mason/phenome/associated_accessions.mas

   1
   2
   3 <%doc>
   4
   5 =head1 NAME
   6
   7 /phenome/associated_accessions.mas - a component for printing accessions (aka stocks) associated with your favorite object (locus etc.)
   8
   9 =head1 DESCRIPTION
  10
  11 Requires the following javascript classes:
  12 <& /util/import_javascript.mas, classes => ["jquery", "thickbox", "CXGN.Page.FormattingHelpers"] &>
  13
  14
  15
  16 Parameters:
  17
  18 =over 3
  19
  20 =item accessions
  21
  22 arrayref of stokc_ids
  23
  24 =item user_type (default undef)
  25
  26 =item dbh
  27
  28 a database handle
  29
  30 =back
  31
  32 =head1 AUTHOR
  33
  34 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  35
  36 =cut
  37
  38 </%doc>
  39
  40 <%args>
  41
  42 $accessions
  43 $dbh
  44 $user_type => undef
  45
  46 </%args>
  47
  48 <%perl>
  49
  50 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw / html_optional_show /;
  51 use Bio::Chado::Schema;
  52
  53 my $html;
  54 my %stockHash;
  55 my %imageHash;
  56 my @no_image;
  57 my $more_html;
  58 my $more;    #count the number of accessions in the optional_show box
  59 my $count;   # a scalar for checking if there are accessions with images in the optional box
  60
  61 my $schema = Bio::Chado::Schema->connect( sub { $dbh->clone }, );
  62
  63 if (@$accessions) {
  64   $html      .= "<table>";
  65   $more_html .= "<table>";
  66
  67   # hash of image arrays. Keys are stock ids values are arrays of image ids
  68   my %imageHoA;
  69
  70   foreach my $stock_id (@$accessions) {
  71     my $stock      = CXGN::Chado::Stock->new($schema, $stock_id );
  72     my $stock_name = $stock->get_name();
  73     $stockHash{$stock_id} = $stock_name;
  74
  75     my @image_ids =
  76       $stock->get_image_ids();    #list of all associated image ids
  77     foreach my $image_id (@image_ids) {
  78       $imageHash{$image_id} = SGN::Image->new( undef, $image_id, $c );
  79       push @{ $imageHoA{$stock_id} }, $image_id;
  80     }
  81
  82     #if there are no associated images with this stock:
  83     if ( !@image_ids ) { push @no_image, $stock_id; }
  84   }
  85   my $ind_count = 0;
  86
  87   # Print the whole thing sorted by number of members and name.
  88   for
  89     my $stock_id ( sort { @{ $imageHoA{$b} } <=> @{ $imageHoA{$a} } }
  90                    keys %imageHoA )
  91       {
  92         $ind_count++;
  93         my $stock_name = $stockHash{$stock_id};
  94         #my $individual_obsolete_link =
  95         #  get_individual_obsolete_link($locus,$individual_id, $user_type);
  96         my $link =
  97           qq|<a href="/stock/$stock_id/view">$stock_name </a>  |;
  98         if ( $ind_count < 4 )
  99           { #print the first 3 stocks by default. The rest will be hidden
 100             $html .=
 101               qq|<tr valign="top"><td>$link</td> <td> </td>|;###$individual_obsolete_link </td>|;
 102           }
 103         else {
 104           $count++;
 105           $more++;
 106           $more_html .=
 107             qq|<tr><td>$link </td><td> </td>|;###$individual_obsolete_link</td> |;
 108         }
 109         #print only 5 images, if there are more write the number of total images
 110         my $image_count = ( $#{ $imageHoA{$stock_id} } );
 111         if ( $image_count > 4 ) { $image_count = 4; }
 112         for my $i ( 0 .. $image_count ) {
 113           my $image_id = $imageHoA{$stock_id}[$i];
 114           my $image = SGN::Image->new( $dbh, $image_id, $c );
 115           my $small_image  = $image->get_image_url("thumbnail");
 116           my $medium_image = $image->get_image_url("medium");
 117           my $image_page   = "/image/index.pl?image_id=$image_id";
 118           my $thickbox =
 119             qq|<a href="$medium_image" title="<a href=$image_page>Go to image page </a>" class="thickbox" rel="gallery-images"><img src="$small_image" alt="" /></a> |;
 120           if ( $ind_count < 4 ) { $html .= qq|<td>$thickbox</td>|; }
 121           else                  { $more_html .= qq|<td>$thickbox</td>|; }
 122           $image_count--;
 123         }
 124         if ( $#{ $imageHoA{$stock_id} } > 4 ) {
 125           my $image_count = ( $#{ $imageHoA{$stock_id} } ) + 1;
 126           $html .= qq|<td>... (Total $image_count images)</td>|;
 127         }
 128         if   ( $ind_count < 4 ) { $html      .= "</tr>"; }
 129         else                    { $more_html .= "</tr>"; }
 130       }
 131   $html      .= "</table><br />";
 132   $more_html .= "</table><br />";
 133   if ( !$count ) {
 134     my $stock_name;
 135     my $no_image_count = 0;
 136     foreach my $stock_id (@no_image) {
 137       $no_image_count++;
 138       #my $individual_obsolete_link =
 139       # get_individual_obsolete_link($locus, $individual_id, $user_type);
 140       $stock_name = $stockHash{$stock_id};
 141       my $link = qq|<a href="/stock/$stock_id/view">$stock_name</a> |;###$individual_obsolete_link |;
 142       if ( $no_image_count < 26 ) {
 143         $html .= $link;
 144       }
 145       else {
 146         $more++;
 147         $more_html .= $link;
 148       }
 149     }
 150   }
 151   else {
 152     foreach my $stock_id (@no_image) {
 153       $more++;
 154       #my $individual_obsolete_link =
 155         #get_individual_obsolete_link($locus, $individual_id, $user_type);
 156       my $stock_name = $stockHash{$stock_id};
 157       $more_html .=
 158         qq|<a href="/stock/$stock_id/view">$stock_name</a> |;###$individual_obsolete_link |;
 159     }
 160   }
 161 }
 162
 163 if ($more) {
 164   $html .= html_optional_show(
 165                               "Accessions",
 166                               "<b>See $more more accessions</b>",
 167                               $more_html,
 168                               0, #< do not show by default
 169                               'abstract_optional_show', #< don't use the default button-like style
 170                              );
 171 }
 172
 173 </%perl>
 174
 175
 176
 177 <% $html %>