mason/solgs/population.mas

   1 <%args>
   2
   3 $pop_id
   4 $show_data => 1;
   5 $traits_form => ''
   6 $all_traits_file
   7 $project_name
   8 $project_desc
   9 $stocks_no
  10 $markers_no
  11 $traits_no
  12 $owner=>''
  13 $protocol
  14 $acronym
  15
  16 </%args>
  17
  18 <%perl>
  19
  20 #my $submit_new = qq | <a href="/submit/intro">Submit GS population</a> |;
  21
  22
  23 </%perl>
  24
  25 <& /util/import_javascript.mas, classes => ["solGS.solGS"] &>
  26
  27
  28 <br />
  29 <br />
  30
  31 <& /page/page_title.mas,
  32    title => "Select one or more traits from training population \"$project_name\" to build a GS model and predict GEBVs for."
  33 &>
  34
  35 <&| /page/info_section.mas,
  36     collapsible => 1,
  37     collapsed   => 0,
  38     title       => "Training population summary",
  39   &>
  40
  41  <& population/summary.mas,
  42     project_id   => $pop_id,
  43     project_name => $project_name,
  44     project_desc => $project_desc,
  45     stocks_no    => $stocks_no,
  46     markers_no   => $markers_no,
  47     traits_no    => $traits_no,
  48     owner        => $owner,
  49     protocol     => $protocol,
  50  &>
  51
  52 </&>
  53
  54 % if ($show_data)
  55 % {
  56 % if ($markers_no > 1)
  57 % {
  58
  59
  60 <&| /page/info_section.mas,
  61       collapsible => 1,
  62       collapsed   => 0,
  63       title       => "Train model"
  64 &>
  65
  66 <& population/select_traits.mas,
  67      pop_id             => $pop_id,
  68      traits_form        => $traits_form,
  69      all_traits_file    => $all_traits_file,
  70 &>
  71
  72 </&>
  73
  74 % if ($pop_id !~ /list|dataset/)
  75 % {
  76
  77 <& /solgs/anova/analysis.mas,
  78    pop_id => $pop_id,
  79 &>
  80
  81 % }
  82
  83 <& population/correlation.mas,
  84      pop_id  => $pop_id,
  85 &>
  86
  87 <& population/acronym.mas,
  88    acronym => $acronym,
  89 &>
  90
  91 %}
  92 % else
  93 % {
  94
  95 <&| /page/info_section.mas,
  96       collapsible => 1,
  97       collapsed   => 0,
  98       title       => "Genotype Data"
  99 &>
 100
 101   <div id="traits_list_message"  style="font-weight:bold;text-align:center;text-transform:uppercase;color:#A7C942">
 102     <p>There is no genotype data for this population.</p>
 103   </div>
 104
 105 </&>
 106 %}
 107 %}
 108 % else
 109 %{
 110
 111 <&| /page/info_section.mas,
 112     collapsible => 1,
 113     collapsed   => 0,
 114     title       => "Data Accessibility",
 115   &>
 116
 117 <p>This is private data.</p>
 118
 119 </&>
 120 %}
 121
 122
 123 <input type="hidden" id="population_id" value="<% $pop_id %>" />
 124