mason/biosource/sample/sample_relations.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  sample_relations.mas
   6  mason component to take sample relations associated to a sample from the database and return it as html
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 DESCRIPTION
  17
  18  A mason component to take sample relations associated to a sample from the database and return it as html.
  19
  20
  21 =cut
  22
  23 =head 1 AUTHOR
  24
  25  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  26
  27 =cut
  28
  29 </%doc>
  30
  31
  32 <%args>
  33 $schema
  34 $sample
  35 $sample_relations_href
  36 </%args>
  37
  38 <%perl>
  39 use strict;
  40 use warnings;
  41
  42 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  43
  44 my $rel_content;
  45 my @relation_types = ('parents', 'brothers', 'children');
  46
  47 my $default_message = '<i><font color="gray">Data not available</basefont></i>';
  48
  49 ## Now it will take each sample relationship and it will take sample_id,
  50 ## relation_type and sample_name
  51
  52 my %sample_relations = %{$sample_relations_href};
  53
  54 my @sample_rel_list;
  55
  56 foreach my $relation (@relation_types) {
  57
  58     if (defined $sample_relations{$relation} ) {
  59
  60         my @samples_rel = @{$sample_relations{$relation}};
  61
  62         foreach my $sample_rel (@samples_rel) {
  63
  64             my $sample_id = $sample_rel->get_sample_id();
  65             my $sample_name = $sample_rel->get_sample_name();
  66             my $sample_link = '/biosource/sample.pl?id=' . $sample_id;
  67             my $sample_html = "<a href=$sample_link>$sample_name</a><br>";
  68
  69             my $type_id = $sample_rel->get_type_id();
  70             my $type_name_html = $default_message;
  71             if (defined $type_id) {
  72
  73                 my ($type_cvterm_row) = $schema->resultset('Cv::Cvterm')
  74                                                ->search({ cvterm_id => $type_id });
  75
  76                 if (defined $type_cvterm_row) {
  77
  78                     $type_name_html = $type_cvterm_row->get_column('name');
  79                 }
  80             }
  81
  82
  83             push @sample_rel_list, [uc($relation), $sample_html, $type_name_html];
  84         }
  85     }
  86
  87
  88     ## Use columnar table to give the html format. If don't exists any data, print message.
  89
  90     my $rel_composition_html = columnar_table_html( headings => [ 'Relation', 'Sample', 'Type'],
  91                                                     data     => \@sample_rel_list,
  92                                                     __alt_freq => 2,
  93                                                     __align  => ['c', 'c', 'c'], );
  94
  95
  96     my $rel_n = scalar(@sample_rel_list);
  97     if ($rel_n == 0) {
  98         $rel_composition_html = 'No relation was found associated to this sample';
  99     }
 100
 101     $rel_content = info_section_html( title        => "Sample Relations (".$rel_n.")",
 102                                       contents     => $rel_composition_html,
 103                                       collapsible  => 1,
 104                                       collapsed    => 0, );
 105
 106 }
 107
 108 </%perl>
 109
 110 <% $rel_content %>
 111
 112 <&
 113    /util/import_javascript.mas,
 114    classes => 'CXGN.Effects'
 115 &>
 116