t/selenium2/solgs/kinship.t

   1 use strict;
   2
   3 use lib 't/lib';
   4
   5 use Test::More;
   6 use SGN::Test::WWW::WebDriver;
   7 use SGN::Test::Fixture;
   8 use SGN::Test::solGSData;
   9
  10 my $d = SGN::Test::WWW::WebDriver->new();
  11 my $f = SGN::Test::Fixture->new();
  12
  13 my $solgs_data = SGN::Test::solGSData->new({'fixture' => $f, 'accessions_list_subset' => 60, 'plots_list_subset' => 60});
  14 my $cache_dir = $solgs_data->site_cluster_shared_dir();
  15
  16 my $accessions_list =  $solgs_data->load_accessions_list();
  17 my $accessions_list_name = $accessions_list->{list_name};
  18 my $accessions_list_id = 'list_' . $accessions_list->{list_id};
  19
  20 my $trials_list =  $solgs_data->load_trials_list();
  21 my $trials_list_name = $trials_list->{list_name};
  22 my $trials_list_id = 'list_' . $trials_list->{list_id};
  23
  24 my $trials_dt = $solgs_data->load_trials_dataset();
  25 my $trials_dt_name = $trials_dt->{dataset_name};
  26 my $trials_dt_id = 'dataset_' . $trials_dt->{dataset_id};
  27
  28 my $accessions_dt = $solgs_data->load_accessions_dataset();
  29 my $accessions_dt_name = $accessions_dt->{dataset_name};
  30 my $accessions_dt_id = 'dataset_' . $accessions_dt->{dataset_id};
  31
  32 print STDERR "\ntrials dt: $trials_dt_name -- $trials_dt_id\n";
  33 print STDERR "\naccessions dt: $accessions_dt_name -- $accessions_dt_id\n";
  34
  35 print STDERR "\ntrials list: $trials_list_name -- $trials_list_id\n";
  36 print STDERR "\naccessions list: $accessions_list_name -- $accessions_list_id\n";
  37
  38
  39 `rm -r $cache_dir`;
  40
  41 $d->while_logged_in_as("submitter", sub {
  42     sleep(2);
  43     $d->get_ok('/kinship/analysis', 'kinship home page');
  44     sleep(5);
  45
  46     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship -- accesions list')->click();
  47     sleep(2);
  48     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
  49     sleep(200);
  50
  51     my $sel = $d->find_element('//*[contains(text(), "Previous")]', 'xpath', 'scroll up');
  52     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -50);", $sel);
  53     sleep(2);
  54     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check plot output')->click();
  55     sleep(4);
  56     $d->find_element_ok('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'check output download')->click();
  57     sleep(3);
  58
  59     $d->driver->refresh();
  60     sleep(3);
  61
  62     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship -- trials list')->click();
  63     sleep(4);
  64     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
  65     sleep(200);
  66     my $sel = $d->find_element('//*[contains(text(), "Previous")]', 'xpath', 'scroll up');
  67     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -50);", $sel);
  68     sleep(2);
  69     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check plot output')->click();
  70     sleep(4);
  71     $d->find_element_ok('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'check output download')->click();
  72     sleep(3);
  73
  74     $d->driver->refresh();
  75     sleep(3);
  76
  77     `rm -r $cache_dir`;
  78     sleep(3);
  79
  80     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship -queue- accessions list')->click();
  81     sleep(2);
  82     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
  83     sleep(2);
  84     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('kinship analysis');
  85     sleep(2);
  86     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
  87         sleep(2);
  88     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
  89     sleep(200);
  90     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
  91     sleep(10);
  92
  93     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship -check queued- accessions list')->click();
  94     sleep(2);
  95     my $sel = $d->find_element('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'scroll up');
  96     my $elem =$d->driver->execute_script("arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, 200);", $sel);
  97     sleep(2);
  98     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check output')->click();
  99     sleep(4);
 100     $d->find_element_ok('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'check output')->click();
 101     sleep(3);
 102
 103     $d->driver->refresh();
 104     sleep(5);
 105
 106     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship -- accessions dataset')->click();
 107     sleep(2);
 108     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 109     sleep(200);
 110     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check output')->click();
 111     sleep(4);
 112
 113     $d->driver->refresh();
 114     sleep(3);
 115
 116     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_dt_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship --trials dataset')->click();
 117     sleep(2);
 118     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 119     sleep(200);
 120     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check output')->click();
 121     sleep(4);
 122
 123     $d->driver->refresh();
 124     sleep(3);
 125
 126     `rm -r $cache_dir`;
 127     sleep(3);
 128
 129     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship -queue- accessions dataset')->click();
 130     sleep(3);
 131     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 132     sleep(3);
 133     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('kinship analysis');
 134     sleep(2);
 135     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 136         sleep(2);
 137     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 138     sleep(200);
 139     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 140     sleep(3);
 141
 142     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship -queued- accessions dataset')->click();
 143     sleep(5);
