t/chromosome.t

   1
   2 use strict;
   3
   4 use Test::More tests=>35;
   5
   6 use CXGN::Cview::Chromosome;
   7 use CXGN::Cview::Marker;
   8
   9 my @markers = ( [ 'm1', 2 ], [ 'm2', 5 ], [ 'm3', 15 ], [ 'm4', 27 ], [ 'm5', 27 ], [ 'm6', 30 ], [ 'm7', 45 ] );
  10
  11 my $c = CXGN::Cview::Chromosome->new();
  12
  13 $c->set_length(100);
  14 $c->set_height(50);
  15 $c->set_caption("foo");
  16 $c->set_url("http://www.google.com/");
  17 $c->set_units("cM");
  18 $c->set_labels_right();
  19 $c->set_display_marker_offset(1);
  20
  21 is($c->get_length(), 100, "length test");
  22
  23 is($c->get_caption(), "foo", "caption test");
  24 is($c->get_height(), 50, "height test");
  25 is($c->get_url(), "http://www.google.com/", "url test");
  26 is($c->get_units(), "cM", "map units test");
  27 is($c->get_label_side(), "right", "label side test");
  28
  29 foreach my $m (@markers) {
  30     my $marker = CXGN::Cview::Marker->new($c);
  31     $marker->set_marker_name($m->[0]);
  32     $marker->get_label()->set_name($m->[0]);
  33     $marker->set_offset($m->[1]);
  34     $c->add_marker($marker);
  35 }
  36
  37 my @marker_objects = $c->get_markers();
  38
  39 is(@marker_objects, 7, "marker count test");
  40
  41 for (my $i=0; $i<$c->get_markers(); $i++) {
  42     is($marker_objects[$i]->get_label()->get_name(), $markers[$i]->[0], "label name test ".$i);
  43     is($marker_objects[$i]->get_offset(), $markers[$i]->[1], "offset test $i");
  44     is($marker_objects[$i]->get_label()->get_Y(), undef, "label offset test $i");
  45 }
  46
  47 $c->distribute_labels();
  48
  49 my @new = (-32, -19, -6, 6, 19, 32, 45);
  50 for (my $i=0; $i<@marker_objects; $i++) {
  51     is($marker_objects[$i]->get_label()->get_Y(), $new[$i], "distributed label position test $i");
  52
  53 }