share/top/oplsaa.ff/aminoacids.rtp

   1 ; New format introduced in Gromacs 3.1.4.
   2 ; Dont use this forcefield with earlier versions.
   3
   4 ; This residue database includes new reparameterized sidechain dihedrals
   5 ; from Kaminski et al (JPCB, 2001) that override the default atomtype-based
   6 ; dihedrals. We use set 2 for SER and THR, set 2 for ASP, and the better
   7 ; separate dihedrals for LEU and VAL instead of the combined ones, since we
   8 ; can specify them here without using introducing extra atom types.
   9 ; (That was the reason they were combined in the paper).
  10
  11 ; NB: OPLS chargegroups are not strictly neutral, since we mainly
  12 ; use them to optimize the neighborsearching. For accurate simulations
  13 ; you should use PME.
  14
  15 [ bondedtypes ]
  16 ; Col 1: Type of bond
  17 ; Col 2: Type of angles
  18 ; Col 3: Type of proper dihedrals
  19 ; Col 4: Type of improper dihedrals
  20 ; Col 5: Generate all dihedrals if 1, only heavy atoms of 0.
  21 ; Col 6: Number of excluded neighbors for nonbonded interactions
  22 ; Col 7: Generate 1,4 interactions between pairs of hydrogens if 1
  23 ; Col 8: Remove propers over the same bond as an improper if it is 1
  24 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
  25      1       1          3          1        1         3      1     0
  26
  27 [ ACE ]
  28  [ atoms ]
  29    CH3    opls_135   -0.180     1
  30   HH31    opls_140    0.060     1
  31   HH32    opls_140    0.060     1
  32   HH33    opls_140    0.060     1
  33      C    opls_235    0.500     2
  34      O    opls_236   -0.500     2
  35  [ bonds ]
  36    CH3  HH31
  37    CH3  HH32
  38    CH3  HH33
  39    CH3     C
  40      C     O
  41 [ impropers ]
  42   CH3    +N    C      O     improper_O_C_X_Y
  43
  44 [ ALA ]
  45  [ atoms ]
  46      N    opls_238   -0.500     1
  47      H    opls_241    0.300     1
  48     CA    opls_224B   0.140     1
  49     HA    opls_140    0.060     1
  50     CB    opls_135   -0.180     2
  51    HB1    opls_140    0.060     2
  52    HB2    opls_140    0.060     2
  53    HB3    opls_140    0.060     2
  54      C    opls_235    0.500     3
  55      O    opls_236   -0.500     3
  56  [ bonds ]
  57      N     H
  58      N    CA
  59     CA    HA
  60     CA    CB
  61     CA     C
  62     CB   HB1
  63     CB   HB2
  64     CB   HB3
  65      C     O
  66     -C     N
  67  [ impropers ]
  68     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
  69     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
  70
  71
  72 [ AIB ]
  73  [ atoms ]
  74      N    opls_238   -0.500     1
  75      H    opls_241    0.300     1
  76     CA    opls_225B   0.200     1
  77    CB1    opls_135   -0.180     2
  78   HB11    opls_140    0.060     2
  79   HB12    opls_140    0.060     2
  80   HB13    opls_140    0.060     2
  81    CB2    opls_135   -0.180     3
  82   HB21    opls_140    0.060     3
  83   HB22    opls_140    0.060     3
  84   HB23    opls_140    0.060     3
  85      C    opls_235    0.500     4
  86      O    opls_236   -0.500     4
  87  [ bonds ]
  88      N     H
  89      N    CA
  90     CA   CB1
  91     CA   CB2
  92     CA     C
  93    CB1  HB11
  94    CB1  HB12
  95    CB1  HB13
  96    CB2  HB21
  97    CB2  HB22
  98    CB2  HB23
  99      C     O
 100     -C     N
 101  [ impropers ]
 102     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 103     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 104
 105
 106 [ ARG ]
 107  [ atoms ]
 108      N    opls_238   -0.500     1
 109      H    opls_241    0.300     1
 110     CA    opls_224B   0.140     1
 111     HA    opls_140    0.060     1
 112     CB    opls_136   -0.120     2
 113    HB1    opls_140    0.060     2
 114    HB2    opls_140    0.060     2
 115     CG    opls_308   -0.050     3
 116    HG1    opls_140    0.060     3
 117    HG2    opls_140    0.060     3
 118     CD    opls_307    0.190     4
 119    HD1    opls_140    0.060     4
 120    HD2    opls_140    0.060     4
 121     NE    opls_303   -0.700     5
 122     HE    opls_304    0.440     5
 123     CZ    opls_302    0.640     5
 124    NH1    opls_300   -0.800     6
 125   HH11    opls_301    0.460     6
 126   HH12    opls_301    0.460     6
 127    NH2    opls_300   -0.800     7
 128   HH21    opls_301    0.460     7
 129   HH22    opls_301    0.460     7
 130      C    opls_235    0.500     8
 131      O    opls_236   -0.500     8
 132  [ bonds ]
 133      N     H
 134      N    CA
 135     CA    HA
 136     CA    CB
 137     CA     C
 138     CB   HB1
 139     CB   HB2
 140     CB    CG
 141     CG   HG1
 142     CG   HG2
 143     CG    CD
 144     CD   HD1
 145     CD   HD2
 146     CD    NE
 147     NE    HE
 148     NE    CZ
 149     CZ   NH1
 150     CZ   NH2
 151    NH1  HH11
 152    NH1  HH12
 153    NH2  HH21
 154    NH2  HH22
 155      C     O
 156     -C     N
 157  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 158      N    CA    CB    CG    dih_ARG_chi1_N_C_C_C
 159     CG    CB    CA     C    dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
 160  [ impropers ]
 161     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 162     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 163     CD    CZ    NE    HE    improper_Z_N_X_Y
 164     NE   NH1    CZ   NH2    improper_O_C_X_Y
 165     CZ  HH11   NH1  HH12    improper_Z_N_X_Y
 166     CZ  HH21   NH2  HH22    improper_Z_N_X_Y
 167
 168 [ ARGN ]
 169  [ atoms ]
 170      N    opls_238   -0.500     1
 171      H    opls_241    0.300     1
 172     CA    opls_224B   0.140     1
 173     HA    opls_140    0.060     1
 174     CB    opls_136   -0.120     2
 175    HB1    opls_140    0.060     2
 176    HB2    opls_140    0.060     2
 177     CG    opls_308   -0.050     3
 178    HG1    opls_140    0.060     3
 179    HG2    opls_140    0.060     3
 180     CD    opls_748    0.040     4
 181    HD1    opls_140    0.060     4
 182    HD2    opls_140    0.060     4
 183     NE    opls_749   -0.620     5
 184     HE    opls_304    0.350     5; guessed charge
 185     CZ    opls_752    0.550     6
 186    NH1    opls_750   -0.785     6
 187    HH1    opls_301    0.340     6; guessed charge
 188    NH2    opls_751   -0.785     7
 189   HH21    opls_301    0.360     7; guessed charge
 190   HH22    opls_301    0.360     7; guessed charge
 191      C    opls_235    0.500     8
 192      O    opls_236   -0.500     8
 193  [ bonds ]
 194      N     H
 195      N    CA
 196     CA    HA
 197     CA    CB
 198     CA     C
 199     CB   HB1
 200     CB   HB2
 201     CB    CG
 202     CG   HG1
 203     CG   HG2
 204     CG    CD
 205     CD   HD1
 206     CD   HD2
 207     CD    NE
 208     NE    HE
 209     NE    CZ
 210     CZ   NH1
 211     CZ   NH2
 212    NH1   HH1
 213    NH2  HH21
 214    NH2  HH22
 215      C     O
 216     -C     N
 217  [ impropers ]
