mason/biosource/sample/exp_associated.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  exp_associated.mas
   6  mason component to take experiment data associated to a sample from the database and return it as html
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 DESCRIPTION
  17
  18  A mason component to take experiment data associated to a sample from the database and return it as html.
  19
  20
  21 =cut
  22
  23 =head 1 AUTHOR
  24
  25  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  26
  27 =cut
  28
  29 </%doc>
  30
  31
  32 <%args>
  33 $schema
  34 $target_list
  35 </%args>
  36
  37 <%perl>
  38 use strict;
  39 use warnings;
  40
  41 use CXGN::GEM::Schema;
  42 use CXGN::GEM::Target;
  43 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  44
  45 my $exp_content;
  46 my @target_list = @{ $target_list };
  47
  48 ## Only return something if it is defined $sample and it have a sample_id
  49
  50 if (scalar(@target_list) > 0 ) {
  51
  52     my @exp_list;
  53
  54     foreach my $target (@target_list) {
  55
  56         my $target_id = $target->get_target_id();
  57         my $target_name = $target->get_target_name();
  58         my $target_link = '/gem/target.pl?id=' . $target_id;
  59         my $target_html = "<a href=$target_link>$target_name</a><br>";
  60
  61         my $experiment = $target->get_experiment();
  62         my $exp_id = $experiment->get_experiment_id();
  63         my $exp_name = $experiment->get_experiment_name();
  64         my $exp_link = '/gem/experiment.pl?id=' . $exp_id;
  65         my $exp_html = "<a href=$exp_link>$exp_name</a><br>";
  66
  67         push @exp_list, [$exp_html, $target_html];
  68     }
  69
  70
  71     ## Use columnar table to give the html format. If don't exists any data, print message.
  72
  73     my $exp_composition_html = columnar_table_html( headings => [ 'Experiment', 'Target' ],
  74                                                     data     => \@exp_list,
  75                                                     __alt_freq => 2,
  76                                                     __align  => ['c', 'c'], );
  77
  78
  79     my $exp_n = scalar(@exp_list);
  80     if ($exp_n == 0) {
  81         $exp_composition_html = 'None experiment was found associated to this sample';
  82     }
  83
  84     $exp_content = info_section_html( title        => "Expression Experiments (".$exp_n.")",
  85                                       contents     => $exp_composition_html,
  86                                       collapsible  => 1,
  87                                       collapsed    => 0, );
  88
  89 }
  90
  91 </%perl>
  92
  93 <% $exp_content %>
  94
  95 <&
  96    /util/import_javascript.mas,
  97    classes => 'CXGN.Effects'
  98 &>
  99