mason/genomic/library/library_summary.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head2 library_summary_html
   4
   5   Desc: get a chunk of HTML describing this library
   6   Args: none
   7   Ret : html string containing a summary of this library's vital statistics
   8   Side Effects:
   9   Example:
  10
  11 =cut
  12
  13 </%doc>
  14 <%init>
  15 sub library_summary_html {
  16     my $this = shift;
  17
  18     my $libname = $this->name;
  19 #     my $superclone = $this->superclone_object;
  20 #    my $super_html = $superclone ? die 'not implemented' : 'none';
  21     my (undef, $organism, $accession) = $this->accession_name;
  22
  23     my $host = $this->cloning_host;
  24     my $vector = $this->cloning_vector_object->name;
  25     my ($rs1,$rs2) = ($this->rs1, $this->rs2);
  26
  27     ($host,$vector,$rs1,$rs2) =
  28       map {$_ || ''} ($host,$vector,$rs1,$rs2);
  29     $vector &&= $this->cloning_vector_object->link_html;
  30
  31     info_table_html(#table attributes
  32                     __title          => 'Library',
  33                     __multicol       => 2,
  34
  35                     #fields that will always be there
  36                     Name             => $libname,
  37                     Organism         => $organism,
  38                     Accession        => $accession,
  39                     'Cloning host'   => $host,
  40                     'Cloning vector' => $vector,
  41
  42                     #fields that are only sometimes there
  43                     $rs1 ? $rs2 ? ('Restriction enzyme 1', $rs1)
  44                                 : ('Restriction enzyme'  , $rs1)
  45                          : (),
  46                     $rs2 ? $rs1 ? ('Restriction enzyme 2', $rs2)
  47                                 : ('Restriction enzyme'  , $rs2)
  48                          : (),
  49                     );
  50
  51 }
  52 </%init>
  53
  54 <%args>
  55  $library
  56 </%args>
  57
  58 <%perl>
  59         print library_summary_html($library);
  60 </%perl>