mason/brapiclient/comparegenotypes.mas

   1
   2 <%args>
   3
   4 </%args>
   5
   6 <& /page/page_title.mas, title=>"Compare genotypes using BrAPI" &>
   7
   8   Server: <input id="server_address" size="40" value="" /><br />
   9
  10   malt.pw.usda.gov/t3/wheatplus
  11
  12   MOREX
  13   BARKEY
  14
  15 <br />
  16
  17 Genotype 1 name: <input id="genotype1" size="40" value="IITA-TMS-IBA000017" /><br />
  18 Genotype 2 name: <input id="genotype2" size="40" value="95NA-00063"  /><br />
  19
  20 <button id="submit">Submit</button>
  21
  22
  23
  24
  25
  26 <script>
  27
  28   jQuery('#submit').click( function() {
  29      compare_genotypes();
  30   });
  31
  32
  33   function compare_genotypes() {
  34
  35     var genotype1 = jQuery('#genotype1').val();
  36     var genotype2 = jQuery('#genotype2').val();
  37     var server = jQuery('#server_address').val();
  38
  39     alert('genotype1 '+genotype1+' genotype2 '+genotype2 +' server '+server);
  40
  41     var id1;
  42     var id2;
  43
  44     jQuery.ajax( {
  45        url: server + '/brapi/0.1/germplasm/find',
  46        data: { q : genotype1 },
  47   //dataType: 'jsonp',
  48        async: false,
  49        success: function(response) {
  50          alert("RESPONSE 1: "+response[0].germplasmId);
  51          id1 = response[0].germplasmId;
  52        },
  53        error: function(response) {
  54          alert("An error occurred.");
  55        }
  56      });
  57
  58      jQuery.ajax( {
  59        url: server + '/brapi/0.1/germplasm/find',
  60        data: { q : genotype2 },
  61   //dataType: 'jsonp',
  62        async: false,
  63        success: function(response) {
  64          alert("RESPONSE 2: "+response[0].germplasmId);
  65          id2 = response[0].germplasmId;
  66        },
  67        error: function(response) {
  68          alert("An error occurred");
  69
  70        }
  71      });
  72
  73      alert("Fetch genotype for "+ id1);
  74
  75      var scores1;
  76      var scores2;
  77
  78      jQuery.ajax( {
  79        url: server + '/brapi/0.1/genotype/'+id1,
  80 //       dataType: 'jsonp',
  81        async: false,
  82        success: function(response) {
  83          alert("RESPONSE for "+id1+": "+Object.keys(response.genotypes[0].genotype).length);
  84          scores1 = response.genotypes[0].genotype;
  85        },
  86        error: function(response) {
  87          alert("An error occurred fetching the genotype of "+id1);
  88        }
  89      });
  90
  91   jQuery.ajax( {
  92        url: server +  '/brapi/0.1/genotype/'+id2,
  93        async: false,
  94 //       dataType: 'jsonp',
  95        success: function(response) {
  96          alert("RESPONSE for "+id2+": "+Object.keys(response.genotypes[0].genotype).join(" / "));
  97          scores2 = response.genotypes[0].genotype;
  98        },
  99        error: function(response) {
 100          alert("An error occurred fetching the genotype of "+id1);
 101        }
 102      });
 103      var matches = 0;
 104      var total = 0;
 105      alert("KEYS: "+Object.keys(scores1).join(">>>"));
 106      Object.keys(scores1).forEach( function(k) {
 107
 108           if (scores1[k] === scores2[k]) {
 109             matches++;
 110           }
 111
 112           total++;
 113         });
 114      alert("Matches: "+matches + " Total: "+total+ " D :" + (matches / total));
 115
 116 }
 117
 118
 119
 120 </script>