share/top/amber99sb.ff/aminoacids.arn

   1 ; atom renaming specification
   2 ; residue   gromacs  forcefield
   3   NALA       H               H1
   4   NGLY       H               H1
   5   NSER       H               H1
   6   NTHR       H               H1
   7   NLEU       H               H1
   8   NILE       H               H1
   9   NVAL       H               H1
  10   NASN       H               H1
  11   NGLN       H               H1
  12   NARG       H               H1
  13   NHID       H               H1
  14   NHIE       H               H1
  15   NHIP       H               H1
  16   NTRP       H               H1
  17   NPHE       H               H1
  18   NTYR       H               H1
  19   NGLU       H               H1
  20   NASP       H               H1
  21   NLYS       H               H1
  22   NPRO       H               H1
  23   NCYS       H               H1
  24   NCYX       H               H1
  25   NMET       H               H1
  26   NGLH       H               H1
  27   NASP       H               H1
  28 ; This mapping of O->OC2 and OXT->OC1 might look a bit strange,
  29 ; but when we rebuild an oxygen it will be placed directly after C, so
  30 ; this mapping makes sure OC1 comes before OC2. The oxygens are anyway chemically
  31 ; equivalent, and if you already had their coordinates present they will be kept intact.
  32   CALA       O               OC2
  33   CALA       OXT             OC1
  34   CGLY       O               OC2
  35   CGLY       OXT             OC1
  36   CSER       O               OC2
  37   CSER       OXT             OC1
  38   CTHR       O               OC2
  39   CTHR       OXT             OC1
  40   CLEU       O               OC2
  41   CLEU       OXT             OC1
  42   CILE       O               OC2
  43   CILE       OXT             OC1
  44   CVAL       O               OC2
  45   CVAL       OXT             OC1
  46   CASN       O               OC2
  47   CASN       OXT             OC1
  48   CGLN       O               OC2
  49   CGLN       OXT             OC1
  50   CARG       O               OC2
  51   CARG       OXT             OC1
  52   CHID       O               OC2
  53   CHID       OXT             OC1
  54   CHIE       O               OC2
  55   CHIE       OXT             OC1
  56   CHIP       O               OC2
  57   CHIP       OXT             OC1
  58   CTRP       O               OC2
  59   CTRP       OXT             OC1
  60   CPHE       O               OC2
  61   CPHE       OXT             OC1
  62   CTYR       O               OC2
  63   CTYR       OXT             OC1
  64   CGLU       O               OC2
  65   CGLU       OXT             OC1
  66   CASP       O               OC2
  67   CASP       OXT             OC1
  68   CLYS       O               OC2
  69   CLYS       OXT             OC1
  70   CPRO       O               OC2
  71   CPRO       OXT             OC1
  72   CCYS       O               OC2
  73   CCYS       OXT             OC1
  74   CCYX       O               OC2
  75   CCYX       OXT             OC1
  76   CMET       O               OC2
  77   CMET       OXT             OC1
  78   CGLH       O               OC2
  79   CGLH       OXT             OC1
  80   CASH       O               OC2
  81   CASH       OXT             OC1
  82
  83