mason/transcript/unigene/deprecated_content.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  deprecated_contet.mas
   6  Mason component to show a deprecated message for deprecated unigenes
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 SYNOPSIS
  17
  18 <& '/transcript/unigene/deprecated_content.mas',unigene => $unigene &>
  19
  20 where: $unigene, an CXGN::Transcript::Unigene object
  21
  22 =cut
  23
  24 =head1 DESCRIPTION
  25
  26  Mason component to show a deprecated message for deprecated unigenes
  27
  28 =cut
  29
  30 =head 1 AUTHOR
  31
  32  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  33
  34 =cut
  35
  36 </%doc>
  37
  38
  39 <%args>
  40 $unigene
  41 </%args>
  42
  43
  44 <%perl>
  45
  46 use strict;
  47 use warnings;
  48
  49 use SGN::Schema;
  50 use CXGN::Transcript::Unigene;
  51 use CXGN::Transcript::UnigeneBuild;
  52 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  53
  54 my $deprecate_content;
  55
  56 ## This code only will return something if exists the unigene
  57
  58 if (defined $unigene->get_unigene_id() ) {
  59
  60    ## First get the unigene build and check its status
  61
  62    my $unigene_build = $unigene->get_unigene_build();
  63    my $unigene_build_status = $unigene_build->get_status();
  64    my $org_group_name = $unigene_build->get_organism_group_name();
  65    my $build_nr = $unigene_build->get_build_nr();
  66
  67    ## If the status is not current, get the current unigenes
  68
  69    if ($unigene_build_status ne 'C') {
  70        my @updated_unigene = $unigene->get_current_unigene_ids( $unigene->get_unigene_id() );
  71
  72        if (@updated_unigene) {
  73
  74            $deprecate_content .= "<br><div style='text-align:center; padding:3px; margin-left:5px;
  75                                   margin-bottom:10px; font-size:14px; border:1px dashed #772222;
  76                                   background-color:#e5e5e5;'>";
  77            $deprecate_content .= "<span style=color:#660000'>This unigene is from an out-of-date build,
  78                                   <em>$org_group_name #$build_nr</em></span>";
  79
  80            my ($new_build_organism, $new_build_nr) = $unigene_build->get_superseding_build_info();
  81
  82            if(@updated_unigene == 0){
  83
  84                $deprecate_content .= "<br>It does not exist";
  85            }
  86            elsif(@updated_unigene == 1){
  87
  88                $deprecate_content .= "<br />It has been superseded by <a href='unigene.pl?unigene_id=";
  89                $deprecate_content .= $updated_unigene[0] . "'>SGN-U" . $updated_unigene[0] . "</a>";
  90            }
  91            elsif(@updated_unigene > 1){
  92
  93                $deprecate_content .= "<br />It has been split into ";
  94                my $i = 0;
  95
  96                while($i < @updated_unigene) {
  97
  98                    if ($i > 0 && @updated_unigene!=2) {
  99                        $deprecate_content .= ", "
 100                    }
 101                    elsif($i > 0) {
 102                        $deprecate_content .= " "
 103                    }
 104                    if ($i == @updated_unigene - 1) {
 105                        $deprecate_content .= "and "
 106                    }
 107
 108                    $deprecate_content .= "<a href='unigene.pl?unigene_id=" . $updated_unigene[$i] . "'>SGN-U";
 109                    $deprecate_content .= $updated_unigene[$i] . "</a>";
 110                    $i++;
 111                }
 112            }
 113            $deprecate_content .= " in the current build, <em style='white-space:nowrap'>$new_build_organism #$new_build_nr</em>";
 114            $deprecate_content .= "</div>";
 115        }
 116        else {
 117
 118            my ($new_build_organism_b, $new_build_nr_b) = $unigene_build->get_superseding_build_info();
 119
 120            $deprecate_content .= "<br><div style='text-align:center; padding:3px; margin-left:5px;
 121                                   margin-bottom:10px; font-size:14px; border:1px dashed #772222;
 122                                   background-color:#e5e5e5;'>";
 123            $deprecate_content .= "<span style=color:#660000'>This unigene is from an out-of-date build,
 124                                   <em>$org_group_name #$build_nr</em></span>";
 125            $deprecate_content .= "<br> The current build is, <em style='white-space:nowrap'>$new_build_organism_b #$new_build_nr_b</em>";
 126            $deprecate_content .= "</div>";
 127        }
 128    }
 129 }
 130
 131 </%perl>
 132
 133 <% $deprecate_content %>