mason/help/clone_policy.mas

   1
   2  <& /page/page_title.mas, title=>"Tomato Genome Project - clone distribution policy" &>
   3
   4   <center>
   5
   6
   7     <table summary="" width="720" cellpadding="0" cellspacing="0"
   8     border="0">
   9       <tr>
  10         <td>
  11
  12
  13           <p>Development of the tomato EST database is
  14           currently in progress and continues to be updated on a
  15           regular basis as new sequences are added. Our objective
  16           is to ultimately make available to the research community
  17           a complete set of non-redundant tomato ESTs. The "in
  18           progress" collection is continually updated as new EST
  19           sequences are added to the database. In some cases new
  20           EST sequences provide information that modifies the
  21           previous "in-progress" non-redundant EST collection. For
  22           example, when clones are found through additional
  23           sequencing to be chimeric, or when a new EST sequence
  24           "links" two clones previously thought to be unique. In
  25           short, the "in-progress" non-redundant set is expected to
  26           contain a considerable number of duplications and errors
  27           of various types. Once the sequencing phase of this
  28           project is completed (fall 2001) a final build will be
  29           created and a final non-redundant gene set defined. This
  30           collection is currently estimated to range from 25,000 -
  31           40,000 cDNA clones which will be condensed, quality
  32           confirmed, and re-arrayed into a collection that can be
  33           distributed in whole - or can much more efficiently be
  34           searched for individual clones than is currently the case
  35           with over 25 libraries each containing 4000 - 15,000
  36           ordered clones.</p>
  37
  38           <p><strong>We realize the need for access by the research
  39           community to EST clones prior to completion of this
  40           project and thus have instituted a policy whereby up to
  41           150 clones per laboratory per year can be requested on a
  42           subsidized re-charge basis through the Clemson University
  43           Genomics Institute (CUGI) which handles maintenance and
  44           distribution of the tomato ESTs and receives funding
  45           through this project to offset some of the associated
  46           costs.</strong></p>
  47
  48           <strong>Cost Basis</strong>
  49           <p>CUGI received a total of \$100,000 (apx. \$80K in direct
  50           costs) spread over 3 years in support of clone
  51           maintenance and distribution. These funds have been used
  52           for a) purchase of 3 -80 freezers and service contracts
  53           to insure their operation b) support a half-time tech
  54           position, c) annual replication of all EST libraries to
  55           insure against loss of clone viability, and d) software
  56           upgrades used in clone request tracking and eventual
  57           public dissemination of all clone requests. It is
  58           important to realize that with 22 ordered EST libraries
  59           (each containing 4,000 - 15,000 ordered clones) tracking,
  60           localizing, and picking each clone represents a
  61           significant effort.</p>
  62
  63           <strong>Clone Request Charges</strong>
  64           <p>Up to 150 clones can be requested per laboratory per year
  65           at the subsidized rate of \$5 per clone. An unlimited
  66           number of additional clones can be requested by any one
  67           laboratory in a 12 month period but at a non-subsidized
  68           rate of \$20 per clone. This later price is in line with
  69           other clone distribution centers, such as the American
  70           Type Culture Collection (ATCC), which recover total costs
  71           through re-charge fees. Cost recovery for the entire
  72           non-redundant set will be determined when said collection
  73           is completed (est. late 2001).</p>
  74
  75           <table summary="" border="0">
  76             <tr>
  77               <td>Clones 1 - 150 in any twelve month period:</td>
  78               <td>\$5/clone</td>
  79             </tr>
  80
  81             <tr>
  82               <td>Clones 151 - unlimited in any twelve month
  83               period:</td>
  84               <td>\$20/clone</td>
  85             </tr>
  86
  87             <tr>
  88               <td>Entire 384 well plates of sequential ESTs from a
  89               given library</td>
  90               <td>\$10/plate(academic)<br />
  91               \$50/plate(industry)</td>
  92             </tr>
  93
  94             <tr>
  95               <td>Shipping and handling (all clones shipped via
  96               over-night courier):</td>
  97               <td>apx. \$40/request, depending on specific shipping
  98               cost.</td>
  99             </tr>
 100           </table>
 101
 102           <p>Clone requests should be directed to <a href=
 103           "mailto:atkins2\@genome.clemson.edu">Dr. Michale
 104           Atkins</a> at the Clemson University Genomics Institute
 105           (CUGI).</p>
 106
 107           <strong>Acknowledgements</strong>
 108           <p>Publications referring to the use of clones resulting
 109           from the NSF Tomato Genome Project should include an
 110           acknowledgement similar to the following: "Tomato EST
 111           clone(s) XXX were supplied by the NSF Tomato Genome
 112           Project (DBI-9872617, S. Tanksley, G. Martin, J.
 113           Giovannoni, C. Ronning)".</p>
 114         </td>
 115       </tr>
 116     </table><!-- begin footer include -->
 117
 118     <!-- end footer include -->
 119   </center>