mason/secretom/index.mas

   1   <style type="text/css">
   2     a.project {
   3       /* idiotic transparent-background syntax for IE */
   4       -ms-filter: "progid:DXImageTransform.Microsoft.gradient(startColorstr=#CCFFFFFF, endColorstr=#CCFFFFFF)";
   5       filter: progid:DXImageTransform.Microsoft.gradient(startColorstr=#CCFFFFFF, endColorstr=#CCFFFFFF);
   6
   7       background: rgba(255,255,255,0.8);
   8       text-align: left;
   9       padding: 1em;
  10       cursor: pointer;
  11       display: block;
  12       color: #111;
  13       font-size: 105%;
  14       font-weight: bold;
  15       margin: 1em;
  16       border: 1px solid transparent;
  17     }
  18     a.project:hover {
  19       border: 1px solid black;
  20       text-decoration: none;
  21       color: black;
  22       /* idiotic transparent-background syntax for IE */
  23       -ms-filter: "progid:DXImageTransform.Microsoft.gradient(startColorstr=#EEFFFFFF, endColorstr=#EEFFFFFF)";
  24       filter: progid:DXImageTransform.Microsoft.gradient(startColorstr=#EEFFFFFF, endColorstr=#EEFFFFFF);
  25       background: rgba(255,255,255,0.9);
  26     }
  27     div.projects  {
  28         background: url(/img/secretom/tomato_gray.png) 30% 100% no-repeat;
  29         padding-bottom: 20px;
  30         margin-bottom: 20px;
  31     }
  32
  33     #secretom_summary > .infosectioncontent {
  34        background: rgba(255,255,255,0.8);
  35        border: 1px solid rgba( 0, 0, 0, 0.1 );
  36        padding: 10px;
  37     }
  38     #secretom_summary > .infosectioncontent > p:first-child {
  39       margin-top: 0;
  40     }
  41
  42     #secretom_summary p {
  43       margin: 1.8em 0;
  44     }
  45
  46     .resources a {
  47        font-size: 120%;
  48        color: black;
  49        display: block;
  50        margin: 20px 20px;
  51        font-weight: bold;
  52        text-align: left;
  53     }
  54
  55     .resources .secretary  {
  56        font-weight: bold;
  57        margin: 0 auto;
  58        letter-spacing: 0.8px;
  59        text-align: center;
  60        font-size: 110%;
  61     }
  62     .resources .secretary a {
  63        background: #ddf;
  64        border-radius: 10px;
  65        -moz-border-radius: 10px;
  66        -webkit-border-radius: 10px;
  67        padding: 10px 20px;
  68        margin: 20px auto 7px auto;
  69        border: 1px solid #888;
  70        border-bottom: 2px solid #777;
  71        font-size: 140%;
  72        text-align: center;
  73        width: 10em;
  74     }
  75     .resources .secretary a:hover {
  76        text-decoration: none;
  77        background: #eee;
  78     }
  79
  80
  81
  82     ul.conferences {
  83       padding-left: 0.5em;
  84     }
  85     ul.conferences li {
  86       margin-top: 2em;
  87       margin-bottom: 2em;
  88     }
  89
  90     .secretom {
  91       font-weight: bold;
  92       letter-spacing: 0.5px;
  93       color: red;
  94       font-size: 105%;
  95       text-transform: lowercase;
  96     }
  97     #education a {
  98       font-size: 110%;
  99       letter-spacing: 0.8px;
 100       font-weight: bold;
 101     }
 102
 103   </style>
 104
 105   <div style="width: 80%; margin: 0 auto">
 106     <& /page/page_title.mas, title => 'A project to catalog and study the dynamic properties of the cell wall proteome (the secretome), using tomato as a model system.' &>
 107   </div>
 108
 109   <div id="secretom_summary" style="float: left; width: 50%">
 110     <&| /page/info_section.mas, title => 'Summary' &>
 111
 112       <p>
 113       The <a class="info_link" href="/secretom/detail/cell_wall">plant cell wall/apoplast</a> plays a fundamental role
 114       in many aspects of growth, development, and responses to environmental
 115       conditions and assault by pathogens and insects. It is therefore not
 116       surprising that a substantial portion of the plant proteome is
 117       localized in the cell wall/apoplast. However, while major initiatives
 118       are now underway to map the proteomes of many plant organelles, such
 119       as the <a  href="http://ppdb.tc.cornell.edu/dbsearch/subproteome.aspx">
 120       chloroplast</a>, the cell wall proteome, or "secretome", is far
 121       less well characterized than those of other subcellular compartments.