 144     my $sel = $d->find_element('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'scroll up');
 145     my $elem =$d->driver->execute_script("arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, 200);", $sel);
 146     sleep(2);
 147     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check output')->click();
 148     sleep(4);
 149     $d->find_element_ok('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'check output')->click();
 150     sleep(3);
 151
 152
 153     ######## trials page #######
 154     $d->get_ok('/breeders/trial/139', 'trial detail home page');
 155     sleep(5);
 156     my $analysis_tools = $d->find_element('Analysis Tools', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools');
 157     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-50);", $analysis_tools);
 158     sleep(5);
 159     $d->find_element_ok('Analysis Tools', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools')->click();
 160     sleep(5);
 161     my $analysis_tools = $d->find_element('Kinship', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools');
 162     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-60);", $analysis_tools);
 163     sleep(2);
 164     $d->find_element_ok('Kinship', 'partial_link_text', 'expand kinship')->click();
 165     sleep(5);
 166     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship -- trial page')->click();
 167     sleep(2);
 168     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 169     sleep(200);
 170     my $sel = $d->find_element('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'scroll up');
 171     my $elem =$d->driver->execute_script("arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -100);", $sel);
 172     sleep(2);
 173     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check plot output')->click();
 174     sleep(4);
 175     $d->find_element_ok('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'check output download')->click();
 176     sleep(2);
 177
 178     `rm -r $cache_dir`;
 179     $d->get_ok('/solgs', 'solgs homepage');
 180     sleep(4);
 181
 182     $d->find_element_ok('population_search_entry', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 183     sleep(5);
 184     $d->find_element_ok('search_training_pop', 'id', 'search for training pop')->click();
 185     sleep(5);
 186     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
 187     sleep(5);
 188     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'submit job tr pop')->click();
 189     sleep(2);
 190     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'no job queueing')->send_keys('Test Kasese Tr pop');
 191     sleep(2);
 192     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 193         sleep(2);
 194     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 195     sleep(200);
 196     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 197     sleep(3);
 198
 199     $d->find_element_ok('population_search_entry', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 200     sleep(5);
 201     $d->find_element_ok('search_training_pop', 'id', 'search for training pop')->click();
 202     sleep(5);
 203     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
 204     sleep(15);
 205
 206     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 207     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 208     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 209     sleep(3);
 210     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'no job queueing')->click();
 211     sleep(2);
 212     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'no job queueing')->send_keys('Test DMCP-FRW modeling  Kasese');
 213     sleep(2);
 214     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 215         sleep(2);
 216     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 217     sleep(200);
 218     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 219     sleep(10);
 220
 221     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 222     sleep(1);
 223     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 224     sleep(1);
 225     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 226     sleep(3);
 227
 228     my $analysis_tools = $d->find_element('Kinship', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools');
 229     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-50);", $analysis_tools);
 230     sleep(5);
 231     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship')->click();
 232     sleep(2);
 233     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 234     sleep(200);
 235     my $sel = $d->find_element('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'scroll up');
 236     my $elem =$d->driver->execute_script("arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -100);", $sel);
 237     sleep(2);
 238     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check output')->click();
 239     sleep(4);
 240     $d->find_element_ok('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'check output')->click();
 241     sleep(2);
 242
 243     $d->driver->refresh();
 244     sleep(10);
 245
 246     my $clustering = $d->find_element('Models summary', 'partial_link_text', 'scroll up');
 247     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $clustering);
 248     sleep(5);
 249     $d->find_element_ok('//table[@id="model_summary"]//*[contains(text(), "FRW")]', 'xpath', 'click training pop')->click();
 250     sleep(5);
 251     my $analysis_tools = $d->find_element('Kinship', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools');
 252     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-50);", $analysis_tools);
 253     sleep(5);
 254     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship')->click();
 255     sleep(200);
 256     my $sel = $d->find_element('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'scroll up');
 257     my $elem =$d->driver->execute_script("arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -100);", $sel);
