mason/markers/cos.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /markers/cos.mas - a Mason component displaying information about cos markers
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 parameters
  11
  12 =over 5
  13
  14 =item *
  15
  16 $marker - a CXGN::Marker object.
  17
  18 =back
  19
  20 =head1 AUTHOR
  21
  22 Lukas Mueller <lam87@cornell.edu>
  23
  24 =cut
  25
  26 </%doc>
  27
  28 <%args>
  29 $marker
  30 </%args>
  31
  32 <%perl>
  33
  34 #   my $cos_query = q{SELECT c.cos_marker_id, c.marker_id, c.cos_id, c.at_match,
  35 #           c.at_position, c.bac_id, c.best_gb_prot_hit, c.at_evalue,
  36 #           c.at_identities, c.mips_cat, c.description, c.comment,
  37 #           c.gbprot_evalue, c.gbprot_identities, s.trace_name
  38 #           FROM cos_markers AS c LEFT JOIN seqread AS s ON
  39 #           c.est_read_id=s.read_id WHERE c.marker_id = ?};
  40
  41 #   my $cos_sth = $dbh->prepare($cos_query);
  42 #   $cos_sth->execute($marker_id);
  43 #   my $r = $cos_sth->fetchrow_hashref();
  44
  45   my $r = $marker->cos_data();
  46
  47   unless($r->{cos_marker_id}) { return''; }
  48
  49   my $at_page='http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&amp;db=Nucleotide&amp;dopt=GenBank&amp;list_uids=';
  50   my $map_link='/search/markers/markerinfo.pl?marker_id=';
  51   my $est_read_page='/search/est.pl?request_from=0&amp;request_type=automatic&amp;search=Search&amp;request_id=';
  52   my $cos_page='/search/markers/markerinfo.pl?marker_id=';
  53   my $at_match=$r->{at_match};
  54   my $bac_id=$r->{bac_id};
  55   my $trace_name=$r->{trace_name};
  56   my $at_posn=$r->{at_position};
  57   if($trace_name) {
  58     $trace_name="<a href=\"$est_read_page$trace_name\">$trace_name</a>"
  59   }
  60   else {
  61     $trace_name="<span class=\"ghosted\">None</span>";
  62   }
  63
  64   my $orth = <<EOT;
  65 <b>Arabidopsis identities: </b>$r->{at_identities}<br />
  66 EOT
  67   ;
  68
  69 my $basic = <<HTML;
  70 <b><a href="/documents/markers/role_categories.txt">MIPS Category</a>: </b>$r->{mips_cat}<br />
  71 <b>Tomato EST read:</b> $trace_name<br />
  72 <b>Arabidopsis best BAC match:</b> <a href="$at_page$bac_id">$at_match</a><br />
  73 <b>Arabidopsis position:</b> $at_posn<br />
  74 HTML
  75
  76   my $genbank = <<EOT;
  77 <b>Best GenBank protein hit: </b><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Protein&amp;cmd=search&amp;term=$r->{best_gb_prot_hit}">$r->{best_gb_prot_hit}</a><br />
  78 <b>Evalue: </b>$r->{gbprot_evalue}<br />
  79 <b>Identities: </b>$r->{gbprot_identities}<br />
  80 <b>Description: </b>$r->{description}<br />
  81 <b>Comment: </b>$r->{comment}<br />
  82 More information about COS markers can be found on the <a href="/markers/cos_markers.pl">COS markers</a> page.
  83 EOT
  84   ;
  85
  86 ### print  CXGN::Page::FormattingHelpers::blue_section_html('COS information', $basic.$orth.$genbank);
  87
  88 </%perl>
  89
  90
  91 <&| /page/info_section.mas, title=>'COS information' &> <% $basic.$orth.$genbank %> </&>
  92
  93
  94
  95