docs/overview.md

   1 # Clusters Overview
   2 ![cluster](img/cluster.png)
   3
   4 ## Quick basics
   5
   6 * Connect by command line ssh to one of the head nodes,
   7 `ssh math-alderaan.ucdenver.pvt` or `ssh clas-compute.ucdenver.pvt`
   8 using your university username and password.
   9
  10 * Write a job script, say `myjob`, with the commands to execute and special
  11  comments how many cores and which kind of node it needs (=partition name). See
  12   [examples](../examples) for details.
  13
  14 * Submit the script to the SLURM scheduler by `sbatch myjob`
  15
  16 * The scheduler finds a compute node with enough free cores, marks the cores as allocated, and starts executing the job script on the node.
  17
  18
  19 ## More basics
  20
  21 * If you need special software that is not installed on the compute nodes, have the job execute your code in a [singularity container](../singularity), which can carry the complete software environment with it.
  22
  23 * Request estimated number of cores your code needs if you do not know exactly how many (e.g., some codes in R)
  24
  25 * If you want your job to run for a long time (weeks and more): use the math-score partition
  26
  27 * If you run sofware that needs [modules](../modules) loaded first: load the modules in your job script. **On alderaan only**
  28
  29 * If you have MPI code to use multiple cores and nodes as a single large computer, ask
  30  for enough cores and run your executable as argument to `mpirun` command. Make
  31  sure you use the same MPI version (GNU or Intel) to build and run the code.
  32  See `/home/jmandel/templates` for examples. **On alderaan only**
  33
  34 * If you need to run interactively, not a script, ssh from `clas-compute.ucdenver.pvt`
  35 to one of the interactive nodes, `math-colibri-i01` or `math-colibri-i02`. Or, run
  36 interactively on a more powerful alderaan node by entering the magic line
  37     `srun --pty -N 1 -n 1 -t 1:00:00 -p math-alderaan /bin/bash -l`
  38 on math-alderaan. This command will start an interactive shell job on one alderaan
  39 core for one hour max and transfer you to that shell session.
  40
  41 * If you need to run in [Python](../python) with custom environments.
  42
  43 * Sorry the graphical web access for Jupyterhub, Rstudio, remote desktop, etc., does not work yet.
  44