 218     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 219     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 220     CD    CZ    NE    HE    improper_Z_N_X_Y
 221     NE   NH1    CZ   NH2    improper_O_C_X_Y
 222     CZ  HH21   NH2  HH22    improper_Z_N_X_Y
 223
 224
 225 [ ASN ]
 226  [ atoms ]
 227      N    opls_238   -0.500     0
 228      H    opls_241    0.300     0
 229     CA    opls_224B   0.140     1
 230     HA    opls_140    0.060     1
 231     CB    opls_136   -0.120     2
 232    HB1    opls_140    0.060     2
 233    HB2    opls_140    0.060     2
 234     CG    opls_235    0.500     3
 235    OD1    opls_236   -0.500     3
 236    ND2    opls_237   -0.760     4
 237   HD21    opls_240    0.380     4
 238   HD22    opls_240    0.380     4
 239      C    opls_235    0.500     5
 240      O    opls_236   -0.500     5
 241  [ bonds ]
 242      N     H
 243      N    CA
 244     CA    HA
 245     CA    CB
 246     CA     C
 247     CB   HB1
 248     CB   HB2
 249     CB    CG
 250     CG   OD1
 251     CG   ND2
 252    ND2  HD21
 253    ND2  HD22
 254      C     O
 255     -C     N
 256  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 257      N    CA    CB    CG     dih_ASN_chi1_N_C_C_C
 258     CG    CB    CA     C     dih_ASN_chi1_C_C_C_CO
 259     CA    CB    CG   ND2     dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
 260  [ impropers ]
 261     -C    CA     N     H     improper_Z_N_X_Y
 262     CA    +N     C     O     improper_O_C_X_Y
 263     CB   ND2    CG   OD1     improper_O_C_X_Y
 264     CG  HD21   ND2  HD22     improper_Z_N_X_Y
 265
 266 [ ASP ]
 267  [ atoms ]
 268      N    opls_238   -0.500     1
 269      H    opls_241    0.300     1
 270     CA    opls_224B   0.140     1
 271     HA    opls_140    0.060     1
 272     CB    opls_274   -0.220     2
 273    HB1    opls_140    0.060     2
 274    HB2    opls_140    0.060     2
 275     CG    opls_271    0.700     3
 276    OD1    opls_272   -0.800     3
 277    OD2    opls_272   -0.800     3
 278      C    opls_235    0.500     4
 279      O    opls_236   -0.500     4
 280  [ bonds ]
 281      N     H
 282      N    CA
 283     CA    HA
 284     CA    CB
 285     CA     C
 286     CB   HB1
 287     CB   HB2
 288     CB    CG
 289     CG   OD1
 290     CG   OD2
 291      C     O
 292     -C     N
 293  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 294      N    CA    CB    CG    dih_ASP_chi1_N_C_C_C
 295     CG    CB    CA     C    dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
 296  [ impropers ]
 297     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 298     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 299     CB   OD1    CG   OD2    improper_O_C_X_Y
 300
 301 [ ASPH ]
 302  [ atoms ]
 303      N    opls_238   -0.500     0
 304      H    opls_241    0.300     0
 305     CA    opls_224B   0.140     1
 306     HA    opls_140    0.060     1
 307     CB    opls_136   -0.120     2
 308    HB1    opls_140    0.060     2
 309    HB2    opls_140    0.060     2
 310     CG    opls_267    0.520     3
 311    OD1    opls_269   -0.530     3
 312    OD2    opls_268   -0.440     4
 313    HD2    opls_270    0.450     4
 314      C    opls_235    0.500     5
 315      O    opls_236   -0.500     5
 316  [ bonds ]
 317      N     H
 318      N    CA
 319     CA    HA
 320     CA    CB
 321     CA     C
 322     CB   HB1
 323     CB   HB2
 324     CB    CG
 325     CG   OD1
 326     CG   OD2
 327    OD2   HD2
 328      C     O
 329     -C     N
 330  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 331      N    CA    CB    CG    dih_ASP_chi1_N_C_C_C
 332     CG    CB    CA     C    dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
 333     CB    CG   OD2   HD2    dih_sidechain_COOH_C_C_O_H
 334    OD1    CG   OD2   HD2    dih_sidechain_COOH_O_C_O_H
 335  [ impropers ]
 336     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 337     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 338     CB   OD1    CG   OD2    improper_O_C_X_Y
 339
 340
 341 [ CYS2 ] ; aka CYX
 342  [ atoms ]
 343      N    opls_238   -0.500     1
 344      H    opls_241    0.300     1
 345     CA    opls_224B   0.140     1
 346     HA    opls_140    0.060     1
 347     CB    opls_214    0.0975    2
 348    HB1    opls_140    0.060     2
 349    HB2    opls_140    0.060     2
 350     SG    opls_203   -0.2175    2
 351      C    opls_235    0.500     3
 352      O    opls_236   -0.500     3
 353  [ bonds ]
 354      N     H
 355      N    CA
 356     CA    HA
 357     CA    CB
 358     CA     C
 359     CB   HB1
 360     CB   HB2
 361     CB    SG
 362      C     O
 363     -C     N
 364  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
 365      N    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_N_C_C_S
 366      C    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
 367  [ impropers ]
 368     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 369     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 370
 371 [ CYSH ]
 372  [ atoms ]
 373      N    opls_238   -0.500     1
 374      H    opls_241    0.300     1
 375     CA    opls_224B   0.140     1
 376     HA    opls_140    0.060     1
 377     CB    opls_206    0.060     2
 378    HB1    opls_140    0.060     2
 379    HB2    opls_140    0.060     2
 380     SG    opls_200   -0.335     3
 381     HG    opls_204    0.155     3
 382      C    opls_235    0.500     4
 383      O    opls_236   -0.500     4
 384  [ bonds ]
 385      N     H
 386      N    CA
 387     CA    HA
 388     CA    CB
 389     CA     C
 390     CB   HB1
 391     CB   HB2
 392     CB    SG
 393     SG    HG
 394      C     O
 395     -C     N
 396  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
 397      N    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_N_C_C_S
 398      C    CA    CB    SG    dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
 399  [ impropers ]
 400     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 401     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 402
 403 [ GLN ]
 404  [ atoms ]
 405      N    opls_238   -0.500     0
 406      H    opls_241    0.300     0
 407     CA    opls_224B   0.140     1
 408     HA    opls_140    0.060     1
 409     CB    opls_136   -0.120     2
 410    HB1    opls_140    0.060     2
 411    HB2    opls_140    0.060     2
 412     CG    opls_136   -0.120     3
 413    HG1    opls_140    0.060     3
 414    HG2    opls_140    0.060     3
 415     CD    opls_235    0.500     4
 416    OE1    opls_236   -0.500     4
 417    NE2    opls_237   -0.760     5
 418   HE21    opls_240    0.380     5
 419   HE22    opls_240    0.380     5
 420      C    opls_235    0.500     6
 421      O    opls_236   -0.500     6
 422  [ bonds ]
 423      N     H
 424      N    CA
 425     CA    HA
 426     CA    CB
 427     CA     C
 428     CB   HB1
 429     CB   HB2
 430     CB    CG
 431     CG   HG1
 432     CG   HG2
 433     CG    CD
 434     CD   OE1
