mason/transcript/unigene/markers_info.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  marker_info.mas
   6  Mason component to create html with marker data
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 SYNOPSIS
  17
  18 <& '/transcript/unigene/marker_info.mas', dbh => $dbh, unigene => $unigene  &>
  19
  20
  21 where: $dbh, a dbi connection object
  22        $unigene, an CXGN::Transcript::Unigene object
  23
  24
  25 =cut
  26
  27
  28 =head1 DESCRIPTION
  29
  30  Mason component to create html with markers data.
  31
  32 =cut
  33
  34 =head 1 AUTHOR
  35
  36  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  37
  38 =cut
  39
  40 </%doc>
  41
  42
  43 <%args>
  44 $dbh
  45 $unigene
  46 </%args>
  47
  48 <%perl>
  49
  50 use strict;
  51 use warnings;
  52
  53 use CXGN::Marker;
  54
  55 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  56
  57 my $markers_content;
  58
  59 ## Get the object
  60 my $id =  $unigene->get_unigene_id();
  61
  62 ## The markers section are divided into two sections:
  63 ##   1- General markers information
  64 ##   2- COSII (Conserved Ortholog Set II) marker information
  65
  66
  67 if (defined $id) {
  68
  69    ## First get the map information using the unigene object
  70
  71    my @mapped;
  72    my @mapped_member_ids = $unigene->get_mapped_members();
  73
  74    ## Define a count variable
  75    my $markers_count = 0;
  76
  77    foreach my $map (@mapped_member_ids) {
  78        my $marker = CXGN::Marker->new($dbh, $map->{marker_id});
  79        my $marker_name = 'Unknown';   ## Use unknown by default
  80        if($marker) {
  81           $marker_name = $marker->name_that_marker();
  82        }
  83
  84        my $est_link = qq |<a href="/search/est.pl?request_id=$map->{clone_id}&request_from=1&request_type=8">SGN-C$map->{clone_id}</a>|;
  85        my $marker_link = qq|<a href="/search/markers/markerinfo.pl?marker_id=$map->{marker_id}">$marker_name</a>|;
  86        push @mapped, [ $est_link, $marker_link];
  87        $markers_count++;
  88    }
  89
  90    ## Second, put the data into a table to show in the web
  91
  92    my $mapped_html;
  93    if (defined $mapped[0]) {
  94        $mapped_html = columnar_table_html( headings => [ 'EST', 'Marker' ], data     => \@mapped );
  95    } else {
  96        $mapped_html = qq|<span class="ghosted">No member sequence or clone is mapped.</span>|;
  97    }
  98
  99    my $map_content = info_table_html( 'Unigene Mapped Marker Information'   => $mapped_html,
 100                                        __border               => 0,
 101                                        );
 102
 103
 104
 105    ## Third, take the COSII marker data
 106
 107    my $cosii_data_html;
 108
 109    my @cosii_data = $unigene->get_cosii_info();
 110    foreach my $cosii_marker (@cosii_data) {
 111        my ($marker_id, $marker_name)= @{$cosii_marker};
 112        my $cosii_link = '<a href=/search/markers/markerinfo.pl?marker_id=' . $marker_id . '>' . $marker_name . '</a>';
 113        $cosii_data_html .= "COSII marker $cosii_link was created with this unigene.<br />\n";
 114        $markers_count++;
 115    }
 116    unless (defined $cosii_data[0]) {
 117        $cosii_data_html .= qq|<span class="ghosted">None cosii markers associated to this unigene.</span>|;
 118    }
 119
 120    my $cosii_info_link = '<a href="/markers/cosii_markers.pl">COSII Markers</a>';
 121    my $cosii_content = info_table_html( "$cosii_info_link Information" => $cosii_data_html,
 122                                         __border                       => 0,
 123                                       );
 124
 125    $map_content .= $cosii_content;
 126
 127    $markers_content = info_section_html( title        => "Markers Information (".$markers_count.")",
 128                                          contents     => $map_content,
 129                                          collapsible  => 1,
 130                                          collapsed    => 1
 131                                        );
 132 }
 133
 134
 135
 136 </%perl>
 137
 138 <% $markers_content %>