docs/03_managing_breeding_data/03_06.md

   1 ---
   2 title: "3.6 Managing Crosses"
   3 layout: doc_page
   4 ---
   5
   6 <!-- TOC-START -->
   7 * TOC
   8 {:toc}
   9 <!-- TOC-END -->
  10
  11 Information for crosses can be managed using the “Crosses" option in the Manage menu.
  12
  13 ![]({{"assets/images/image148.png" | relative_url }})
  14
  15 Crossing Experiment
  16 ----------
  17
  18 Different crosses in the same trial/nursery/project are grouped via "**crossing experiment**". Crossing experiments are organized based on their breeding programs. To find a crossing experiment, you can either type the crossing experiment name in the “Search” box, or look for the crossing experiment directly in its breeding program by clicking on the “**+**” icon. In each breeding program, crossing experiments can be placed directly in the breeding program, or organized in folders. The "**Folders**" section allows you to place crossing experiments in folders, move a crossing experiment in a folder to another folder, or rearrange your folders within a breeding program.
  19
  20 ![]({{"assets/images/manage_crosses1.png" | relative_url }})
  21
  22 ![]({{"assets/images/manage_crosses2.png" | relative_url }})
  23
  24 ### 3.6.1 Add New Crossing Experiment
  25
  26 To add a new crossing experiment, click on "Add Crossing Experiment" link.
  27
  28 ![]({{"assets/images/manage_crosses_crossingtrial.png" | relative_url }})
  29
  30 Required Information:
  31
  32 • “**Crossing Experiment Name**": enter a name for the crossing experiment. The crossing experiment name must not already exist in the database.
  33
  34 • “**Breeding program**": select a breeding program that is available in the database. New breeding programs can be added on the "Breeding program" page, accessible from the "Manage" menu. *Breeding Program Page*
  35
  36 • “**Location**”: select a location for the crossing experiment. New locations can be entered on the "**Locations**" page, accessible from the "**Manage**" menu. *Location Page*
  37
  38 • “**Year”**: select a year.
  39
  40 • “**Description**": enter a description for the crossing experiment.
  41
  42 After filling in the information, click "**Submit**" to generate the crossing experiment.
  43
  44 ![]({{"assets/images/add_crossingtrial.png" | relative_url }})
  45
  46 Cross
  47 ----------
  48
  49 ### 3.6.2 Add New Crosses
  50
  51 #### 3.6.2.1 Add a cross by using the "Add New Cross" dialog
  52
  53 To add a single new cross, click on "Add Cross" link.
  54
  55 ![]({{"assets/images/manage_crosses_addcross.png" | relative_url }})
  56
  57 Enter cross information in the popup dialog.
  58
  59 ![]({{"assets/images/add_cross.png" | relative_url }})
  60
  61 Required Information:
  62
  63 • “**Crossing experiment**": select a crossing experiment available in the database.
  64
  65 • “**Location**": select a location available in the database.
  66
  67 • “**Cross name**": enter a name for the cross. The cross name must not already exist in the database.
  68
  69 • “**Cross type**": the options for cross types are: biparental, self, open pollinated, bulk, bulk selfed, bulk and open pollinated, double haploid, polycross, reciprocal and multicross.
  70
  71 ![]({{"assets/images/new_cross_dialog_type.png" | relative_url }})
  72
  73 • The “**Female Parent”** and “**Male Parent”** field are auto-complete fields for accessions that are already in the database. The parents specified will be entered in the pedigree of the new accessions generated by this cross.
  74
  75 Optional Information:
  76
  77 • “**Female Plot and/or Male Plot**": In addition to the accession names, specific plots used in the cross can also be added to the database. To retrieve plot names associated with each female/male accession, enter your trial name, then click "**Search Plots**".  Plot names of each parental accession in that field trial will be shown in the drop-down list, you can then select the plot used in the cross.
  78
  79 ![]({{"assets/images/new_cross_dialog2.png" | relative_url }})
  80
  81 Additional crossing experimental information such as pollination date, number of flowers, number of fruits, number of seeds can be specified during adding new cross. Alternatively, this information can be updated or edited directly on the "**Cross Details**" page.
  82
  83 If you know the number of accessions that are generated from the cross, they can be instantiated immediately in the database by clicking the "**Add accessions for progeny**" checkbox and specifying the number.
  84
  85 ![]({{"assets/images/add_cross_info.png" | relative_url }})
  86
  87 Click "Submit" to generate the cross.
  88
  89 #### 3.6.2.2 Upload New Crosses
  90
  91 To upload new crosses from an Excel file (.xls or .xlsx), click on "Upload Crosses" link.
  92
  93 ![]({{"assets/images/manage_crosses_upload.png" | relative_url }})
  94
  95 Select a crossing experiment and a location available in the database from drop-down lists and choose a file that you want to upload, then click "**Upload File**".