 435     CD   NE2
 436    NE2  HE21
 437    NE2  HE22
 438      C     O
 439     -C     N
 440  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
 441      N    CA    CB    CG    dih_GLN_chi1_N_C_C_C
 442     CG    CB    CA     C    dih_GLN_chi1_C_C_C_CO
 443     CB    CG    CD   NE2    dih_GLN_chi3_C_C_CO_N
 444  [ impropers ]
 445     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 446     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 447     CG   NE2    CD   OE1    improper_O_C_X_Y
 448     CD  HE21   NE2  HE22    improper_Z_N_X_Y
 449
 450 ; Charged Glutamine
 451 ; See. Patriksson et al. Int. J. Mass. Spectrom. 248 pp 124-135 (2006)
 452 [ QLN ]
 453  [ atoms ]
 454      N    opls_238   -0.500     0
 455      H    opls_241    0.300     0
 456     CA    opls_224B   0.140     1
 457     HA    opls_140    0.060     1
 458     CB    opls_136   -0.120     2
 459    HB1    opls_140    0.060     2
 460    HB2    opls_140    0.060     2
 461     CG    opls_136    0.054     3
 462    HG1    opls_140    0.131     3
 463    HG2    opls_140    0.131     3
 464     CD    opls_235    0.544     4
 465    OE1    opls_154   -0.496     4
 466    HE1    opls_155    0.498     4
 467    NE2    opls_237   -0.720     5
 468   HE21    opls_240    0.429     5
 469   HE22    opls_240    0.429     5
 470      C    opls_235    0.500     6
 471      O    opls_236   -0.500     6
 472  [ bonds ]
 473      N     H
 474      N    CA
 475     CA    HA
 476     CA    CB
 477     CA     C
 478     CB   HB1
 479     CB   HB2
 480     CB    CG
 481     CG   HG1
 482     CG   HG2
 483     CG    CD
 484     CD   OE1
 485    OE1   HE1
 486     CD   NE2
 487    NE2  HE21
 488    NE2  HE22
 489      C     O
 490     -C     N
 491  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
 492      N    CA    CB    CG    dih_GLN_chi1_N_C_C_C
 493     CG    CB    CA     C    dih_GLN_chi1_C_C_C_CO
 494     CB    CG    CD   NE2    dih_GLN_chi3_C_C_CO_N
 495     CG    CD    OE1  HE1    dih_GLN_chi4_C_C_O_H
 496  [ impropers ]
 497     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 498     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 499     CG   NE2    CD   OE1    improper_O_C_X_Y
 500     CD  HE21   NE2  HE22    improper_Z_N_X_Y
 501     HE1  OE1    CD   NE2    improper_O_C_X_Y
 502
 503
 504 [ GLU ]
 505  [ atoms ]
 506      N    opls_238   -0.500     1
 507      H    opls_241    0.300     1
 508     CA    opls_224B   0.140     1
 509     HA    opls_140    0.060     1
 510     CB    opls_136   -0.120     2
 511    HB1    opls_140    0.060     2
 512    HB2    opls_140    0.060     2
 513     CG    opls_274   -0.220     3
 514    HG1    opls_140    0.060     3
 515    HG2    opls_140    0.060     3
 516     CD    opls_271    0.700     4
 517    OE1    opls_272   -0.800     4
 518    OE2    opls_272   -0.800     4
 519      C    opls_235    0.500     5
 520      O    opls_236   -0.500     5
 521  [ bonds ]
 522      N     H
 523      N    CA
 524     CA    HA
 525     CA    CB
 526     CA     C
 527     CB   HB1
 528     CB   HB2
 529     CB    CG
 530     CG   HG1
 531     CG   HG2
 532     CG    CD
 533     CD   OE1
 534     CD   OE2
 535      C     O
 536     -C     N
 537  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 538      N    CA    CB    CG    dih_GLU_chi1_N_C_C_C
 539     CG    CB    CA     C    dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
 540  [ impropers ]
 541     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 542     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 543     CG   OE1    CD   OE2    improper_O_C_X_Y
 544
 545
 546 [ PGLU ]
 547  [ atoms ]
 548      N    opls_238   -0.500     1
 549      H    opls_241    0.300     1
 550     CA    opls_224B   0.140     1
 551     HA    opls_140    0.060     1
 552     CB    opls_136   -0.120     2
 553    HB1    opls_140    0.060     2
 554    HB2    opls_140    0.060     2
 555     CG    opls_274   -0.120     3
 556    HG1    opls_140    0.060     3
 557    HG2    opls_140    0.060     3
 558     CD    opls_235    0.500     4
 559     OE    opls_236   -0.500     4
 560      C    opls_235    0.500     5
 561      O    opls_236   -0.500     5
 562  [ bonds ]
 563      N     H
 564      N    CA
 565     CA    HA
 566     CA    CB
 567     CA     C
 568     CB   HB1
 569     CB   HB2
 570     CB    CG
 571     CG   HG1
 572     CG   HG2
 573     CG    CD
 574     CD    OE
 575     CD     N
 576      C     O
 577     -C     N
 578  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 579      N    CA    CB    CG    dih_GLU_chi1_N_C_C_C
 580     CG    CB    CA     C    dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
 581  [ impropers ]
 582     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 583     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 584 ;    CG   OE1    CD   OE2    improper_O_C_X_Y
 585
 586
 587 [ GLUH ]
 588  [ atoms ]
 589      N    opls_238   -0.500     1
 590      H    opls_241    0.300     1
 591     CA    opls_224B   0.140     1
 592     HA    opls_140    0.060     1
 593     CB    opls_136   -0.120     2
 594    HB1    opls_140    0.060     2
 595    HB2    opls_140    0.060     2
 596     CG    opls_136   -0.120     3
 597    HG1    opls_140    0.060     3
 598    HG2    opls_140    0.060     3
 599     CD    opls_267    0.520     4
 600    OE1    opls_269   -0.440     4
 601    OE2    opls_268   -0.530     5
 602    HE2    opls_270    0.450     5
 603      C    opls_235    0.500     6
 604      O    opls_236   -0.500     6
 605  [ bonds ]
 606      N     H
 607      N    CA
 608     CA    HA
 609     CA    CB
 610     CA     C
 611     CB   HB1
 612     CB   HB2
 613     CB    CG
 614     CG   HG1
 615     CG   HG2
 616     CG    CD
 617     CD   OE1
 618     CD   OE2
 619    OE2   HE2
 620      C     O
 621     -C     N
 622  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 623      N    CA    CB    CG    dih_GLU_chi1_N_C_C_C
 624     CG    CB    CA     C    dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
 625     CG    CD   OE2   HE2    dih_sidechain_COOH_C_C_O_H
 626    OE1    CD   OE2   HE2    dih_sidechain_COOH_O_C_O_H
 627  [ impropers ]
 628     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 629     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 630     CG   OE1    CD   OE2    improper_O_C_X_Y
 631
 632
 633 [ GLY ]
 634  [ atoms ]
 635      N    opls_238   -0.500     1
 636      H    opls_241    0.300     1
 637     CA    opls_223B   0.080     1
 638    HA1    opls_140    0.060     1
 639    HA2    opls_140    0.060     1
 640      C    opls_235    0.500     2
 641      O    opls_236   -0.500     2
 642  [ bonds ]
 643      N     H
 644      N    CA
 645     CA   HA1
 646     CA   HA2
 647     CA     C
 648      C     O
 649     -C     N
 650  [ impropers ]
 651     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 652     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 653
