R/rrc_design.R

   1 args=commandArgs(TRUE)
   2
   3 ##args is now a list of character vectors
   4 ## First check to see if arguments are passed.
   5 ## Then cycle through each element of the list and evaluate the expressions.
   6
   7 if(length(args)==0){
   8     print("No arguments supplied.")
   9     ##supply default values
  10     paramfile=''
  11 } else {
  12     for(i in 1:length(args)){
  13         print(paste("Processing arg ", args[[i]]));
  14         eval(parse(text=args[[i]]))
  15     }
  16 }
  17
  18 library(agricolae)
  19 library(blocksdesign)
  20
  21 source(paramfile)
  22
  23 RRCblocks <- data.frame(
  24   block = gl(nRep,length(treatments)),
  25   row = gl(nRow,1),
  26   col = gl(nCol,nRow)
  27 )
  28
  29 RRC <- design(treatments, RRCblocks)$Design
  30 RRC <- transform(RRC, is_a_control = ifelse(RRC$treatments %in% controls, 1, 0))
  31 RRC <- RRC[order(RRC$col),]
  32
  33 RCBD <- design.rcbd(treatments, r=nRep, serie=serie)$book
  34
  35 if(serie == 1){ #Use row numbers as plot names to avoid unwanted agricolae plot num pattern
  36     RRC$plots <- row.names(RCBD)
  37 } else {
  38     RRC$plots <- RCBD$plots
  39 }
  40
  41 #Transform to make each column (block#, row#, col#, etc) a row so perl can parse the design file line by line
  42 TRRC <- unname(as.matrix(RRC))
  43 TRRC <- t(TRRC)
  44
  45 # save result files
  46 basefile <- tools::file_path_sans_ext(paramfile)
  47 outfile = paste(basefile, ".design", sep="");
  48 sink(outfile)
  49 write.table(TRRC, quote=F, sep='\t', row.names=FALSE)
  50 sink();