mason/biosource/sample/basic_sample_info.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  basic_sample_info.mas
   6  mason component to take basic sample data from the database and return it as html
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10  A mason component to take basic sample data from the database and return it as html
  11
  12 </%doc>
  13
  14 <%args>
  15   $schema
  16   $sample
  17 </%args>
  18
  19 <%perl>
  20 use strict;
  21 use warnings;
  22
  23 use CXGN::People::Person;
  24
  25 my $default_message = '<span class="ghosted">not recorded</span>';
  26
  27 my $sample_name = $sample->get_sample_name();
  28     my $alt_name = $sample->get_alternative_name() || $default_message;
  29     my $type_id = $sample->get_type_id();
  30     my $description = $sample->get_description() || $default_message;
  31     my $contact_id = $sample->get_contact_id();
  32     my $organism_id = $sample->get_organism_id();
  33     my $stock_id = $sample->get_stock_id();
  34     my $protocol_id = $sample->get_protocol_id();
  35
  36     ## Now it will take the data for each id
  37
  38     ## Type_id
  39
  40     my $type_name_html = $default_message;
  41     if (defined $type_id) {
  42
  43         my ($type_cvterm_row) = $schema->resultset('Cv::Cvterm')
  44                                        ->search({ cvterm_id => $type_id });
  45
  46         if (defined $type_cvterm_row) {
  47
  48             $type_name_html = $type_cvterm_row->get_column('name');
  49         }
  50     }
  51
  52     ## Organism_id
  53
  54     my $organism_html = $default_message;
  55     my ($organism_row) = $schema->resultset('Organism::Organism')
  56                                 ->search( { organism_id => $organism_id } );
  57
  58     if (defined $organism_row) {
  59         my $genus = $organism_row->get_column('genus');
  60         my $species = $organism_row->get_column('species');
  61         my $organism_link = '/chado/organism.pl?organism_id='.$organism_id;
  62         $organism_html = "<a href=$organism_link>$species</a><br>";
  63     }
  64
  65
  66     ## Same thing with protocol (it haven't any web yet)
  67
  68     my $protocol_html = $default_message;
  69     my ($protocol_row) = $schema->resultset('BsProtocol')
  70                                 ->search( { protocol_id => $protocol_id } );
  71
  72     if (defined $protocol_row) {
  73         my $protocol_name = $protocol_row->get_column('protocol_name');
  74         ## my $protocol_link = '/biosource/protocol.pl?protocol_id='.$protocol_id;
  75         ## $protocol_html = "<a href=$protocol_link>$protocol_name</a><br>";
  76         $protocol_html = $protocol_name;
  77     }
  78
  79     ## Contact_id
  80
  81     my $contact_html = $default_message;
  82
  83     my $contact = CXGN::People::Person->new($schema->storage()->dbh(), $contact_id);
  84
  85     if (defined $contact) {
  86
  87         my $saludation = $contact->get_salutation();
  88         my $first_name = $contact->get_first_name();
  89         my $last_name = $contact->get_last_name();
  90
  91         my $contact_link = '/solpeople/personal-info.pl?sp_person_id=' . $contact_id;
  92         $contact_html = "<a href=$contact_link>$saludation $first_name $last_name</a><br>";
  93     }
  94
  95     ## For now, there are not any stock information to show. It should be complete with
  96     ## Nat. div. module in some point
  97
  98
  99     my (@onto_html);
 100     my (@external_links_html);
 101     my %dbxref_related = $sample->get_dbxref_related();
 102
 103     foreach my $dbxref_id (sort keys %dbxref_related) {
 104
 105         ## Get the sample_element_dbxref (GO and PO terms) (with cvterm.name)
 106         ## Get external accessions (without cvterm.name)
 107
 108         if (defined $dbxref_related{$dbxref_id} ) {
 109
 110              my %dbxref_rel_data = %{ $dbxref_related{$dbxref_id} };
 111
 112              if (defined $dbxref_rel_data{'cvterm.name'}) {
 113
 114                  my $onto_accession = $dbxref_rel_data{'db.name'} . ":" . $dbxref_rel_data{'dbxref.accession'};
 115                  my $onto_descr = $dbxref_rel_data{'cvterm.name'};
 116                  my $onto_link = '/cvterm/'.$dbxref_rel_data{'cvterm.cvterm_id'}.'/view';
 117                  my $onto_line = "<a href=$onto_link>$onto_accession</a> ($onto_descr)<br>";
 118                  push @onto_html, $onto_line;
 119              }
 120              else {
 121                  my $external_accession = $dbxref_rel_data{'db.name'} . ": " . $dbxref_rel_data{'dbxref.accession'};
 122                  if( $dbxref_rel_data{'db.urlprefix'} &&  $dbxref_rel_data{'db.url'} ) {
 123                      my $external_link = $dbxref_rel_data{'db.urlprefix'} . $dbxref_rel_data{'db.url'} . $dbxref_rel_data{'dbxref.accession'};
 124                      my $external_line = "<a href=$external_link>$external_accession</a><br>";
 125                      push @external_links_html, $external_line;
 126                  } else {
 127                      push @external_links_html, $external_accession;
 128                  }
 129              }
 130          }
 131     }
 132
 133     my $ontologies_list = join(' ', @onto_html) || $default_message;
 134     my $external_links_list = join(' ', @external_links_html) || $default_message;
 135
 136 </%perl>
 137
 138 <&| /page/info_section.mas, title => 'Data source' &>
 139
 140     <& /page/info_table.mas, multicol => 4, data => [
 141             'Name' => $sample_name,
 142             'Alternative name' => $alt_name,
 143             'Type' => $type_name_html,
 144             'Protocol' => $protocol_html,
 145             'Organism' => $organism_html,
 146             'Contact' => $contact_html,
 147     ]&>
 148
 149     <& /page/info_table.mas, data => [
 150             'Description' => $description,
 151     ]&>
 152     <& /page/info_table.mas, data => [
 153             'Ontology terms' => $ontologies_list,
 154             'External links' => $external_links_list,
 155     ]&>
 156
 157 </&>