 654
 655 [ HISA ]   ; HISD in OPLS terminology
 656  [ atoms ]
 657      N    opls_238   -0.500     1
 658      H    opls_241    0.300     1
 659     CA    opls_224B   0.140     1
 660     HA    opls_140    0.060     1
 661     CB    opls_505   -0.297     2
 662    HB1    opls_140    0.060     2
 663    HB2    opls_140    0.060     2
 664     CG    opls_508   -0.261     3
 665    ND1    opls_503   -0.291     4
 666    HD1    opls_504    0.326     4
 667    CD2    opls_507    0.504     5
 668    HD2    opls_146    0.183     5
 669    CE1    opls_506    0.182     6
 670    HE1    opls_146    0.098     6
 671    NE2    opls_511   -0.564     7
 672      C    opls_235    0.500     8
 673      O    opls_236   -0.500     8
 674  [ bonds ]
 675      N     H
 676      N    CA
 677     CA    HA
 678     CA    CB
 679     CA     C
 680     CB   HB1
 681     CB   HB2
 682     CB    CG
 683     CG   ND1
 684     CG   CD2
 685    ND1   HD1
 686    ND1   CE1
 687    CD2   HD2
 688    CD2   NE2
 689    CE1   HE1
 690    CE1   NE2
 691      C     O
 692     -C     N
 693  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 694      N    CA    CB    CG    dih_HIS_chi1_N_C_C_C
 695     CG    CB    CA     C    dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
 696     CA    CB    CG   ND1    dih_HIS_chi2_C_C_C_N
 697  [ impropers ]
 698     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 699     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 700    ND1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
 701     CG   CE1   ND1   HD1    improper_Z_N_X_Y
 702     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
 703    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
 704
 705
 706 [ HIS1 ]   ; Identical to HISA
 707  [ atoms ]
 708      N    opls_238   -0.500     1
 709      H    opls_241    0.300     1
 710     CA    opls_224B   0.140     1
 711     HA    opls_140    0.060     1
 712     CB    opls_505   -0.297     2
 713    HB1    opls_140    0.060     2
 714    HB2    opls_140    0.060     2
 715     CG    opls_508   -0.261     3
 716    ND1    opls_503   -0.291     4
 717    HD1    opls_504    0.326     4
 718    CD2    opls_507    0.504     5
 719    HD2    opls_146    0.183     5
 720    CE1    opls_506    0.182     6
 721    HE1    opls_146    0.098     6
 722    NE2    opls_511   -0.564     7
 723      C    opls_235    0.500     8
 724      O    opls_236   -0.500     8
 725  [ bonds ]
 726      N     H
 727      N    CA
 728     CA    HA
 729     CA    CB
 730     CA     C
 731     CB   HB1
 732     CB   HB2
 733     CB    CG
 734     CG   ND1
 735     CG   CD2
 736    ND1   HD1
 737    ND1   CE1
 738    CD2   HD2
 739    CD2   NE2
 740    CE1   HE1
 741    CE1   NE2
 742      C     O
 743     -C     N
 744  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 745      N    CA    CB    CG    dih_HIS_chi1_N_C_C_C
 746     CG    CB    CA     C    dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
 747     CA    CB    CG   ND1    dih_HIS_chi2_C_C_C_N
 748  [ impropers ]
 749     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 750     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 751    ND1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
 752     CG   CE1   ND1   HD1    improper_Z_N_X_Y
 753     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
 754    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
 755
 756
 757 [ HISB ]   ; HISE in OPLS terminology
 758  [ atoms ]
 759      N    opls_238   -0.500     1
 760      H    opls_241    0.300     1
 761     CA    opls_224B   0.140     1
 762     HA    opls_140    0.060     1
 763     CB    opls_505   -0.297     2
 764    HB1    opls_140    0.060     2
 765    HB2    opls_140    0.060     2
 766     CG    opls_507    0.504     3
 767    ND1    opls_511   -0.564     3
 768    CD2    opls_508   -0.261     4
 769    HD2    opls_146    0.183     4
 770    CE1    opls_506    0.182     5
 771    HE1    opls_146    0.098     5
 772    NE2    opls_503   -0.291     6
 773    HE2    opls_504    0.326     6
 774      C    opls_235    0.500     7
 775      O    opls_236   -0.500     7
 776  [ bonds ]
 777      N     H
 778      N    CA
 779     CA    HA
 780     CA    CB
 781     CA     C
 782     CB   HB1
 783     CB   HB2
 784     CB    CG
 785     CG   ND1
 786     CG   CD2
 787    ND1   CE1
 788    CD2   HD2
 789    CD2   NE2
 790    CE1   HE1
 791    CE1   NE2
 792    NE2   HE2
 793      C     O
 794     -C     N
 795  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 796      N    CA    CB    CG    dih_HIS_chi1_N_C_C_C
 797     CG    CB    CA     C    dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
 798     CA    CB    CG   ND1    dih_HIS_chi2_C_C_C_N
 799  [ impropers ]
 800     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 801     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 802    CE1   CD2   NE2   HE2    improper_Z_N_X_Y
 803     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
 804    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
 805    ND1   CD2   CG     CB    improper_Z_CA_X_Y
 806
 807
 808 [ HISH ]  ; also known as HISP (or HIS+)
 809  [ atoms ]
 810      N    opls_238   -0.500     1
 811      H    opls_241    0.300     1
 812     CA    opls_224B   0.140     1
 813     HA    opls_140    0.060     1
 814     CB    opls_505   -0.005     2
 815    HB1    opls_140    0.060     2
 816    HB2    opls_140    0.060     2
 817     CG    opls_510    0.215     3
 818    ND1    opls_512   -0.540     4
 819    HD1    opls_513    0.460     4
 820    CD2    opls_510    0.215     5
 821    HD2    opls_146    0.115     5
 822    CE1    opls_509    0.385     6
 823    HE1    opls_146    0.115     6
 824    NE2    opls_512   -0.540     7
 825    HE2    opls_513    0.460     7
 826      C    opls_235    0.500     8
 827      O    opls_236   -0.500     8
 828  [ bonds ]
 829      N     H
 830      N    CA
 831     CA    HA
 832     CA    CB
 833     CA     C
 834     CB   HB1
 835     CB   HB2
 836     CB    CG
 837     CG   ND1
 838     CG   CD2
 839    ND1   HD1
 840    ND1   CE1
 841    CD2   HD2
 842    CD2   NE2
 843    CE1   HE1
 844    CE1   NE2
 845    NE2   HE2
 846      C     O
 847     -C     N
 848  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 849      N    CA    CB    CG    dih_HIP_chi1_N_C_C_C
 850     CG    CB    CA     C    dih_HIP_chi1_C_C_C_CO
 851  [ impropers ]
 852     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 853     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 854     CG   CE1   ND1   HD1    improper_Z_N_X_Y
 855    CE1   CD2   NE2   HE2    improper_Z_N_X_Y
 856     CG   NE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
 857    ND1   NE2   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
 858    ND1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
 859
 860
 861 [ HOH ]
 862 ; We believe SPC has slightly better properties than TIP3P...