 122       </p>
 123
 124       <img width="250" style="display: block; margin: 0 auto" src="/img/secretom/proteome.png" />
 125
 126       <p>
 127       <strong>What is the "secretome"?</strong> The term "secretome" is
 128       generally used to refer to the population of proteins that are
 129       secreted outside the plasma membrane of a cell, but can also be used
 130       to describe the subset of the proteome that enter the <a href="/secretom/detail/secretion_path">secretory
 131       pathway</a>.
 132       </p>
 133
 134       <p>
 135       <strong>The purpose of this NSF-funded project</strong> is to
 136       catalog and study the dynamic properties of
 137       the cell wall proteome, or secretome, using tomato (<i>Solanum
 138       lycopersicum</i>) as a model system.
 139       </p>
 140
 141
 142       <p>
 143       <strong>Why study the "secretome"?</strong> Proteomic analysis of cellular
 144       compartments reveals the subcellular locations of a specific protein,
 145       or protein complex, which in turn can be a valuable step towards
 146       understanding protein function. Localization information also helps in
 147       the identification of protein interactions and targeting pathways, and
 148       peptide motifs and structural signatures that can direct proteins to
 149       various cellular locations. In addition the analysis of a subcellular
 150       proteome has the advantage of requiring "biological
 151       pre-fractionation," which can substantially enhance the detection of
 152       lower-abundance proteins.
 153       </p>
 154
 155     </&>
 156   </div>
 157   <div style="float: right; width: 50%">
 158
 159      <div class="projects">
 160       <&| /page/info_section.mas, title => 'Projects', subtitle => 'download datasets: <a href="ftp://ftp.solgenomics.net/secretom/">[SGN FTP site]</a>' &>
 161
 162         <a class="project" href="/secretom/detail/prediction">Computational Prediction of the Plant Secretome</a>
 163         <a class="project" href="/secretom/detail/functional_screens">Functional Screens for Secreted Proteins</a>
 164         <a class="project" href="/secretom/detail/glycoproteome">The Tomato Fruit Glycoproteome</a>
 165         <a class="project" href="/secretom/detail/proteomics">Tomato Comparative and Quantitative Proteomics</a>
 166         <a class="project" href="/secretom/detail/profiling">Integrated Proteome/Transcriptome Profiling of Tomato Fruit</a>
 167         <a class="project" href="/secretom/detail/cuticle">The Tomato Fruit Cuticular Cell Wall Proteome</a>
 168         <a class="project" href="/secretom/detail/phytophthora_interaction">The Secretome of Phytophthora/Tomato Interactions</a>
 169         <a class="project" href="/secretom/detail/spinoffs">Spin-off Projects and Collaborations</a>
 170
 171       </&>
 172     </div>
 173      <div class="resources">
 174       <&| /page/info_section.mas, title => 'Resources' &>
 175
 176         <a href="ftp://ftp.solgenomics.net/secretom/">
 177           <span class="secretom">secretom</span> datasets (<span style="text-decoration: underline">SGN FTP</span>)
 178         </a>
 179         <a href="/secretom/publications">
 180           <span class="secretom">secretom</span> publications
 181         </a>
 182         <hr />
 183         <div class="secretary">
 184           <a href="/secretom/secretary">Use SecreTary</a>
 185           A tool for predicting secreted proteins.
 186         </div>
 187       </&>
 188      </div>
 189   </div>
 190
 191   <&| /page/info_section.mas, title => 'News' &>
 192
 193     <div style="float: left; width: 50%">
 194       <&| /page/info_section.mas, title => 'Job Openings', is_subsection => 1 &>
 195         <p>
 196         The Rose lab is currently seeking a postdoctoral research associate with
 197         an interest in plant proteomics, or fruit development and ripening.
