mason/cview/map/overview.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /cview/map/overview.mas - a mason component that draws a map overview, including resize and highlight functionality
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 Arguments:
  11
  12 =over 10
  13
  14 =item $map
  15
  16 a CXGN::Cview::Map object (or subclass thereof)
  17
  18 =item @hilite_markers
  19
  20 a list of marker names, which will be highlighted on the map.
  21
  22 =item $map_items
  23
  24 a scalar with a list of chromosomes, positions (numeric), and names, separated by newline. These will be mapped and shown highlighted on the map. Good for drawing positions of gene families etc.
  25
  26 =item size
  27
  28 the size of the chromosomes, as a value of 1..10. defaults to 1.
  29
  30 =item force
  31
  32 if set to 1, always regenerate the image and map cache. Defaults to 0.
  33
  34 =item image_width
  35
  36 the width of the image in pixels, default is 820.
  37
  38 =back
  39
  40 =head1 AUTHOR
  41
  42 Lukas Mueller <lam87@cornell.edu>
  43
  44 =cut
  45
  46 </%doc>
  47
  48 <%args>
  49   $map_version_id
  50   @hilite_markers => ()
  51   $map_items => ''
  52   $force => 0
  53   $size => 1
  54   $basepath
  55   $tempdir
  56   $message => ''
  57   $overview_image
  58   $map_url
  59 </%args>
  60
  61 <%perl>
  62
  63 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw | tooltipped_text |;
  64 #
  65 # add the input box and form for the hilite marker feature
  66 #
  67 my $hilite_tooltip = tooltipped_text("Highlight marker(s)", "You can highlight markers on the overview graphic by entering them here, separated by spaces");
  68 my $size_tooltip = tooltipped_text("Image size", "You can increase the size of the overview graph by clicking on the (+) button and decrease it by clicking on (-).");
  69
  70 my $hilite = join " ", @hilite_markers;
  71
  72 my $message_html = "";
  73
  74 if ($message) {  $message_html = qq | <div class="boxbgcolor2">$message<br /></div> |; }
  75
  76
  77 my $shrink_button_disabled = '';
  78 my $enlarge_button_disabled = '';
  79 my $smaller_size;
  80 my $larger_size;
  81
  82 if ($size <= 0) {
  83   $size = 0;
  84   $shrink_button_disabled = qq { disabled="1" };
  85   $smaller_size = $size;
  86 }
  87 else {
  88   $smaller_size = $size - 1;
  89 }
  90
  91 if ($size>=10) {
  92   $size=10;
  93   $enlarge_button_disabled = qq { disabled="1" };
  94   $larger_size = $size;
  95 }
  96 else {
  97   $larger_size = $size+ 1;
  98 }
  99
 100 $larger_size = 10 if $larger_size > 10;
 101
 102
 103
 104 </%perl>
 105
 106 <div class="well" style="overflow:scroll">
 107   <center>
 108     <% $message_html %>
 109     <% $overview_image %>
 110
 111     <br/>
 112   </center>
 113
 114   <div class="row">
 115     <div class="col-sm-1 col-md-1 col-lg-2">
 116     </div>
 117     <div class="col-sm-10 col-md-10 col-lg-8">
 118       <div class="row">
 119         <div class="col-sm-7 col-md-8 col-lg-8">
 120
 121         <form action="<% $map_url %>" class="form-horizontal" role="form">
 122           <div class="form-group">
 123             <label class="col-sm-3 control-label"><% $hilite_tooltip %>: </label>
 124             <div class="col-sm-9">
 125               <input type="hidden" name="map_items" value="<% $map_items %>" />
 126               <input type="hidden" name="map_version_id" value="<% $map_version_id %>" />
 127               <input type="hidden" name="size" value="<% $size %>" />
 128               <div class="input-group">
 129                 <input class="form-control" type="text" name="hilite" value="<% $hilite %>" aria-describedby="basic-addon1"/>
 130                 <span class="input-group-btn" id="basic-addon1"><button class="btn btn-info" type="submit" value="Highlight">Highlight</button></span>
 131               </div>
 132             </div>
 133           </div>
 134         </form>
 135
 136         </div>
 137         <div class="col-sm-5 col-md-4 col-lg-4">
 138
 139           <label style="float:left" ><% $size_tooltip %>:&nbsp;&nbsp;</label>
 140
 141           <form style="float:left" action="<% $map_url %>"
 142             <input type="hidden" name="map_items" value="<% $map_items %>" />
 143             <input type="hidden" name="map_version_id" value="<% $map_version_id %>" />
 144             <input type="hidden" name="size" value="<% $smaller_size %>" />
 145             <input type="hidden" name="hilite" value="<% $hilite %>" />
 146             <button class="btn btn-default" type="submit" value="-" <% $shrink_button_disabled %> > - </button>
 147           </form>
 148           <form style="float:left" action="<% $map_url %>" >
 149             <input type="hidden" name="map_items" value="<% $map_items %>" />
 150             <input type="hidden" name="map_version_id" value="<% $map_version_id %>" />
 151             <input type="hidden" name="hilite" value="<% $hilite %>" />
 152             <input type="hidden" name="size" value="<% $larger_size %>" />
 153             <button class="btn btn-default" type="submit" value="+" <% $enlarge_button_disabled %> > + </button>
 154           </form>
 155
 156         </div>
 157       </div>
 158     </div>
 159     <div class="col-sm-1 col-md-1 col-lg-2">
 160     </div>
 161   </div>
 162 </div>
 163
 164
 165