mason/chado/cvterm.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /chado/cvterm.mas - a component for printing the cvterm page
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 Parameters:
  10
  11 =over 1
  12
  13 =item cvterm
  14
  15 CXGN::Chado::Cvterm object
  16
  17
  18
  19 =back
  20
  21 =head1 AUTHOR
  22
  23 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  24
  25 =cut
  26
  27 </%doc>
  28
  29 <%args>
  30   $cvterm
  31 </%args>
  32
  33 <%once>
  34 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/
  35  info_section_html
  36  page_title_html
  37  columnar_table_html
  38 /;
  39 use CXGN::Phenome::Qtl::Tools;
  40 </%once>
  41
  42 <%perl>
  43 my $cvterm_id   = $cvterm->get_cvterm_id;
  44 my $db_name     = $cvterm->get_db_name;
  45 my $accession   = $cvterm->get_accession;
  46 my $cvterm_name = $cvterm->get_cvterm_name;
  47 my $definition  = $cvterm->get_definition;
  48 my $comment     = $cvterm->comment;
  49
  50 my $is_obsolete = $cvterm->get_obsolete();
  51 my @synonyms    = $cvterm->get_synonyms();
  52 my @def_dbxrefs = $cvterm->get_def_dbxref();
  53 my @secondary_dbxrefs = $cvterm->get_secondary_dbxrefs();
  54 my @image_ids = $cvterm->get_image_ids;
  55
  56 my @def_accessions = map( $_->get_db_name . ":" . $_->get_accession , @def_dbxrefs);
  57
  58
  59 my @qtl_pops = CXGN::Phenome::Qtl::Tools->new()->is_from_qtl( $cvterm_id );
  60 my @qtl_data;
  61
  62 if ( @qtl_pops )
  63  {
  64     foreach my $pop (@qtl_pops)
  65     {
  66       my $pop_id   = $pop->get_population_id();
  67       my $name     = $pop->get_name();
  68       my $desc     = $pop->get_description();
  69       my $qtl_link = qq | <a href="/phenome/qtl_analysis.pl?population_id=$pop_id&amp;cvterm_id=$cvterm_id" onClick="Qtl.waitPage()">$name</a> |;
  70       push @qtl_data, [ $qtl_link, $desc ];
  71     }
  72  }
  73
  74 my $this_page = "/cvterm/$cvterm_id/view/";
  75 my $image_subtitle =
  76    " <a href=\"/image/add?type_id=$cvterm_id&type=cvterm&refering_page=$this_page\">[Add image]</a>" ;
  77
  78
  79 </%perl>
  80
  81
  82 <& /util/import_javascript.mas, classes => [qw [CXGN.AJAX.Ontology  CXGN.Phenome.Qtl thickbox jquery  jquery.dataTables] ] &>
  83
  84
  85 <script language="javascript">
  86   function recursiveAnnotations( a ) {
  87       jQuery.ajax( { url:      a.url+"?cvterm_id=<% $cvterm_id %>" ,
  88                      dataType: "json",
  89                      success: function(response) {
  90                               //jQuery("#"+a.content_id).html(response.html);
  91                               jQuery("#"+a.count_id).html( response.count + ' ' + a.inflect[ response.count == 1 ? 0 : 1 ]);
  92                        if( response.error )  {
  93                              alert(response.error);
  94                       }
  95                      }
  96                   });
  97   }
  98 </script>
  99
 100
 101 <& /page/page_title.mas, title=> "$db_name:$accession '$cvterm_name' " &>
 102
 103
 104 <&| /page/info_section.mas, title=>"Cvterm details" &>
 105 <table>
 106 <tr><td>Term id</td><td><b><% $accession %></b></td></tr>
 107 <tr><td>Term name</td><td><b><% $cvterm_name %></b></td></tr>
 108 <tr><td>Term definition</td><td><b><% $definition %></b></td></tr>
 109 <tr><td>Comment</td><td><b><% $comment %></b></td></tr>
 110 </table>
 111
 112 % if ($is_obsolete) {
 113 <b>Obsolete:</b> TRUE <br />
 114 % }
 115
 116 <br /><b>Synoyms</b><br />
 117 % foreach my $synonym (@synonyms) {
 118 <% $synonym %> <br />
 119 % }
 120
 121 <br /><b> Definition dbxrefs</b><br />
 122 % foreach my $da (@def_accessions) {
 123 <% $da %><br />
 124 % }
 125
 126 <br /><b> Definition dbxrefs</b><br />
 127 % foreach my $ds (@secondary_dbxrefs) {
 128 <% $ds %><br />
 129 %  }
 130
 131 </&>
 132 <br />
 133
 134 <h4>Add this term to a list</h4>
 135
 136 <div id="cvterm_id" style="display:none" ><% $cvterm_name %>|<% $db_name %>:<% $accession %></div>
 137
 138 <&| /page/info_section.mas, title=>"Add to list", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 139 <div id="paste_to_list">