 863  [ atoms ]
 864     OW   opls_116   -0.82      0
 865    HW1   opls_117    0.41      0
 866    HW2   opls_117    0.41      0
 867  [ bonds ]
 868     OW   HW1
 869     OW   HW2
 870
 871 [ HO4 ]
 872 ; TIP4P For software reasons, the MW particle should be called HW as well
 873  [ atoms ]
 874     OW   opls_113    0.00      0
 875    HW1   opls_114    0.52      0
 876    HW2   opls_114    0.52      0
 877    HW3   opls_115   -1.04      0
 878  [ bonds ]
 879     OW   HW1
 880     OW   HW2
 881 ; Superfluous bonds are necessary to make pdb2gmx happy
 882     OW   HW3
 883
 884 [ HO5 ]
 885 ; TIP5P. For software reasons, the lone pairs should be called HW as well
 886  [ atoms ]
 887    HW1   opls_119    0.248     0
 888    HW2   opls_119    0.248     0
 889    HW3   opls_120   -0.248     0
 890    HW4   opls_120   -0.248     0
 891     OW   opls_118    0.00      0
 892  [ bonds ]
 893     OW   HW1
 894     OW   HW2
 895 ; Superfluous bonds are necessary to make pdb2gmx happy
 896     OW   HW3
 897     OW   HW4
 898
 899 [ ILE ]
 900  [ atoms ]
 901      N    opls_238   -0.500     1
 902      H    opls_241    0.300     1
 903     CA    opls_224B   0.140     1
 904     HA    opls_140    0.060     1
 905     CB    opls_137   -0.060     2
 906     HB    opls_140    0.060     2
 907    CG1    opls_136   -0.120     3
 908   HG11    opls_140    0.060     3
 909   HG12    opls_140    0.060     3
 910    CG2    opls_135   -0.180     4
 911   HG21    opls_140    0.060     4
 912   HG22    opls_140    0.060     4
 913   HG23    opls_140    0.060     4
 914     CD    opls_135   -0.180     5
 915    HD1    opls_140    0.060     5
 916    HD2    opls_140    0.060     5
 917    HD3    opls_140    0.060     5
 918      C    opls_235    0.500     6
 919      O    opls_236   -0.500     6
 920  [ bonds ]
 921      N     H
 922      N    CA
 923     CA    HA
 924     CA    CB
 925     CA     C
 926     CB    HB
 927     CB   CG1
 928     CB   CG2
 929    CG1  HG11
 930    CG1  HG12
 931    CG1    CD
 932    CG2  HG21
 933    CG2  HG22
 934    CG2  HG23
 935     CD   HD1
 936     CD   HD2
 937     CD   HD3
 938      C     O
 939     -C     N
 940  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 941      N    CA    CB   CG1    dih_ILE_chi1_N_C_C_C
 942      N    CA    CB   CG2    dih_ILE_chi1_N_C_C_C
 943    CG1    CB    CA     C    dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
 944    CG2    CB    CA     C    dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
 945  [ impropers ]
 946     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 947     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 948
 949 [ LEU ]
 950  [ atoms ]
 951      N    opls_238   -0.500     1
 952      H    opls_241    0.300     1
 953     CA    opls_224B   0.140     1
 954     HA    opls_140    0.060     1
 955     CB    opls_136   -0.120     2
 956    HB1    opls_140    0.060     2
 957    HB2    opls_140    0.060     2
 958     CG    opls_137   -0.060     3
 959     HG    opls_140    0.060     3
 960    CD1    opls_135   -0.180     4
 961   HD11    opls_140    0.060     4
 962   HD12    opls_140    0.060     4
 963   HD13    opls_140    0.060     4
 964    CD2    opls_135   -0.180     5
 965   HD21    opls_140    0.060     5
 966   HD22    opls_140    0.060     5
 967   HD23    opls_140    0.060     5
 968      C    opls_235    0.500     6
 969      O    opls_236   -0.500     6
 970  [ bonds ]
 971      N     H
 972      N    CA
 973     CA    HA
 974     CA    CB
 975     CA     C
 976     CB   HB1
 977     CB   HB2
 978     CB    CG
 979     CG    HG
 980     CG   CD1
 981     CG   CD2
 982    CD1  HD11
 983    CD1  HD12
 984    CD1  HD13
 985    CD2  HD21
 986    CD2  HD22
 987    CD2  HD23
 988      C     O
 989     -C     N
 990  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
 991      N    CA    CB    CG    dih_LEU_chi1_N_C_C_C
 992     CG    CB    CA     C    dih_LEU_chi1_C_C_C_CO
 993  [ impropers ]
 994     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
 995     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
 996
 997 [ LYS ]
 998  [ atoms ]
 999      N    opls_238   -0.500     1
1000      H    opls_241    0.300     1
1001     CA    opls_224B   0.140     1
1002     HA    opls_140    0.060     1
1003     CB    opls_136   -0.120     2
1004    HB1    opls_140    0.060     2
1005    HB2    opls_140    0.060     2
1006     CG    opls_136   -0.120     3
1007    HG1    opls_140    0.060     3
1008    HG2    opls_140    0.060     3
1009     CD    opls_136   -0.120     4
1010    HD1    opls_140    0.060     4
1011    HD2    opls_140    0.060     4
1012     CE    opls_906    0.060     5
1013    HE1    opls_911    0.060     5
1014    HE2    opls_911    0.060     5
1015     NZ    opls_900   -0.900     6
1016    HZ1    opls_909    0.360     6
1017    HZ2    opls_909    0.360     6
1018      C    opls_235    0.500     7
1019      O    opls_236   -0.500     7
1020  [ bonds ]
1021      N     H
1022      N    CA
1023     CA    HA
1024     CA    CB
1025     CA     C
1026     CB   HB1
1027     CB   HB2
1028     CB    CG
1029     CG   HG1
1030     CG   HG2
1031     CG    CD
1032     CD   HD1
1033     CD   HD2
1034     CD    CE
1035     CE   HE1
1036     CE   HE2
1037     CE    NZ
1038     NZ   HZ1
1039     NZ   HZ2
1040      C     O
1041     -C     N
1042  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1043      N    CA    CB    CG    dih_LYS_chi1_N_C_C_C
1044     CG    CB    CA     C    dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
1045     CD    CE    NZ   HZ1    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1046     CD    CE    NZ   HZ2    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1047  [ impropers ]
1048     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1049     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1050
