mason/help/index.mas

   1
   2
   3 <& /page/page_title.mas, title=>"SGN help" &>
   4
   5 <p>
   6 The Sol Genomics Network (SGN) is a database and website dedicated to the genomic information of the nightshade family, which includes species such as tomato, potato, pepper, petunia and eggplant.
   7 </p>
   8 <h4>Citing SGN</h4>
   9
  10 If SGN is useful in your research, please cite SGN in your publications using the following reference:
  11 <br /><br />
  12 <div class="boxbgcolor2">
  13 Fernandez-Pozo N, Menda N, Edwards JD, Saha S, Tecle IY, Strickler SR, Bombarely A, Fisher-York T, Pujar A, Foerster H, Yan A, Mueller LA. <b>The Sol Genomics Network (SGN)—from genotype to phenotype to breeding.</b> (2015) Nucleic Acids Res. Volume 43 (Database issue):D1036-41. <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25428362?dopt=Abstract">PubMed</a>.
  14 <br /><br />
  15 </div>
  16
  17 <br>See more <a href="/help/publications">SGN publications</a>
  18 </p>
  19
  20 <a name="individual"></a>
  21 <h4>Help files for specific SGN components:</h4>
  22 <ul>
  23 <li><a href="/help/toolbar">Toolbar</a></li>
  24 <li><a href="/help/quick_search">Quick search</a></li>
  25
  26 <li><a href="/help/gene_search_help">Gene search</a></li>
  27 <li><a href="/help/phenotype_search_help">Phenotype search</a></li>
  28 <li><a href="/qtl/search/help/">QTL search</a></li>
  29 <li><a href="/help/gbrowse.pl">GBrowse annotation viewer</a></li>
  30 <li><a href="/help/cview">Comparative viewer</a></li>
  31 <li><a href="/help/marker_search_help">Marker search</a></li>
  32 <ul>
  33   <li><a href="/help/cos_markers">COS</a> and <a href="/help/cosii_markers">COSII markers</a></li>
  34   <li><a href="/help/microsats">SSRs markers</a></li>
  35 </ul>
  36 </li>
  37 <li><a href="/help/clone_policy">Clone Request Policy</a></li>
  38 <li><a href="/help/downloading">Rsync downloading options</a></li>
  39 <li><a href="/help/faq">Frequently asked questions</a></li>
  40
  41 </ul>
  42
  43 <h4>General Help Topics</h4>
  44 <h5>Software requirements</h5>
  45
  46 <p>The SGN website is designed to work with most common browsers. No additional software is required. The SGN webpages use the <a href="http://www.w3.org/TR/xhtml1/">XHTML 1.0</a> and <a href="http://www.w3.org/Style/CSS/">Cascading Style Sheets (CSS)</a> standards from the <a href="http://www.w3.org">W3</a> consortium. Certain documents can be downloaded in the <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Portable_Document_Format">PDF format</a>.
  47 </p>
  48 <p>
  49 We test the pages in Firefox 2.0, Safari 2.0 and Microsoft Explorer 7. Please note that Netscape 4.x browsers are explicitly not supported due to a lack of style sheet support. We recommend the latest version of Firefox, which is available free of charge for all common platforms from the Mozilla project (<a href="http://www.mozilla.org">http://www.mozilla.org</a>). Please let us know if you experience problems with other browsers.
  50 </p>
  51
  52 <h5>Browser settings</h5>
  53 Please refer to your browser\'s manual or help pages to enable the following settings:
  54 <ul>
  55 <li>JavaScript has to be activated for the drop down menus to work properly.</li>
  56 <li>Cookies have to be enabled for the log in functions to work.</li>
  57 </ul>
  58
  59 <h5>SGN update cycle</h5>
  60 <p>The SGN codebase and database are updated weekly, every Wednesday morning. During the updates, for a short period of time, some links may not work properly. Please notify us if these conditions persist.
  61 </p>
  62
  63 <h5>Getting more information</h5>
  64 <ul>
  65 <li>subscribe to our <a href="http://rubisco.sgn.cornell.edu/mailman/listinfo/sgn-announce">announcement list</a> to keep up to date with the latest developments.</li>
  66 <li>email to <a href="mailto:sgn-feedback@sgn.cornell.edu">sgn-feedback@sgn.cornell.edu</a> for questions, comments and suggestions </li>
  67 </ul>
  68
  69
  70 <a name="submit"></a>
  71 <h5>Submitting information to SGN:</h5>
  72
  73
  74 SGN has community annotation tools are available for locus, allele, insitu experiments and images. <br />
  75 The related information can be added, updated and deleted by registered SGN users that have specially designated submitter accounts.
  76 In addition, for certain database records, only a designated editor may change the information. <br />
  77 Submitters are always accredited on each information page related to theur work (image, experiment, locus, phenotype, etc.) and are the sole owners of the data.<br />
  78 <a href="mailto:sgn-feedback@sgn.cornell.edu">Contact us</a> if you would like to use the community annotation tools and become a submitter or editor.
  79 <ul>
  80 <li>How do I contribute information on my <a href="/phenome/">favorite gene?</a></li>
  81 <li><a href="/cview/help/map_submission">Submit your phenotyped population</a> and we will add it to our <a href="/search/direct_search.pl?search=phenotypes">phenotype database</a></li>
  82
  83 <li>To submit fluorescence in-situ hybridization (FISH) data, please follow the <a href="/help/fish_submission">these guidelines</a>.</li>
  84 <li>To submit genetic map data, please see the <a href="/content/map_submissions.pl">map and marker submission guidelines</a>.</li>
  85 <li>To submit genotypic and phenotypic data from a QTL study, please see the <a href="/qtl/guide.pl">QTL data submission guidelines</a>.</li>
  86
  87 <li>If you would like to add sequence, marker or other information to this database, or have any comments or suggestions, please send email to <a href="mailto:sgn-feedback@sgn.cornell.edu">sgn-feedback@sgn.cornell.edu</a>.</li>
  88 </ul>
  89 <br />
  90 </P>
  91