lib/SGN/Controller/#Interactomics.pm#

   1 # goes into lib/SGN/Controller/CytoScape.pm
   2
   3
   4 package SGN::Controller::Interactomics;
   5
   6 use Moose;
   7 use URI::FromHash 'uri';
   8
   9
  10 BEGIN { extends 'Catalyst::Controller'; }
  11
  12
  13
  14 sub interactomics :Path("/tools/interactomics") :Args(0) {
  15     my ($self, $c) = @_;
  16
  17     $c->stash->{template} = '/interactomics/index.mas';
  18
  19 }
  20
  21
  22
  23 =head2 create_jnlp
  24
  25   Usage: In an html form, pass it the file (.cys or other cytoscape compatible) location with name "Network" and call this URL with the form action.
  26   Desc : Uses the current URL base and a file passed as a parameter to create the body of a jnlp file for loading CytoScape via Web Start with preloaded data.
  27   Ret  : JNLP file that the user's browser should automatically download and run with Java Web Start.
  28   Args : none
  29   Side Effects: ?
  30
  31 =cut
  32
  33 sub create_jnlp :Path("/tools/interactomics/coffee.jnlp") :Args(0) {
  34     my ($self, $c) = @_;
  35
  36     my $codebase = ($c->req->base)."/CytoScape/";
  37
  38     my $file = $c->req->param("Network");
  39
  40     #Content of jnlp file ultimately downloaded by user
  41     #Change this if and only if the CytoScape build at /static/CytoScape is changed in any way.
  42     #codebase is specified on line 44 of this controller
  43     #file is specified on line 176 of this controller
  44     my $doc =  "<?xml version=\"1.0\" encoding=\"UTF-8\"?>
  45 <jnlp codebase=\"".$codebase."\" href=\"\">
  46   <security>
  47     <all-permissions />
  48   </security>
  49   <information>
  50     <title>Cytoscape Webstart</title>
  51     <vendor>Cytoscape Collaboration</vendor>
  52     <homepage href=\"http://cytoscape.org\" />
  53     <offline-allowed />
  54   </information>
  55   <resources>
  56     <j2se version=\"1.5+\" max-heap-size=\"1024M\" />
  57     <!--All lib jars that cytoscape requires to run should be in this list-->
  58     <jar href=\"cytoscape.jar\" />
  59     <jar href=\"lib/cytoscape-geom-spacial.jar\" />
  60     <jar href=\"lib/freehep-util-2.0.2.jar\" />
  61     <jar href=\"lib/biojava-1.4.jar\" />
  62     <jar href=\"lib/resolver.jar\" />
  63     <jar href=\"lib/cytoscape-graph-dynamic.jar\" />
  64     <jar href=\"lib/colt.jar\" />
  65     <jar href=\"lib/phoebe.jar\" />
  66     <jar href=\"lib/activation.jar\" />
  67     <jar href=\"lib/freehep-export-2.1.1.jar\" />
  68     <jar href=\"lib/tclib.jar\" />
  69     <jar href=\"lib/i4jruntime.jar\" />
  70     <jar href=\"lib/FastInfoset.jar\" />
  71     <jar href=\"lib/jaxws-api.jar\" />
  72     <jar href=\"lib/jaxb-impl.jar\" />
  73     <jar href=\"lib/cytoscape-util-intr.jar\" />
  74     <jar href=\"lib/freehep-graphicsio-svg-2.1.1.jar\" />
  75     <jar href=\"lib/saaj-api.jar\" />
  76     <jar href=\"lib/jaxws-tools.jar\" />
  77     <jar href=\"lib/cytoscape-render-export.jar\" />
  78     <jar href=\"lib/freehep-graphicsio-2.1.1.jar\" />
  79     <jar href=\"lib/piccolo.jar\" />
  80     <jar href=\"lib/itext-2.0.4.jar\" />
  81     <jar href=\"lib/glf.jar\" />
  82     <jar href=\"lib/jdom-1.0.jar\" />
  83     <jar href=\"lib/freehep-io-2.0.2.jar\" />
  84     <jar href=\"lib/jaxws-rt.jar\" />
  85     <jar href=\"lib/freehep-jas-plotter-2.2.jar\" />
  86     <jar href=\"lib/freehep-swing-2.0.3.jar\" />
  87     <jar href=\"lib/jhall.jar\" />
  88     <jar href=\"lib/jaxb-api.jar\" />
  89     <jar href=\"lib/junit.jar\" />
  90     <jar href=\"lib/jsr173_1.0_api.jar\" />
  91     <jar href=\"lib/com-nerius-math-xform.jar\" />
  92     <jar href=\"lib/swing-layout-1.0.1.jar\" />
  93     <jar href=\"lib/giny.jar\" />
  94     <jar href=\"lib/undo.support.jar\" />
  95     <jar href=\"lib/commons-cli-1.x-cytoscape-custom.jar\" />
  96     <jar href=\"lib/freehep-graphicsio-ps-2.1.1.jar\" />
  97     <jar href=\"lib/sjsxp.jar\" />
  98     <jar href=\"lib/http.jar\" />
  99     <jar href=\"lib/cytoscape-cruft-obo.jar\" />