1051
1052 [ LYSH ]
1053  [ atoms ]
1054      N    opls_238   -0.500     1
1055      H    opls_241    0.300     1
1056     CA    opls_224B   0.140     1
1057     HA    opls_140    0.060     1
1058     CB    opls_136   -0.120     2
1059    HB1    opls_140    0.060     2
1060    HB2    opls_140    0.060     2
1061     CG    opls_136   -0.120     3
1062    HG1    opls_140    0.060     3
1063    HG2    opls_140    0.060     3
1064     CD    opls_136   -0.120     4
1065    HD1    opls_140    0.060     4
1066    HD2    opls_140    0.060     4
1067     CE    opls_292    0.190     5
1068    HE1    opls_140    0.060     5
1069    HE2    opls_140    0.060     5
1070     NZ    opls_287   -0.300     6
1071    HZ1    opls_290    0.330     6
1072    HZ2    opls_290    0.330     6
1073    HZ3    opls_290    0.330     6
1074      C    opls_235    0.500     7
1075      O    opls_236   -0.500     7
1076  [ bonds ]
1077      N     H
1078      N    CA
1079     CA    HA
1080     CA    CB
1081     CA     C
1082     CB   HB1
1083     CB   HB2
1084     CB    CG
1085     CG   HG1
1086     CG   HG2
1087     CG    CD
1088     CD   HD1
1089     CD   HD2
1090     CD    CE
1091     CE   HE1
1092     CE   HE2
1093     CE    NZ
1094     NZ   HZ1
1095     NZ   HZ2
1096     NZ   HZ3
1097      C     O
1098     -C     N
1099  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1100      N    CA    CB    CG    dih_LYS_chi1_N_C_C_C
1101     CG    CB    CA     C    dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
1102     CD    CE    NZ   HZ1    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1103     CD    CE    NZ   HZ2    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1104     CD    CE    NZ   HZ3    dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1105  [ impropers ]
1106     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1107     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1108
1109
1110 [ MET ]
1111  [ atoms ]
1112      N    opls_238   -0.500     1
1113      H    opls_241    0.300     1
1114     CA    opls_224B   0.140     1
1115     HA    opls_140    0.060     1
1116     CB    opls_136   -0.120     2
1117    HB1    opls_140    0.060     2
1118    HB2    opls_140    0.060     2
1119     CG    opls_210    0.048     3
1120    HG1    opls_140    0.060     3
1121    HG2    opls_140    0.060     3
1122     SD    opls_202   -0.335     4
1123     CE    opls_209   -0.013     5
1124    HE1    opls_140    0.060     5
1125    HE2    opls_140    0.060     5
1126    HE3    opls_140    0.060     5
1127      C    opls_235    0.500     6
1128      O    opls_236   -0.500     6
1129  [ bonds ]
1130      N     H
1131      N    CA
1132     CA    HA
1133     CA    CB
1134     CA     C
1135     CB   HB1
1136     CB   HB2
1137     CB    CG
1138     CG   HG1
1139     CG   HG2
1140     CG    SD
1141     SD    CE
1142     CE   HE1
1143     CE   HE2
1144     CE   HE3
1145      C     O
1146     -C     N
1147  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1148      N    CA    CB    CG    dih_MET_chi1_N_C_C_C
1149     CG    CB    CA     C    dih_MET_chi1_C_C_C_CO
1150   [ impropers ]
1151     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1152     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1153
1154
1155 [ NAC ] ; metylamide, a.k.a NMA.
1156  [ atoms ]
1157      N    opls_238   -0.500     1
1158      H    opls_241    0.300     1
1159    CH3    opls_242    0.020     2
1160   HH31    opls_140    0.060     2
1161   HH32    opls_140    0.060     2
1162   HH33    opls_140    0.060     2
1163  [ bonds ]
1164      N     H
1165      N   CH3
1166    CH3  HH31
1167    CH3  HH32
1168    CH3  HH33
1169     -C     N
1170  [ impropers ]
1171     -C    CH3     N    H      improper_Z_N_X_Y
1172
1173
1174 [ NH2 ]
1175  [ atoms ]
1176      N     opls_237  -0.760     1
1177     H1     opls_240   0.380     1
1178     H2     opls_240   0.380     1
1179  [ bonds ]
1180     -C     N
1181      N     H1
1182      N     H2
1183  [ impropers ]
1184     -C     H1    N      H2       improper_Z_N_X_Y
1185
1186 [ NHE ]
1187 ; same as NH2
1188  [ atoms ]
1189      N     opls_237  -0.760     1
1190     H1     opls_240   0.380     1
1191     H2     opls_240   0.380     1
1192  [ bonds ]
1193     -C     N
1194      N     H1
1195      N     H2
1196  [ impropers ]
1197     -C     H1     N     H2       improper_Z_N_X_Y
1198
1199 [ PHE ]
1200  [ atoms ]
1201      N    opls_238   -0.500     1
1202      H    opls_241    0.300     1
1203     CA    opls_224B   0.140     1
1204     HA    opls_140    0.060     1
1205     CB    opls_149   -0.005     2
1206    HB1    opls_140    0.060     2
1207    HB2    opls_140    0.060     2
1208     CG    opls_145   -0.115     2
1209    CD1    opls_145   -0.115     3
1210    HD1    opls_146    0.115     3
1211    CD2    opls_145   -0.115     4
1212    HD2    opls_146    0.115     4
1213    CE1    opls_145   -0.115     5
1214    HE1    opls_146    0.115     5
1215    CE2    opls_145   -0.115     6
1216    HE2    opls_146    0.115     6
1217     CZ    opls_145   -0.115     7
1218     HZ    opls_146    0.115     7
1219      C    opls_235    0.500     8
1220      O    opls_236   -0.500     8
1221  [ bonds ]
1222      N     H
1223      N    CA
1224     CA    HA
1225     CA    CB
1226     CA     C
1227     CB   HB1
1228     CB   HB2
1229     CB    CG
1230     CG   CD1
1231     CG   CD2
1232    CD1   HD1
1233    CD1   CE1
1234    CD2   HD2
1235    CD2   CE2
1236    CE1   HE1
1237    CE1    CZ
1238    CE2   HE2
1239    CE2    CZ
1240     CZ    HZ
1241      C     O
1242     -C     N
1243  [ impropers ]
1244     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1245     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1246     CG   CE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
1247    CD2    CZ   CE2   HE2    improper_Z_CA_X_Y
