mason/tools/tc_convert_deprecated.mas

   1 <& /page/page_title.mas, title => 'Converting between SGN unigenes and TGI TC sequences' &>
   2
   3 <div style="margin: 1em 0; padding: 0.2em 2em 0.4em 2em">
   4   <p>
   5   SGN and <a href="http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/">the Gene Index Project (TGI)</a>, now at <a href="http://www.dana-farber.org/">DFCI</a>, maintain
   6   independent unigene/TC databases, entries in which tend to have common
   7   member ESTs.
   8   </p>
   9
  10   <p>
  11   SGN no longer maintains a specific tool for mapping between these two
  12   databases.  Instead, for users to establish correspondences between these two
  13   sets, we recommend using the BLAST tools available on each of these
  14   sites.
  15   </p>
  16
  17 </div>
  18
  19 <&| /page/info_section.mas, title => 'Mapping SGN-U to TGI TC' &>
  20
  21   Use the SGN-U sequences as input to the BLAST tool at
  22   <a href="http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/">the TGI site</a>.
  23
  24 </&>
  25
  26 <&| /page/info_section.mas, title => 'Mapping TGI TC to SGN-U' &>
  27
  28   Use the TGI TC sequences as input to the <a href="/tools/blast">SGN
  29   BLAST tool</a>, selecting one of the SGN unigene data sets.
  30
  31 </&>