis of ..." ), "Catalysis of ..." );
  78 is( $obj->definition(), "Catalysis of ..." );
  79
  80 is( $obj->version( "666" ), "666" );
  81 is( $obj->version(), "666" );
  82
  83 ok( $obj->ontology( "category 1 name" ) );
  84 is( $obj->ontology()->name(), "category 1 name" );
  85
  86 my $ont = Bio::Ontology::Ontology->new();
  87 ok( $ont->name( "category 2 name" ) );
  88
  89 ok( $obj->ontology( $ont ) );
  90 is( $obj->ontology()->name(), "category 2 name" );
  91
  92 is( $obj->is_obsolete( 1 ), 1 );
  93 is( $obj->is_obsolete(), 1 );
  94
  95 is( $obj->comment( "Consider the term ..." ), "Consider the term ..." );
  96 is( $obj->comment(), "Consider the term ..." );
  97
  98 is( $obj->get_synonyms(), 0 );
  99
 100 $obj->add_synonym( ( "AA", "AB" ) );
 101 my @al1 = $obj->get_synonyms();
 102 is( scalar(@al1), 2 );
 103 is( $al1[ 0 ], "AA" );
 104 is( $al1[ 1 ], "AB" );
 105
 106 my @al2 = $obj->remove_synonyms();
 107 is( $al2[ 0 ], "AA" );
 108 is( $al2[ 1 ], "AB" );
 109
 110 is( $obj->get_synonyms(), 0 );
 111 is( $obj->remove_synonyms(), 0 );
 112
 113 $obj->add_synonym( ( "AA", "AB" ) );
 114 $obj->add_dbxref( -dbxrefs => \@dblinks );
 115 $obj->add_secondary_GO_id( ( "GO:1234567", "GO:1234567" ) );
 116
 117 $obj->init();
 118 is( $obj->identifier(), undef ); # don't make up identifiers
 119 is( $obj->name(), undef );
 120 is( $obj->definition(), undef );
 121 is( $obj->is_obsolete(), 0 );
 122 is( $obj->comment(), undef );
 123
 124
 125 $obj = Bio::Ontology::GOterm->new( -go_id       => "0016847",
 126                                    -name        => "1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase",
 127                                    -definition  => "Catalysis of ...",
 128                                    -is_obsolete => 0,
 129                                    -version     => "6.6.6",
 130                                    -ontology    => "cat",
 131                                    -comment     => "X" );
 132
 133 is( $obj->identifier(), "GO:0016847" );
 134 is( $obj->name(), "1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase" );
 135 is( $obj->definition(), "Catalysis of ..." );
 136 is( $obj->is_obsolete(), 0 );
 137 is( $obj->comment(), "X" );
 138 is( $obj->version(), "6.6.6" );
 139 is( $obj->ontology()->name(), "cat" );