1248    CE1   CE2    CZ    HZ    improper_Z_CA_X_Y
1249    CD1    CZ   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
1250     CG   CE1   CD1   HD1    improper_Z_CA_X_Y
1251    CD1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
1252
1253
1254 [ PRO ]
1255  [ atoms ]
1256      N    opls_239   -0.140     1
1257     CA    opls_246    0.010     1
1258     HA    opls_140    0.060     1
1259     CB    opls_136   -0.120     2
1260    HB1    opls_140    0.060     2
1261    HB2    opls_140    0.060     2
1262     CG    opls_136   -0.120     3
1263    HG1    opls_140    0.060     3
1264    HG2    opls_140    0.060     3
1265     CD    opls_245   -0.050     4
1266    HD1    opls_140    0.060     4
1267    HD2    opls_140    0.060     4
1268      C    opls_235    0.500     5
1269      O    opls_236   -0.500     5
1270  [ bonds ]
1271      N    CA
1272     CA    HA
1273     CA    CB
1274     CA     C
1275     CB   HB1
1276     CB   HB2
1277     CB    CG
1278     CG   HG1
1279     CG   HG2
1280     CG    CD
1281     CD   HD1
1282     CD   HD2
1283     CD     N
1284      C     O
1285     -C     N
1286  [ impropers ]
1287     -C    CA     N    CD    improper_Z_N_X_Y
1288     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1289
1290
1291 [ SER ]
1292  [ atoms ]
1293      N    opls_238   -0.500     1
1294      H    opls_241    0.300     1
1295     CA    opls_224B   0.140     1
1296     HA    opls_140    0.060     1
1297     CB    opls_157    0.145     2
1298    HB1    opls_140    0.060     2
1299    HB2    opls_140    0.060     2
1300     OG    opls_154   -0.683     3
1301     HG    opls_155    0.418     3
1302      C    opls_235    0.500     4
1303      O    opls_236   -0.500     4
1304  [ bonds ]
1305      N     H
1306      N    CA
1307     CA    HA
1308     CA    CB
1309     CA     C
1310     CB   HB1
1311     CB   HB2
1312     CB    OG
1313     OG    HG
1314      C     O
1315     -C     N
1316  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
1317      N    CA    CB    OG    dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
1318      C    CA    CB    OG    dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
1319     CA    CB    OG    HG    dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
1320  [ impropers ]
1321     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1322     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1323
1324
1325 [ THR ]
1326  [ atoms ]
1327      N    opls_238   -0.500     1
1328      H    opls_241    0.300     1
1329     CA    opls_224B   0.140     1
1330     HA    opls_140    0.060     1
1331     CB    opls_158    0.205     2
1332     HB    opls_140    0.060     2
1333    OG1    opls_154   -0.683     2
1334    HG1    opls_155    0.418     2
1335    CG2    opls_135   -0.180     3
1336   HG21    opls_140    0.060     3
1337   HG22    opls_140    0.060     3
1338   HG23    opls_140    0.060     3
1339      C    opls_235    0.500     4
1340      O    opls_236   -0.500     4
1341  [ bonds ]
1342      N     H
1343      N    CA
1344     CA    HA
1345     CA    CB
1346     CA     C
1347     CB    HB
1348     CB   OG1
1349     CB   CG2
1350    OG1   HG1
1351    CG2  HG21
1352    CG2  HG22
1353    CG2  HG23
1354      C     O
1355     -C     N
1356  [ dihedrals ] ; override some of the typebased dihedrals
1357      N    CA    CB   OG1    dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
1358      C    CA    CB   OG1    dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
1359     CA    CB   OG1   HG1    dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
1360  [ impropers ]
1361     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1362     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1363
1364
1365 [ TRP ]
1366  [ atoms ]
1367      N    opls_238   -0.500     1
1368      H    opls_241    0.300     1
1369     CA    opls_224B   0.140     1
1370     HA    opls_140    0.060     1
1371     CB    opls_136   -0.120     2
1372    HB1    opls_140    0.060     2
1373    HB2    opls_140    0.060     2
1374     CG    opls_500    0.075     3
1375    CD1    opls_514   -0.115     4
1376    HD1    opls_146    0.115     4
1377    CD2    opls_501   -0.055     5
1378    NE1    opls_503   -0.570     6
1379    HE1    opls_504    0.420     6
1380    CE2    opls_502    0.130     6
1381    CE3    opls_145   -0.115     7
1382    HE3    opls_146    0.115     7
1383    CZ2    opls_145   -0.115     8
1384    HZ2    opls_146    0.115     8
1385    CZ3    opls_145   -0.115     9
1386    HZ3    opls_146    0.115     9
1387    CH2    opls_145   -0.115     10
1388    HH2    opls_146    0.115     10
1389      C    opls_235    0.500     11
1390      O    opls_236   -0.500     11
1391  [ bonds ]
1392      N     H
1393      N    CA
1394     CA    HA
1395     CA    CB
1396     CA     C
1397     CB   HB1
1398     CB   HB2
1399     CB    CG
1400     CG   CD1
1401     CG   CD2
1402    CD1   HD1
1403    CD1   NE1
1404    CD2   CE2
1405    CD2   CE3
1406    NE1   HE1
1407    NE1   CE2
1408    CE2   CZ2
1409    CE3   HE3
1410    CE3   CZ3
1411    CZ2   HZ2
1412    CZ2   CH2
1413    CZ3   HZ3
1414    CZ3   CH2
1415    CH2   HH2
1416      C     O
1417     -C     N
1418  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1419      N    CA    CB    CG    dih_TRP_chi1_N_C_C_C
1420     CG    CB    CA     C    dih_TRP_chi1_C_C_C_CO
1421  [ impropers ]
1422     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1423     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1424    CD1   CE2   NE1   HE1    improper_Z_N_X_Y
1425    CE2   CH2   CZ2   HZ2    improper_Z_CA_X_Y
1426    CZ2   CZ3   CH2   HH2    improper_Z_CA_X_Y
1427    CH2   CE3   CZ3   HZ3    improper_Z_CA_X_Y
1428    CZ3   CD2   CE3   HE3    improper_Z_CA_X_Y
1429     CG   NE1   CD1   HD1    improper_Z_CA_X_Y
1430    CD1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
