mason/feature/gene.mas

   1 <%args>
   2     $feature
   3     $blast_url => undef
   4     $children  => undef
   5     $parents   => undef
   6 </%args>
   7 <%init>
   8     use Bio::Seq;
   9     use Data::Dumper;
  10 </%init>
  11 <& /page/page_title.mas, title => 'Gene: '. $feature->id &>
  12
  13 <& /util/import_javascript.mas,
  14     classes => [qw(
  15         Prototype jQuery Text.Markup CXGN.Effects CXGN.Phenome.Locus  CXGN.Phenome.Tools
  16         MochiKit.DOM thickbox
  17         MochiKit.Async CXGN.Sunshine.NetworkBrowser
  18         CXGN.Phenome.Locus.LocusPage CXGN.Page.Form.JSFormPage
  19     )]
  20 &>
  21 <& /locus/initialize.mas, locus_id => 428 &>
  22
  23 <%perl>
  24     my $seq = Bio::PrimarySeq->new(
  25         -seq => $feature->residues,
  26         -alphabet => 'dna',
  27     );
  28     my $organism = $feature->organism;
  29     my $species  = $organism->species;
  30     $species    =~ s!(\S+) !<i>$1</i> !;
  31 </%perl>
  32
  33 <&| /page/info_section.mas,
  34     title       => "Feature " . $feature->name . " (Gene)",
  35     collapsible => 1,
  36     collapsed   => 1,
  37 &>
  38    <% $species%> (<%ucfirst($organism->common_name) %>)<p/>
  39    Comment: <% $organism->comment %>
  40 </&>
  41 <&| /page/info_section.mas,
  42         title       => 'cDNA Sequence',
  43         collapsible => 1,
  44         collapsed   => 1,
  45 &>
  46   Length : <% $seq->length %><br/>
  47   <% $feature->md5checksum ?  'MD5 :' . $feature->md5checksum : '' %>
  48   <p/>
  49     <& /feature/sequence.mas,
  50             feature => $feature,
  51             seq     => $seq,
  52             blast_url => $blast_url,
  53     &>
  54 </&>
  55
  56 <&| /page/info_section.mas,
  57     title => 'Exon Structure',
  58     collapsible => 1,
  59 &>
  60 </&>
  61
  62 <&| /page/info_section.mas,
  63     title => 'Protein sequence',
  64     collapsible => 1,
  65 &>
  66 </&>
  67
  68 <&| /page/info_section.mas,
  69     title => 'Protein domains',
  70     collapsible => 1,
  71 &>
  72 </&>
  73
  74 <&| /page/info_section.mas,
  75     title => 'BLAST Annotation',
  76     collapsible => 1,
  77 &>
  78 </&>
  79
  80 <&| /page/info_section.mas,
  81     title => 'Ontology Annotations',
  82     collapsible => 1,
  83 &>
  84 </&>
  85
  86 <&| /page/info_section.mas,
  87     title => 'Gene Families',
  88     collapsible => 1,
  89 &>
  90 </&>
  91
  92 <&| /page/info_section.mas,
  93     title => 'SNPs',
  94     collapsible => 1,
  95 &>
  96 </&>
  97
  98 <& /locus/solcyc.mas, &>
  99
 100 <&| /page/info_section.mas,
 101     title => 'Alternate Splicing',
 102     collapsible => 1,
 103 &>
 104 </&>
 105
 106
 107