 100     <jar href=\"lib/cytoscape-render-stateful.jar\" />
 101     <jar href=\"lib/cytoscape-render-immed.jar\" />
 102     <jar href=\"lib/stax-ex.jar\" />
 103     <jar href=\"lib/ding.jar\" />
 104     <jar href=\"lib/cytoscape-geom-rtree.jar\" />
 105     <jar href=\"lib/jsr250-api.jar\" />
 106     <jar href=\"lib/swingx-2006_10_27.jar\" />
 107     <jar href=\"lib/cytoscape-graph-fixed.jar\" />
 108     <jar href=\"lib/saaj-impl.jar\" />
 109     <jar href=\"lib/cytoscape-task.jar\" />
 110     <jar href=\"lib/wizard.jar\" />
 111     <jar href=\"lib/fing.jar\" />
 112     <jar href=\"lib/coltginy.jar\" />
 113     <jar href=\"lib/freehep-xml-2.1.1.jar\" />
 114     <jar href=\"lib/l2fprod-common-all.jar\" />
 115     <jar href=\"lib/freehep-graphics2d-2.1.1.jar\" />
 116     <jar href=\"lib/freehep-graphicsio-java-2.1.1.jar\" />
 117     <jar href=\"lib/jnlp.jar\" />
 118     <jar href=\"lib/violinstrings-1.0.2.jar\" />
 119     <jar href=\"lib/concurrent.jar\" />
 120     <jar href=\"lib/streambuffer.jar\" />
 121     <jar href=\"lib/looks-2.1.4.jar\" />
 122     <jar href=\"lib/jsr181-api.jar\" />
 123     <!--These are the plugins you wish to load, edit as necessary.-->
 124     <jar href=\"plugins/biopax.jar\" />
 125     <jar href=\"plugins/cPath.jar\" />
 126     <jar href=\"plugins/yLayouts.jar\" />
 127     <jar href=\"plugins/browser.jar\" />
 128     <jar href=\"plugins/GraphMerge.jar\" />
 129     <jar href=\"plugins/CytoscapeEditor.jar\" />
 130     <jar href=\"plugins/psi_mi.jar\" />
 131     <jar href=\"plugins/filter.jar\" />
 132     <jar href=\"plugins/filters.jar\" />
 133     <jar href=\"plugins/ManualLayout.jar\" />
 134     <jar href=\"plugins/linkout.jar\" />
 135     <jar href=\"plugins/cpath2.jar\" />
 136     <jar href=\"plugins/SBMLReader.jar\" />
 137     <jar href=\"plugins/quick_find.jar\" />
 138     <jar href=\"plugins/TableImport.jar\" />
 139     <jar href=\"plugins/AutomaticLayout.jar\" />
 140   </resources>
 141   <!--This starts-up Cytoscape, specify your plugins to load, and other command line arguments.  Plugins not specified here will not be loaded.-->
 142   <application-desc main-class=\"cytoscape.CyMain\">
 143     <argument>-p</argument>
 144     <argument>org.mskcc.biopax_plugin.plugin.BioPaxPlugIn</argument>
 145     <argument>-p</argument>
 146     <argument>org.cytoscape.coreplugin.cpath.plugin.CPathPlugIn</argument>
 147     <argument>-p</argument>
 148     <argument>yfiles.YFilesLayoutPlugin</argument>
 149     <argument>-p</argument>
 150     <argument>browser.AttributeBrowserPlugin</argument>
 151     <argument>-p</argument>
 152     <argument>GraphMerge.GraphMerge</argument>
 153     <argument>-p</argument>
 154     <argument>cytoscape.editor.CytoscapeEditorPlugin</argument>
 155     <argument>-p</argument>
 156     <argument>org.cytoscape.coreplugin.psi_mi.plugin.PsiMiPlugIn</argument>
 157     <argument>-p</argument>
 158     <argument>filter.cytoscape.CsFilter</argument>
 159     <argument>-p</argument>
 160     <argument>cytoscape.filters.FilterPlugin</argument>
 161     <argument>-p</argument>
 162     <argument>ManualLayout.ManualLayoutPlugin</argument>
 163     <argument>-p</argument>
 164     <argument>linkout.LinkOutPlugin</argument>
 165     <argument>-p</argument>
 166     <argument>org.cytoscape.coreplugin.cpath2.plugin.CPathPlugIn2</argument>
 167     <argument>-p</argument>
 168     <argument>sbmlreader.SBMLReaderPlugin</argument>
 169     <argument>-p</argument>
 170     <argument>csplugins.quickfind.plugin.QuickFindPlugIn</argument>
 171     <argument>-p</argument>
 172     <argument>edu.ucsd.bioeng.coreplugin.tableImport.TableImportPlugin</argument>
 173     <argument>-p</argument>
 174     <argument>csplugins.layout.LayoutPlugin</argument>
 175     <argument>-N</argument>
 176     <argument>".$file."</argument>
 177   </application-desc>
 178 </jnlp>";
 179
 180
 181     $c->res->content_type("application/x-java-jnlp-file");
 182     $c->res->body($doc);
 183
 184
 185 }
 186
 187
 188 1;