mason/genomes/Solanum_lycopersicum.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /genomes/Solanum_lycopersicum.mas - a mason component to display information about sequencing progess for tomato
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 Arguments:
  10
  11 =over 5
  12
  13 =item $dbh
  14
  15 A database handle
  16
  17 =back
  18
  19 =head1 AUTHOR
  20
  21 Lukas Mueller, based on SGN Perl code
  22
  23 =cut
  24
  25 </%doc>
  26
  27 <%args>
  28 $dbh
  29 $basepath
  30 $cview_tempfiles_subdir
  31 </%args>
  32
  33
  34 <& /page/page_title.mas, title => 'International Tomato Genome Sequencing Project' &>
  35
  36 <div style="padding-left: 7px; margin-bottom: 2em">
  37   <p>
  38
  39 The International Tomato Genome Sequencing Project was begun in 2004
  40 by an international consortium including participants from Korea,
  41 China, the United Kingdom, India, the Netherlands, France, Japan,
  42 Spain, Italy and the United States.  The initial approach was to
  43 sequence only the euchromatic sequence using a BAC-by-BAC approach,
  44 and in total more than 1,200 BACs were sequenced. In 2009, a
  45 whole-genome shotgun approach was initiated, which in conjunction with
  46 other data yielded high quality assemblies. The ITAG consortium has
  47 annotated the different builds generated by the two approaches. Please
  48 note that all data is released under the data release agreement below.
  49
  50   </p>
  51
  52   <img style="display: block" src="/documents/img/tomato_varieties.png" border="0" width="720" />
  53
  54 </div>
  55
  56 % if ($dbh->isa('CXGN::DB::Connection')) { print STDERR "marker 2. yes.\n"; }
  57
  58 <&| /page/info_section.mas, title => 'Data Access Agreement' &>
  59   <& /genomes/Solanum_lycopersicum/disclaimer.mas &>
  60 </&>
  61
  62 <a style="
  63   text-align:center;
  64   font-weight:bold;
  65   border: 2px outset;
  66   background: lightgray;
  67   padding: 5px;
  68   width: 40%;
  69   margin: 0.5em auto 1.5em auto;
  70   display: block;
  71   color: black;
  72 "
  73  href="/genomes/Solanum_lycopersicum/genome_data.pl"
  74  >
  75  Search and browse the tomato genome
  76 </a>
  77
  78 <&| /page/info_section.mas, title => 'Tomato genome builds' &>
  79 <& /genomes/Solanum_lycopersicum/wgs_builds_table.mas &>
  80 </&>
  81
  82 <&| /page/info_section.mas, title => 'BAC-by-BAC sequencing statistics', empty_message => '&nbsp;' &>
  83   <& /genomes/Solanum_lycopersicum/bac_by_bac_progress.mas,
  84       dbh      => $dbh,
  85       basepath => $basepath,
  86       cview_tempfiles_subdir => $cview_tempfiles_subdir,
  87    &>
  88 </&>
  89
  90
  91 <&| /page/info_section.mas, title => 'Tomato sequencing data on SGN' &>
  92   <ul>
  93   <li><a href="/about/tomato_project_overview.pl">Project Details</a></li>
  94   <li><a href="/search/direct_search.pl?search=bacs">Search BACS</a></li>
  95   <li>Tomato maps: <a href="/cview/map.pl?map_id=9">EXPEN-2000</a> | <a href="/cview/map.pl?map_id=p9">Physical</a> | <a href="/cview/map.pl?map_id=c9">Contig</a> | <a href="/cview/map.pl?map_id=13">FISH</a> | <a href="/cview/map.pl?map_id=agp">Accessioned Golden Path (AGP)</a></li>
  96   <li><a href="/tomato/genome_data.pl">Browse Tomato Genome Data</a></li>
  97   <li><a href="/sequencing/tpf.pl">View chromosome tiling path (TPF) files</a></li>
  98   <li><a href="/sequencing/agp.pl">View chromosome assembly (AGP) files</a></li>
  99   <li><a href="ftp://ftp.sgn.cornell.edu/genomes/Solanum_lycopersicum/">Download tomato genomic data (FTP)</a></li>
 100   <li><a href="http://docs.google.com/View?docid=dggs4r6k_1dd5p56">Tomato Sequencing and Bioinformatics Guidelines</a> (Google doc)</li>
 101   </ul>
 102 </&>
 103
 104 <&| /page/info_section.mas, title => 'Tomato sequencing tools elsewhere on the web' &>
 105   <ul>
 106   <li><a href="http://tgrc.ucdavis.edu/Data/Acc/AccDetail.aspx?AccessionNum=LA4345">Heinz 1706 order link at TGRC</a> (the variety used in tomato genome sequencing project)</li>
 107   <li><a href="http://tomato.cribi.unipd.it/files/bepindex.html">BAC Extension Tool</a> at the University of Padua, Italy.</li>
 108   <li><a href="http://www.genome.arizona.edu/fpc/tomato/">Tomato FPC pages</a> at University of Arizona, USA.</li>
 109   <li>Sanger FTP site with <a href="ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/tomato/map/">MboI BAC library FPC build</a></li>
 110   <li><a href="http://tomato.genetics.ac.cn/TomatoFPC/">FPC builds</a> produced at the Chinese Academy of Sciences.</li>
 111   <li><a href="http://www.sanger.ac.uk/Software/">Software links at Sanger</a></li>
 112   <li>The <a href="http://biosrv.cab.unina.it">Tomato Genome Annotation pages</a> at the <a href="http://cab.unina.it">computational biology group</a> of the <a href="http://www.unina.it">University of Naples</a>, Italy.</li>
 113   <li><a href="http://www.mitochondrialgenome.org">Tomato mitochondrial genome resource</a></li>
 114   <li><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=149384932">Tomato chloroplast sequence (Genbank)</a></li>
 115
 116   </ul>
 117 </&>
 118
 119
 120 <&| /page/info_section.mas, title => 'Related publications' &>
 121   <a href="/genomes/Solanum_lycopersicum/publications.pl">List of tomato genome publications</a>
 122 </&>