 258     sleep(2);
 259     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check output')->click();
 260     sleep(4);
 261     $d->find_element_ok('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'check output')->click();
 262     sleep(4);
 263
 264
 265     #########
 266     $d->get_ok('/solgs', 'solgs homepage');
 267     sleep(4);
 268
 269     $d->find_element_ok('population_search_entry', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 270     sleep(2);
 271     $d->find_element_ok('search_training_pop', 'id', 'search for training pop')->click();
 272     sleep(1);
 273     $d->find_element_ok('population_search_entry', 'id', 'population search form')->clear();
 274     sleep(2);
 275     $d->find_element_ok('population_search_entry', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 nacrri');
 276     sleep(5);
 277     $d->find_element_ok('search_training_pop', 'id', 'search for training pop')->click();
 278     sleep(3);
 279
 280     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="139"]', 'xpath', 'select trial kasese')->click();
 281     sleep(2);
 282     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="141"]', 'xpath', 'select trial nacrri')->click();
 283     sleep(2);
 284     $d->find_element_ok('select_trials_btn', 'id', 'done selecting')->click();
 285     sleep(2);
 286     $d->find_element_ok('combine_trait_trials', 'id', 'combine trials')->click();
 287     sleep(3);
 288     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'submit job tr pop')->click();
 289     sleep(2);
 290     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'no job queueing')->send_keys('combo trials tr pop');
 291     sleep(2);
 292     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 293         sleep(2);
 294     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 295     sleep(200);
 296     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 297     sleep(3);
 298
 299
 300     $d->find_element_ok('population_search_entry', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 301     sleep(2);
 302     $d->find_element_ok('search_training_pop', 'id', 'search for training pop')->click();
 303     sleep(1);
 304     $d->find_element_ok('population_search_entry', 'id', 'population search form')->clear();
 305     sleep(2);
 306     $d->find_element_ok('population_search_entry', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 nacrri');
 307     sleep(5);
 308     $d->find_element_ok('search_training_pop', 'id', 'search for training pop')->click();
 309     sleep(3);
 310
 311     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="139"]', 'xpath', 'select trial kasese')->click();
 312     sleep(2);
 313     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="141"]', 'xpath', 'select trial nacrri')->click();
 314     sleep(2);
 315     $d->find_element_ok('select_trials_btn', 'id', 'done selecting')->click();
 316     sleep(2);
 317     $d->find_element_ok('combine_trait_trials', 'id', 'combine trials')->click();
 318     sleep(15);
 319
 320     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 321     sleep(1);
 322     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 323     sleep(1);
 324     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 325     sleep(10);
 326     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'no job queueing')->click();
 327     sleep(2);
 328     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'no job queueing')->send_keys('Test DMCP-FRW modeling combo trials');
 329     sleep(2);
 330     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 331         sleep(2);
 332     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 333     sleep(300);
 334     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 335     sleep(15);
 336
 337     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 338     sleep(1);
 339     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 340     sleep(1);
 341     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 342     sleep(10);
 343
 344     my $kin = $d->find_element('Kinship', 'partial_link_text', 'scroll up');
 345     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $kin);
 346     sleep(5);
 347     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship -- multi models page')->click();
 348     sleep(2);
 349     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 350     sleep(200);
 351     my $sel = $d->find_element('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'scroll up');
 352     my $elem =$d->driver->execute_script("arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -100);", $sel);
 353     sleep(5);
 354     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check output')->click();
 355     sleep(4);
 356     $d->find_element_ok('//div[@id="kinship_div"]//*[contains(text(), "Download")]', 'xpath', 'check output')->click();
 357     sleep(2);
 358
 359     $d->driver->refresh();
 360     sleep(10);
 361
 362     $d->find_element_ok('//table[@id="model_summary"]//*[contains(text(), "FRW")]', 'xpath', 'click training pop')->click();
 363     sleep(5);
 364     my $kin = $d->find_element('Kinship', 'partial_link_text', 'scroll up kinship section');
 365     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-50);", $kin);
 366     sleep(5);
 367     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_kinship")]', 'xpath', 'run kinship -- FRW model page')->click();
 368     sleep(200);
 369     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Diag")]', 'xpath', 'check output')->click();
 370     sleep(4);
 371
 372     foreach my $list_id ($trials_list_id, $accessions_list_id) {
 373         $list_id =~ s/\w+_//g;
 374         $solgs_data->delete_list($list_id);
 375     }
 376
 377     foreach my $dataset_id ($trials_dt_id, $accessions_dt_id) {
 378         $dataset_id =~ s/\w+_//g;
 379         $solgs_data->delete_dataset($dataset_id);
 380     }
 381
 382 });
 383
 384
 385 done_testing();