  96
  97 ![]({{"assets/images/upload_crosses.png" | relative_url }})
  98
  99 Please check spreadsheet format carefully. The file must be an Excel file (.xls or .xlsx).
 100
 101 ![]({{"assets/images/cross_upload_format.png" | relative_url }})
 102
 103 ### 3.6.3 Update Crosses by Uploading
 104
 105 To upload progenies and/or experimental info of crosses already in the database, go to "**Manage-Upload**" page.
 106
 107 In the "**Crosses**" section, there are links for uploading progenies and experimental info.
 108
 109 ![]({{"assets/images/cross_upload_page.png" | relative_url }})
 110
 111 Please check spreadsheet format in each link carefully. The file must be an Excel file (.xls or .xlsx).
 112
 113 ![]({{"assets/images/progenies_upload_spreadsheet.png" | relative_url }})
 114
 115 ![]({{"assets/images/crossinfo_upload_spreadsheet.png" | relative_url }})
 116
 117 Note: crossing experimental information is customized based on the need for each crop. As a result, column headers for experimental info in your database may be different from the information shown in this manual.
 118
 119 Cross Wishlist
 120 -----------------
 121
 122 An Android ODK application is being developed to record cross information on a mobile device in the field. To link this mobile application with the database, the Cross Wishlist can be used to create a plan for which crosses to perform.
 123
 124 This tool is available on the Manage Cross page. It is currently only available on certain databases, so when you click this link you may see an alert mentioning that the cross wishlist is not available on your database.
 125
 126 ![]({{"assets/images/manage_cross_click_cross_wishlist.png" | relative_url }})
 127
 128 ### 3.6.4 Create a Cross Wishlist
 129
 130 #### Step 1. Select the accessions to be crossed in your trial
 131
 132 There are two interfaces for this step, either "Not Using Lists" or "Using Lists". Depending on if you already have a list of female and male accessions to use, you can decide on which interface to use. The end result of using either interface is the same.
 133
 134 ![]({{"assets/images/cross_wishlist_initial_dialog.png" | relative_url }})
 135
 136 We will start by showing "Not Using Lists". First select the trial in which the crosses are to be performed. This will populate a select box with all the accessions used in that trial. From here, one or many accessions can be selected as the female accession.
 137
 138 ![]({{"assets/images/cross_wishlist_not_using_list_01.png" | relative_url }})
 139
 140 Once the female accessions are selected, a table is populated. Each row in this table begins with the female accession that was selected, followed by a select box with all the accessions used in the trial. From here, one or many accessions can be selected as the male to use in the cross.
 141
 142 ![]({{"assets/images/cross_wishlist_not_using_list_02.png" | relative_url }})
 143
 144 Once the male accessions are selected to cross with each female accession, a table indicating priorities appears. Priority is meant to indicate an order in which to attempt the cross; first the highest priority male will be considered, but if this cross is not possible then subsequent males will be considered. An equal priority can be given and this will not indicate a specific order to follow.
 145
 146 ![]({{"assets/images/cross_wishlist_not_using_list_03.png" | relative_url }})
 147
 148 Alternatively, we could have used the "Using List" interface instead. Here we select the trial in which the crosses will be performed and we provide a list of accessions to consider for the females and the males to be crossed.
 149
 150 ![]({{"assets/images/cross_wishlist_using_list_01.png" | relative_url }})
 151
 152 #### Step 2. Select the female plots to be considered in the crosses
 153
 154 After selecting your lists, the table below is populated. The first column has all the female accessions specified and the header row has all the male accessions specified. The males to consider crossing with each female are indicated with priority.
 155
 156 ![]({{"assets/images/cross_wishlist_using_list_02.png" | relative_url }})
 157
 158 After female and male accessions are selected to cross, either by the "Nor Using List" or "Using List" interface, click Next. The next dialog will allow selection of specific female plots to use for the cross. Sections for each female accession selected will appear with the field layout displayed. Selecting all plots in which the female is present indicates that the cross should be performed on all plots where that female accession is present.
 159
 160 ![]({{"assets/images/cross_wishlist_not_using_list_04.png" | relative_url }})
 161
 162 #### Step 3. Transfer the cross wishlist to your mobile crossing application
 163
 164 Clicking "Push Cross Wishlst for ODK Use" will send the cross wishlist plan to the ONA server for use by the mobile ODK application. Crosses can then be performed and recorded in the field using the mobile application. Afterwards, the crosses are sent back to our database and stored.
 165
 166 Crossing Experiment Detail Page
 167 ----------
 168
 169 Information for crosses in the same crossing experiment is compiled in the crossing experiment detail page.
 170
 171 ![]({{"assets/images/crossingtrial_1.png" | relative_url }})
 172
 173 ![]({{"assets/images/crossingtrial_2.png" | relative_url }})
 174
 175 Each cross name, female parent, male parent, female plot and male plot has a link to its own detail page, which contains information specific to each one.
 176 Note: crossing experimental information is customized based on the need for each crop. As a result, the details of the information in your database may be different from the information shown in this manual.
 177
 178 Cross Detail Page
 179 ----------
 180
 181 Information of each cross can also be viewed in its detail page.
 182
 183 ![]({{"assets/images/cross_page_1.png" | relative_url }})
 184
 185 ![]({{"assets/images/cross_page_2.png" | relative_url }})
 186
 187  This page allows you to update or edit crossing experimental information and add progenies related to that cross.
 188  Note: crossing experimental information is customized based on the need for each crop. As a result, the details of the information in your database may be different from the information shown in this manual.
 189
 190  ![]({{"assets/images/edit_cross_info.png" | relative_url }})
 191
 192  ![]({{"assets/images/cross_add_progenies.png" | relative_url }})