 140 LOAD...
 141 </div>
 142
 143 </&>
 144 <script>
 145
 146   if (isLoggedIn()) {
 147     addToListMenu('paste_to_list', 'cvterm_id', { listType: 'traits' } );
 148   }
 149   else {
 150     jQuery('#paste_to_list').html("&nbsp;Please log in to use lists.");
 151   }
 152
 153 </script>
 154
 155 <br />
 156
 157
 158 <& /ontology/embedded_browser.mas, cvterm => $cvterm &>
 159
 160
 161
 162 <&| /page/info_section.mas,
 163     title=> "Annotated loci",
 164     subtitle => '',
 165     collapsible => 1,
 166     collapsed   => 1,
 167 &>
 168
 169 <table id="loci_data" class="display">
 170 <thead>
 171   <tr>
 172     <th>Organism</th>
 173     <th>Locus symbol</th>
 174     <th>Locus name</th>
 175   </tr>
 176 </thead>
 177
 178 </table>
 179
 180 <script>
 181
 182   jQuery(document).ready(function () {
 183
 184     jQuery('#loci_data').DataTable( {
 185       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/annotated_loci',
 186      });
 187   });
 188
 189 </script>
 190
 191
 192 </&>
 193
 194
 195
 196 <&| /page/info_section.mas,
 197        title=> "Annotated stocks",
 198        collapsible => 1,
 199        collapsed=>1,
 200        subtitle => '',
 201        hide_if_empty => 1,
 202  &>
 203
 204 <table id="annotated_stocks_data" class="display">
 205 <thead>
 206   <tr>
 207      <th>Type</th>
 208     <th>Stock name</th>
 209     <th>Description</th>
 210   </tr>
 211 </thead>
 212
 213 </table>
 214
 215 <script>
 216
 217   jQuery(document).ready(function () {
 218
 219     jQuery('#annotated_stocks_data').DataTable( {
 220       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/annotated_stocks',
 221      });
 222   });
 223
 224 </script>
 225
 226
 227 </&>
 228
 229
 230
 231 % if ( @qtl_pops )
 232 % {
 233     <&| /page/info_section.mas,
 234         title       => "QTL analysis",
 235         collapsible => 1,
 236    &>
 237      <& /page/columnar_table.mas,
 238         headings     => ["Analyze QTL in population", "Population description"],
 239         data         => \@qtl_data,
 240         __alt_freq   => 2,
 241         __align      =>'l',
 242      &>
 243   </&>
 244 % }
 245
 246
 247
 248 <&| /page/info_section.mas,
 249       title       => "Phenotyped accessions",
 250       collapsible => 1,
 251       collapsed=>1,
 252       subtitle    => '' ,
 253 &>
 254
 255
 256 <table id="phen_stocks_data" class="display">
 257 <thead>
 258   <tr>
 259      <th>Type</th>
 260     <th>Stock name</th>
 261     <th>Description</th>
 262   </tr>
 263 </thead>
 264
 265 </table>
 266
 267 <script>
 268
 269   jQuery(document).ready(function () {
 270
 271     jQuery('#phen_stocks_data').DataTable( {
 272       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/phenotyped_stocks',
 273      });
 274   });
 275
 276 </script>
 277
 278
 279 </&>
 280
 281
 282
 283 <&| /page/info_section.mas,
 284       title       => "Phenotyping trials",
 285       collapsible => 1,
 286       collapsed=>1,
 287       subtitle    => '<span id="trial_count"></span>',
 288 &>
 289
 290 <script language="javascript">
 291     recursiveAnnotations({
 292                          url:        "/cvterm/"+<% $cvterm_id %>+"/datatables/direct_trials",
 293                          content_id: "trial_div",
 294                          count_id:   "trial_count",
 295                          inflect:    [ 'trial', 'trials' ],
 296                        });
 297 </script>
 298
 299
 300
 301 <table id="trial_data" class="display">
 302 <thead>
 303   <tr>
 304      <th>Trial name</th>
 305      <th>Description</th>
 306   </tr>
 307 </thead>
 308
 309 </table>
 310
 311 <script>
 312
 313   jQuery(document).ready(function () {
 314
 315     jQuery('#trial_data').DataTable( {
 316       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/direct_trials',
 317        }
 318      );
 319   });
 320
 321 </script>
 322
 323 </&>
 324
 325 <&| /page/info_section.mas,
 326     title => "Images and figures",
 327     subtitle      => $image_subtitle,
 328     collapsible   => 1,
 329     collapsed     => 0,
 330     hide_if_empty => 1,
 331 &>
 332
 333 <& /image/print_images.mas, images => \@image_ids &>
 334
 335 </&>
 336
 337 <& /qtl/waitmessage.mas &>