1431
1432
1433 [ TYR ]
1434  [ atoms ]
1435      N    opls_238   -0.500     1
1436      H    opls_241    0.300     1
1437     CA    opls_224B   0.140     1
1438     HA    opls_140    0.060     1
1439     CB    opls_149   -0.005     2
1440    HB1    opls_140    0.060     2
1441    HB2    opls_140    0.060     2
1442     CG    opls_145   -0.115     2
1443    CD1    opls_145   -0.115     4
1444    HD1    opls_146    0.115     4
1445    CD2    opls_145   -0.115     5
1446    HD2    opls_146    0.115     5
1447    CE1    opls_145   -0.115     6
1448    HE1    opls_146    0.115     6
1449    CE2    opls_145   -0.115     7
1450    HE2    opls_146    0.115     7
1451     CZ    opls_166    0.150     8
1452     OH    opls_167   -0.585     8
1453     HH    opls_168    0.435     8
1454      C    opls_235    0.500     9
1455      O    opls_236   -0.500     9
1456  [ bonds ]
1457      N     H
1458      N    CA
1459     CA    HA
1460     CA    CB
1461     CA     C
1462     CB   HB1
1463     CB   HB2
1464     CB    CG
1465     CG   CD1
1466     CG   CD2
1467    CD1   HD1
1468    CD1   CE1
1469    CD2   HD2
1470    CD2   CE2
1471    CE1   HE1
1472    CE1    CZ
1473    CE2   HE2
1474    CE2    CZ
1475     CZ    OH
1476     OH    HH
1477      C     O
1478     -C     N
1479  [ impropers ]
1480     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1481     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1482     CG   CE2   CD2   HD2    improper_Z_CA_X_Y
1483    CD2    CZ   CE2   HE2    improper_Z_CA_X_Y
1484    CD1    CZ   CE1   HE1    improper_Z_CA_X_Y
1485     CG   CE1   CD1   HD1    improper_Z_CA_X_Y
1486    CD1   CD2    CG    CB    improper_Z_CA_X_Y
1487    CE1   CE2    CZ    OH    improper_Z_CA_X_Y
1488
1489
1490 [ VAL ]
1491  [ atoms ]
1492      N    opls_238   -0.500     1
1493      H    opls_241    0.300     1
1494     CA    opls_224B   0.140     1
1495     HA    opls_140    0.060     1
1496     CB    opls_137   -0.060     2
1497     HB    opls_140    0.060     2
1498    CG1    opls_135   -0.180     3
1499   HG11    opls_140    0.060     3
1500   HG12    opls_140    0.060     3
1501   HG13    opls_140    0.060     3
1502    CG2    opls_135   -0.180     4
1503   HG21    opls_140    0.060     4
1504   HG22    opls_140    0.060     4
1505   HG23    opls_140    0.060     4
1506      C    opls_235    0.500     5
1507      O    opls_236   -0.500     5
1508  [ bonds ]
1509      N     H
1510      N    CA
1511     CA    HA
1512     CA    CB
1513     CA     C
1514     CB    HB
1515     CB   CG1
1516     CB   CG2
1517    CG1  HG11
1518    CG1  HG12
1519    CG1  HG13
1520    CG2  HG21
1521    CG2  HG22
1522    CG2  HG23
1523      C     O
1524     -C     N
1525  [ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones
1526     N    CA    CB    CG1    dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1527     N    CA    CB    CG2    dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1528    CG1    CB    CA     C    dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1529    CG2    CB    CA     C    dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1530  [ impropers ]
1531     -C    CA     N     H    improper_Z_N_X_Y
1532     CA    +N     C     O    improper_O_C_X_Y
1533
1534
1535 [ F ]
1536  [ atoms ]
1537     F    opls_400  -1.000     0
1538
1539 [ CL ]
1540  [ atoms ]
1541     CL   opls_401  -1.000     0
1542
1543 [ BR ]
1544  [ atoms ]
1545     BR   opls_402  -1.000     0
1546
1547
1548 ; Aqvists cation parameters
1549
1550 [ LI ]
1551  [ atoms ]
1552     LI   opls_406   1.000     0 ; Jorgensen ion type would be opls_404
1553
1554 [ NA ]
1555  [ atoms ]
1556     NA   opls_407   1.000     0 ; Jorgensen ion type would be opls_405
1557
1558 [ K ]
1559  [ atoms ]
1560     K    opls_408   1.000     0
1561
1562 [ RB ]
1563  [ atoms ]
1564     RB   opls_409   1.000     0
1565
1566 [ CS ]
1567  [ atoms ]
1568     CS   opls_410   1.000     0
1569
1570 [ MG ]
1571  [ atoms ]
1572     MG   opls_411   2.000     0
1573
1574 [ CA ]
1575  [ atoms ]
1576     CA   opls_412   2.000     0
1577
1578 [ SR ]
1579  [ atoms ]
1580     SR   opls_413   2.000     0
1581
1582 [ BA ]
1583  [ atoms ]
1584     BA   opls_414   2.000     0
1585
1586 ; Metal ions
1587 [ CU ]
1588  [ atoms ]
1589     CU   Cu2+       2.000     0
1590
1591 [ FE ]
1592  [ atoms ]
1593     FE   Fe2+       2.000     0
1594
1595 [ ZN ]
1596  [ atoms ]
1597     ZN   Zn2+       2.000     0
1598
1599 ; And argon...
1600 [ Ar ]
1601  [ atoms ]
1602     Ar     Ar       0.000     0
1603
1604
1605 ; Ethanol - CA is the carbon bound to the OH group
1606 [ EtOH ]
1607  [ atoms ]
1608     CB   opls_135    -0.180    1
1609    HB1   opls_140     0.060    1
1610    HB2   opls_140     0.060    1
1611    HB3   opls_140     0.060    1
1612     CA   opls_157     0.145    2
1613    HA1   opls_140     0.060    2
1614    HA2   opls_140     0.060    2
1615     OH   opls_154    -0.683    2
1616     HO   opls_155     0.418    2
1617  [ bonds ]
1618    CB    HB1
1619    CB    HB2
1620    CB    HB3
1621    CB    CA
1622    CA    HA1
1623    CA    HA2
1624    CA    OH
1625    OH    HO
1626
1627 ; New All atom DMSO model, DvdS, 17/06/2006
1628 ; Use at your own risk!
1629 [ DMSO  ]
1630  [ atoms ]
1631 OD          opls_125    -0.459      1
1632 SD          opls_124     0.139      1
1633 CD1         opls_139    -0.020      1
1634 HD11        opls_140     0.060      1
1635 HD12        opls_140     0.060      1
1636 HD13        opls_140     0.060      1
1637 CD2         opls_139    -0.020      1
1638 HD21        opls_140     0.060      1
1639 HD22        opls_140     0.060      1
1640 HD23        opls_140     0.060      1
1641
1642  [ bonds ]
1643     OD     SD
1644     SD     CD1
1645     SD     CD2
1646     CD1    HD11
1647     CD1    HD12
1648     CD1    HD13
1649     CD2    HD21
1650     CD2    HD22
1651     CD2    HD23
1652