 198         Experience in mass spectrometry and plant molecular biology would
 199         be an advantage, and good communication skills are critical.
 200         Please contact Joss Rose if interested:
 201         <a href="mailto:jr286@cornell.edu">jr286@cornell.edu</a>
 202         </p>
 203       </&>
 204     </div>
 205
 206
 207     <div style="width: 50%; float: right" id="education">
 208
 209       <&| /page/info_section.mas, title => 'Education, Training, and Outreach', is_subsection => 1 &>
 210           <img style="border: 1px solid black; display: block; margin: 15px auto 0 auto" src="/img/secretom/tomato_bath.png" />
 211           <p>
 212              <a href="/secretom/training">Education and training
 213              opportunities</a> in plant proteomics and cell wall
 214              biology are available as part of <span class="secretom">Secretom</span>.
 215           </p>
 216
 217           <p><a href="/secretom/outreach">Internships</a> are also available.</p>
 218        </&>
 219     </div>
 220
 221
 222   </&>
 223   <&| /page/info_section.mas, title => 'People' &>
 224     <ul class="people">
 225       <li>Joss Rose <a href="http://labs.plantbio.cornell.edu/rose/">[Lab]</a></li>
 226       <li>Ted Thannhauser <a href="http://www.ars.usda.gov/PandP/docs.htm?docid=9634">[USDA Personal]</a></li>
 227       <li>Jim Giovannoni <a href="http://www.bti.cornell.edu/JimGiovannoni.php?page=Research#page=ResearchSummary">[BTI Personal]</a></li>
 228       <li>Lukas Mueller <a href="http://solgenomics.net/about">[SGN]</a></li>
 229       <li>Zhangjun Fei <a href="http://www.bti.cornell.edu/ZhangjunFei.php?page=Research#page=ResearchSummary">[BTI Personal]</a></li>
 230     </ul>
 231
 232   </&>
 233   <&| /page/info_section.mas, title => 'Funding' &>
 234
 235        <table><tr>
 236        <td><a style="background: none" href="http://www.nsf.gov"><img border="0" src="/documents/img/secretom/NSF_Logo.jpg" width="100" height="100"/></a></td>
 237        <td style="vertical-align: middle; padding-left: 1em">
 238         <p>This project and database are funded by National Science Foundation Grant
 239         <a href="http://nsf.gov/awardsearch/showAward.do?AwardNumber=0606595">0606595</a>.
 240         </p>
 241
 242         <p>
 243         For questions and comments regarding the SecreTom project, please
 244         contact Jocelyn Rose at <a href="mailto:jr286@cornell.edu">jr286@cornell.edu</a>.
 245         </p>
 246       </td></tr>
 247       </table>
 248
 249   </&>
 250
 251   <&| /page/info_section.mas, title => 'Related Sites' &>
 252
 253       <ul>
 254         <li><a href="http://www.ccrc.uga.edu/~mao/cellwall/main.htm">Plant Cell Wall Overview</a></li>
 255         <li><a href="http://cell.ccrc.uga.edu/~mao/wallmab/Home/Home.php">Cell Wall Antibodies</a></li>
 256         <li><a href="http://cellwall.genomics.purdue.edu/">Cell Wall Genomics</a></li>
 257         <li><a href="http://csbl1.bmb.uga.edu/pDAWG">Plant cell wall genes (pDAWG)</a></li>
 258         <li><a href="http://bioweb.ucr.edu/Cellwall">Cell Wall Navigator</a></li>
 259         <li><a href="http://www.cazy.org">Carbohydrate Active Enzymes</a></li>
 260       </ul>
 261
 262   </&>
 263