mason/genomes/Solanum_lycopersicum.mas

   1 <%args>
   2 $organism
   3 </%args>
   4 <& /page/page_title.mas, title => 'International Tomato Genome Sequencing Project' &>
   5
   6
   7 <& /homepage/tomato_genome_publication.mas &>
   8
   9 <br />
  10 <br />
  11 <center>
  12   <img style="display: block" src="/documents/img/tomato_varieties_720x.jpg" border="0" width="720" />
  13 </center>
  14 <br />
  15 <br />
  16
  17 <&| /page/info_section.mas,
  18     title  => 'Data release policy',
  19 &>
  20 All data is openly and freely available on <a href="/">SGN</a>, <a href="http://mips.helmholtz-muenchen.de/plant/tomato/index.jsp" target="_new">MIPS</a>, and Genbank.
  21 </&>
  22
  23 <&| /page/info_section.mas, title=>'Download' &>
  24
  25 <a href="ftp://ftp.solgenomics.net/tomato_genome">FTP site</a> | <a href="/jbrowse_solgenomics/?data=data%2Fjson%2FSL2.50&loc=SL2.50ch00%3A8722915..13084079&tracks=DNA&highlight=">Genome Browser</a> | <a href="/tools/blast/">BLAST</a>
  26 </&>
  27
  28
  29 <&| /page/info_section.mas, title=>'Project' &>
  30   <p> <& /genomes/Solanum_lycopersicum/project_background.mas &> </p>
  31   </&>
  32
  33 <&| /page/info_section.mas,
  34       title       => 'Official annotation',
  35       subtitle    => 'browse genome contigs and official annotations',
  36       collapsible => 1,
  37       collapsed   => 0,
  38  &>
  39
  40   <table class="indentedcontent" style="margin: 0 10px 10px 10px">
  41       <tr>
  42
  43         <td>The official annotation for the tomato genome is provided
  44
  45             by the <a href="http://www.ab.wur.nl/TomatoWiki">International
  46             Tomato Annotation Group (ITAG)</a>, a multinational
  47             consortium, funded in part by the
  48             <a href="http://www.eu-sol.net">EU-SOL project</a>.
  49         </td>
  50         <td><a class="footer" href="http://www.eu-sol.net"><img src="/img/eusol_logo_small.jpg" border="0" /></a></td>
  51       </tr>
  52    </table>
  53
  54    <& /genomes/Solanum_lycopersicum/itag_releases.mas &>
  55
  56 </&>
  57
  58 <&| /page/info_section.mas, title => 'Tomato genome sequence builds', collapsible => 1, collapsed=>1 &>
  59   <& /genomes/Solanum_lycopersicum/wgs_builds_table.mas &>
  60 </&>
  61
  62 <&| /page/info_section.mas, title => 'Clone sequences', collapsible => 1, collapsed=>1 &>
  63   <ul>
  64   <li><a href="/organism/Solanum_lycopersicum/clone_sequencing">Clone sequencing home</a></li>
  65   <li><a href="/search/direct_search.pl?search=bacs">Search BACS</a></li>
  66   </ul>
  67 </&>
  68
  69 <&| /page/info_section.mas, title => 'Other tomato genome pages on SGN', collapsible => 1 &>
  70   <ul>
  71   <li><a href="/about/tomato_project_overview.pl">Tomato Project Details</a></li>
  72   <li><a href="ftp://ftp.sgn.cornell.edu/genomes/Solanum_lycopersicum/">Tomato genome FTP</a></li>
  73     </ul>
  74 </&>
  75
  76 <&| /page/info_section.mas, title => 'Links', collapsible => 1 &>
  77   <ul>
  78   <li><a href="http://tgrc.ucdavis.edu/Data/Acc/AccDetail.aspx?AccessionNum=LA4345">Heinz 1706 order link at TGRC</a> (the variety used in tomato genome sequencing project)</li>
  79   <li><a href="http://www.genome.arizona.edu/fpc/tomato/">Tomato FPC pages</a> at University of Arizona, USA.</li>
  80   <li>Sanger FTP site with <a href="ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/tomato/map/">MboI BAC library FPC build</a></li>
  81   <li><a href="http://www.sanger.ac.uk/Software/">Software links at Sanger</a></li>
  82   <li>The <a href="http://biosrv.cab.unina.it">Tomato Genome Annotation pages</a> at the <a href="http://cab.unina.it">computational biology group</a> of the <a href="http://www.unina.it">University of Naples</a>, Italy.</li>
  83   <li><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_000325825.1/">Tomato mitochondrial genome (Genbank)</a> (the site <a href="http://www.mitochondrialgenome.org">mitochondrialgenome.org</a> seems defunct as of Dec 2013)</li>
  84   <li><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=149384932">Tomato chloroplast sequence (Genbank)</a></li>
  85
  86   </ul>
  87 </&>
  88
  89 <&| /page/info_section.mas, title => 'Publications' &>
  90   <ul><li><a href="/genomes/Solanum_lycopersicum/publications.pl">List of tomato genome publications</a></li></ul>
  91 </&>
  92
  93 <%once>
  94
  95 sub cview_map_links {
  96     my ($dbh) = @_;
  97     my $map_factory = CXGN::Cview::MapFactory->new($dbh);
  98     my %maps = ( c9  => 'clones anchored in FPC contigs from Sanger 2006 FPC build (Tomato HindIII and MboI libraries)',
  99                  p9  => 'clones anchored with overgo, computational, or manual methods',
 100                  13  => 'clones anchored with FISH',
 101                  agp => 'clones anchored in manually-curated final chromosome assemblies',
 102                 );
 103     my @links;
 104     foreach my $mid (sort keys %maps) {
 105         if( my $mvid = CXGN::Cview::Map::Tools::find_current_version($dbh, $mid) ) {
 106             if( my $m = $map_factory->create({map_version_id => $mvid}) ) {
 107                 my $sn = $m->get_short_name;
 108                 push @links, qq|<a href="/cview/map.pl?map_id=$mid">$sn</a> &ndash; $maps{$mid}|;
 109             }
 110             else {
 111                 warn "no map found with map_version_id $mvid, link will not be displayed";
 112             }
 113         }
 114         else {
 115             warn "no map_version_id found for map_id $mid, link will not be displayed";
 116         }
 117     }
 118
 119     return @links;
 120 }
 121
 122 </%once>