t/Ontology/Ontology.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(
  11         -tests           => 55,
  12         -requires_module => 'Graph'
  13     );
  14
  15     use_ok('Bio::OntologyIO');
  16     use_ok('Bio::Ontology::RelationshipType');
  17 }
  18
  19 my $IS_A    = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("IS_A");
  20 my $PART_OF = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("PART_OF");
  21
  22 my $parser = Bio::OntologyIO->new(
  23     -format => "soflat",
  24     -file   => test_input_file('sofa.ontology')
  25 );
  26
  27 my $ont = $parser->next_ontology();
  28 isa_ok( $ont, 'Bio::Ontology::Ontology' );
  29 is( $ont->name, "Sequence Feature Ontology" );
  30
  31 my @roots = $ont->get_root_terms();
  32 is( scalar(@roots),          1 );
  33 is( $roots[0]->name(),       "Sequence_Feature_Ontology" );
  34 is( $roots[0]->identifier(), "SO:0000000" );
  35
  36 my @terms = $ont->get_child_terms( $roots[0] );
  37 is( scalar(@terms),    1 );
  38 is( $terms[0]->name(), "sofa" );
  39 @terms = $ont->get_child_terms( $terms[0] );
  40 is( scalar(@terms),    1 );
  41 is( $terms[0]->name(), "feature" );
  42 my $featterm = $terms[0];
  43 @terms = $ont->get_child_terms($featterm);
  44 is( scalar(@terms), 10 );
  45
  46 # oligonucleotide has two parents, see whether this is handled
  47 @terms = $ont->get_descendant_terms($featterm);
  48 my ($term) = grep { $_->name() eq "oligonucleotide"; } @terms;
  49 ok $term;
  50
  51 #TODO: {
  52 #       local $TODO = '$term->identifier()';
  53 is( $term->identifier(), "SO:0000696" );
  54
  55 #}
  56
  57 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term);
  58 is( scalar(@terms), 7 );
  59 is( scalar( grep { $_->name() eq "remark"; } @terms ),  1 );
  60 is( scalar( grep { $_->name() eq "reagent"; } @terms ), 1 );
  61
  62 # processed_transcript has part-of and is-a children
  63 @terms = $ont->get_descendant_terms($featterm);
  64 ($term) = grep { $_->name() eq "processed_transcript"; } @terms;
  65 ok $term;
  66
  67 #TODO: {
  68 #       local $TODO = '$term->identifier()';
  69 is( $term->identifier(), "SO:0000233" );
  70
  71 #}
  72
  73 @terms = $ont->get_child_terms($term);
  74 is( scalar(@terms), 4 );
  75 @terms = $ont->get_child_terms( $term, $PART_OF );
  76 is( scalar(@terms), 2 );
  77 @terms = $ont->get_child_terms( $term, $IS_A );
  78 is( scalar(@terms), 2 );
  79 @terms = $ont->get_child_terms( $term, $PART_OF, $IS_A );
  80 is( scalar(@terms), 4 );
  81
  82 # now all descendants:
  83 @terms = $ont->get_descendant_terms($term);
  84 is( scalar(@terms), 13 );
  85 @terms = $ont->get_descendant_terms( $term, $PART_OF );
  86 is( scalar(@terms), 2 );
  87 @terms = $ont->get_descendant_terms( $term, $IS_A );
  88 is( scalar(@terms), 5 );
  89 @terms = $ont->get_descendant_terms( $term, $PART_OF, $IS_A );
  90 is( scalar(@terms), 13 );
  91
  92 # TF_binding_site has 2 parents and different relationships in the two
  93 # paths up (although the relationships to its two parents are of the
  94 # same type, namely is-a)
  95 @terms = $ont->get_descendant_terms($featterm);
  96 ($term) = grep { $_->name() eq "TF_binding_site"; } @terms;
  97 ok $term;
  98
  99 #TODO: {
 100 #       local $TODO = '$term->identifier()';
 101 is( $term->identifier(), "SO:0000235" );
 102
 103 #}
 104
 105 @terms = $ont->get_parent_terms($term);
 106 is( scalar(@terms), 2 );
 107 my ($pterm) = grep { $_->name eq "regulatory_region"; } @terms;
 108 ok $pterm;
 109 @terms = $ont->get_parent_terms( $term, $PART_OF );
 110 is( scalar(@terms), 0 );
 111 @terms = $ont->get_parent_terms( $term, $IS_A );
 112 is( scalar(@terms), 2 );
 113 @terms = $ont->get_parent_terms( $term, $PART_OF, $IS_A );
 114 is( scalar(@terms), 2 );
 115
 116 # now all ancestors:
 117 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term);
 118 is( scalar(@terms), 6 );
 119 @terms = $ont->get_ancestor_terms( $term, $PART_OF );
 120 is( scalar(@terms), 0 );
 121 @terms = $ont->get_ancestor_terms( $pterm, $PART_OF );
 122 is( scalar(@terms), 1 );
 123 @terms = $ont->get_ancestor_terms( $term, $IS_A );
 124 is( scalar(@terms), 5 );
 125 @terms = $ont->get_ancestor_terms( $pterm, $IS_A );
 126 is( scalar(@terms), 0 );
 127 @terms = $ont->get_ancestor_terms( $term, $PART_OF, $IS_A );
 128 is( scalar(@terms), 6 );
 129
 130 # pull out all relationships
 131 my @rels = $ont->get_relationships();
 132 my @relset = grep { $_->object_term->name eq "sofa"; } @rels;
 133 is( scalar(@relset), 1 );
 134 @relset = grep { $_->subject_term->name eq "sofa"; } @rels;
 135 is( scalar(@relset), 1 );
 136 @relset = grep { $_->object_term->name eq "feature"; } @rels;
 137 is( scalar(@relset), 10 );
 138 @relset = grep { $_->subject_term->name eq "feature"; } @rels;
 139 is( scalar(@relset), 1 );
 140 @relset = grep { $_->object_term->identifier eq "SO:0000233"; } @rels;
 141 is( scalar(@relset), 4 );
 142 @relset = grep { $_->predicate_term->name eq "IS_A" } @relset;
 143 is( scalar(@relset), 2 );
 144
 145 # relationships for a specific term only
 146 ($term) = $ont->find_terms( -identifier => "SO:0000233" );
 147 ok($term);
 148 is( $term->identifier, "SO:0000233" );
 149 is( $term->name,       "processed_transcript" );
 150 @rels = $ont->get_relationships($term);
 151 is( scalar(@rels), 5 );
 152 @relset = grep { $_->predicate_term->name eq "IS_A"; } @rels;
 153 is( scalar(@relset), 3 );
 154 @relset = grep { $_->object_term->identifier eq "SO:0000233"; } @rels;
 155 is( scalar(@relset), 4 );
 156
 157 SKIP: {
 158     test_skip(-tests    => 3, -requires_module => 'XML::Parser::PerlSAX');
 159     for my $file (qw/interpro.xml interpro_sample.xml interpro_relationship.xml/) {
 160         my $parser = Bio::OntologyIO->new(
 161             -format => "interpro",
 162             -file   => test_input_file($file),
 163         );
 164         ok( $parser->next_ontology, "Interpro XML file $file can be parsed" );
 165     }
 166 }
 167