mason/transcript/unigene/basic_unigene_info.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  basic_unigene_info.mas
   6  Mason component to create html section to show basic info for unigene web_page.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 SYNOPSIS
  17
  18 <& '/transcript/unigene/basic_unigene_info.mas', sgn_schema => $sgn_schema, schema => $schema, unigene => $unigene &>
  19
  20 where: $schema is a schema object with Bio::Chado::Schema, CXGN::Metadata::Schema and CXGN::Biosource::Schema classes
  21                (aditionally, for expression data should contain CXGN::GEM::Schema classes)
  22        $sgn_schema, a schema with SGN::Schema classes
  23        $unigene, an CXGN::Transcript::Unigene object
  24
  25 =cut
  26
  27 =head1 DESCRIPTION
  28
  29  Mason component to create html section to show basic info for unigene web_page.
  30
  31 =cut
  32
  33 =head 1 AUTHOR
  34
  35  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  36
  37 =cut
  38
  39 </%doc>
  40
  41
  42 <%args>
  43 $sgn_schema
  44 $schema
  45 $unigene
  46 </%args>
  47
  48
  49 <%perl>
  50
  51 use strict;
  52 use warnings;
  53
  54 use CXGN::Transcript::Unigene;
  55 use CXGN::Chado::Dbxref;
  56
  57 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  58
  59 my $basic_info_content;
  60 my $accession;
  61
  62 ## If there aren't any unigene that comes from unigene_detail.mas, it will return a message.
  63
  64 if (defined $ARGS{'unigene'}) {
  65
  66    ## Get the object
  67    my $id =  $unigene->get_unigene_id();
  68    $accession = $unigene->get_sgn_id();
  69
  70    my $unigene_build = $unigene->get_unigene_build();
  71    my $build_name = $unigene_build->get_organism_group_name();
  72    my $build_id = $unigene_build->get_unigene_build_id();
  73    my $build_nr = $unigene_build->get_build_nr();
  74
  75    my $unigene_build_name = $build_name." #".$build_nr;
  76    my $unigene_build_name_html = "<a href=/search/unigene_build.pl?id=$build_id>$unigene_build_name</a>";
  77
  78    my $build_date = $unigene_build->get_build_date();
  79
  80    my $member_nr = $unigene->get_nr_members();
  81
  82    my @organism_html_list;
  83    my $organism_group_id = $unigene_build->get_organism_group_id();
  84    my $group_linkage_rs = $sgn_schema->resultset('GroupLinkage')
  85                                      ->search( { group_id => $organism_group_id } );
  86
  87    my @organism_ids = $group_linkage_rs->get_column('member_id')
  88                                        ->all();
  89
  90    foreach my $organism_id (@organism_ids) {
  91
  92        if ($organism_id =~ m/^\d+$/) {
  93
  94            my @organism_rows = $schema->resultset('Organism::Organism')
  95                                       ->search({ sgn_organism_id => $organism_id });
  96
  97            foreach my $organism_row (@organism_rows) {
  98
  99                my $organism_name = $organism_row->get_column('abbreviation');
 100                my $chado_organism_id = $organism_row->get_column('organism_id');
 101
 102                my $organism_html = "<a href=/chado/organism.pl?organism_id=" . $chado_organism_id . ">". $organism_name. "</a>";
 103                push @organism_html_list, $organism_html;
 104            }
 105        }
 106    }
 107    my $organism_html_list = join('<br>', @organism_html_list) || '<font color="gray"><i>none</i></font>';
 108
 109
 110    my $unigene_alternate_id = $unigene->get_alternate_identifier() || '<font color=gray><i>none</i></font>';
 111    my $seq = $unigene->get_sequence();
 112    my $seq_length = length($seq);
 113    my $seq_html = uc(html_break_string($seq, 90));
 114
 115    ## It will create some tools links
 116
 117    my $blast_html = "<a href='/tools/blast/?preload_id=SGN-U". $id . "&preload_type=unigene+identifiers'>Blast</a>";
 118    my $transl_orf_html = "<a href='/tools/sixframe_translate.pl?unigene_id=" . $id . "'>AA Translation</a>";
 119
 120    ## Create the HTML table
 121
 122    $basic_info_content = <<HTML;
 123
 124     <table width="100%">
 125            <tr> <td width="25%"> <b>Unigene ID: </b>      </td> <td> $accession </td></tr>
 126            <tr> <td width="25%"> <b>Unigene Build: </b>   </td> <td> $unigene_build_name_html </td></tr>
 127            <tr> <td width="25%"> <b>Date: </b>            </td> <td> $build_date </td></tr>
 128            <tr> <td width="25%"> <b>Organism: </b>        </td> <td> $organism_html_list </td></tr>
 129            <tr> <td width="25%"> <b>Alternative ID:</b>   </td> <td> $unigene_alternate_id </td></tr>
 130            <tr> <td width="25%"> <b>mRNA sequence:</b>    </td> <td> Length: $seq_length bp </td></tr>
 131    </table>
 132
 133    <br>
 134    >$accession $unigene_build_name ($member_nr members)<br>
 135    <font style="font-family: monospace"> $seq_html</font>
 136    <br>
 137    <br>
 138    [$blast_html] [$transl_orf_html]
 139
 140 HTML
 141
 142 } else {
 143    $basic_info_content = "<big>There aren't any unigene data for the specified parameters.</big>";
 144 }
 145
 146 my $basic_info_html;
 147
 148 if (defined $accession) {
 149    $basic_info_html = "<center><big><b>Unigene $accession</b></big></center><br>";
 150 }
 151 $basic_info_html .= info_section_html( title    => "Unigene Basic Information",
 152                                        contents => $basic_info_content
 153                                      );
 154
 155 </%perl>
 156
 157 <% $basic_info_html %>