t/unit/CXGN/Graphics/vigsgraph.t

   1
   2 use strict;
   3
   4 use Test::More qw | no_plan |;
   5 use Data::Dumper;
   6 use CXGN::Graphics::VigsGraph;
   7
   8 my $vg = CXGN::Graphics::VigsGraph->new();
   9
  10 # 1. check VigsGraph is defined
  11 ok( defined($vg), "VigsGraphs defined test" );
  12 # 2. check VigsGraph object
  13 ok( $vg->isa('CXGN::Graphics::VigsGraph'), "VigsGraph object test" );
  14
  15 # get bowtie2 test file
  16 $vg->bwafile('t/data/vigstool/bt2_test');
  17
  18 $vg->query_seq(<<SEQ);
  19 ATGGAGGAAGTAACCAATGTCATGGAGTATGAGGCCATTGCCAAGAAAAAGTTGCCAAAGATGGTTTTTGACTACTATGCCTCTGGTGCTGAAGACCAGTGGACTCTGGCTGAGAACAGAAATGCCTTCTCAAGAATTCTGTTTAGGCCCCGTATTCTAATTGATGTGAGCAAAATTGACATGAGCACCACTGTGCTAGGATTCAAGATTTCAATGCCTATCATGATTGCACCAACAGCCATGCAGAAAATGGCACATCCTGAAGGGGAGTATGCTACAGCAAGAGCAGCATCAGCAGCAGGGACAATCATGACATTGTCATCTTGGGCCACTTCCAGTGTCGAGGAGGTTGCTTCAACAGGACCTGGCATCCGTTTCTTCCAGCTTTATGTCTACAAGGACAGGAATGTTGTTGCTCAGCTTGTGCGAAGAGCTGAAAGAGCAGGTTTCAAGGCTATAGCCCTCACTGTTGATACCCCAAGGCTGGGACGTAGAGAAGCTGATATTAAGAACAGATTTGTTTTGCCACCATTTTTGACGTTGAAAAACTTTGAAGGATTGGACCTTGGCAAGATGGACCAAGCAAGTGACTCTGGATTAGCTTCATATGTTGCTGGTCAAATTGATCGCACTCTGAGTTGGAAGGATGTTCAGTGGCTCCAGACTATCACTTCATTGCCAATCCTGGTAAAGGGTGTACTTACGGCTGAGGATGCTAGGCTTGCAGTTCAGGCTGGAGCAGCTGGTATCATTGTGTCAAACCATGGTGCTCGCCAACTCGATTATGTCCCTTCGACAATCATGGCTCTTGAAGAGGTTGTGAAAGCTGCACAAGGCCGGATTCCTGTATTCTTGGATGGAGGTGTCCGCCGTGGAACAGATGTCTTCAAAGCTTTGGCACTTGGAGCTTCAGGCATTTTCATTGGAAGGCCAGTAGTTTTCTCATTAGCTGCTGAAGGAGAAGCTGGAATCAAAAAAGTGTTGCAAATGTTGCGCGATGAGTTTGAGCTAACTATGGCATTGAGTGGCTGCCGCTCACTGAACGAGATTACCCGCAACCATATTGTCACTGAGTGGGATGCTCCACGTGCTGCTCTTCCAGCCCCAAGGTTGTGA
  20 SEQ
  21
  22 # 3. check parse bowtie2 file
  23 ok( ref($vg->parse()), "parse result test");
  24
  25 my $matches = $vg->matches();
  26
  27 # 4. check matches found in parse (number of subjects)
  28 is(scalar(keys(%$matches)), 7, "all subjects count");
  29
  30 #$vg->seq_window_size(200);
  31 ##my @seqs = $vg->get_best_vigs_seqs(1);
  32
  33 #my ($best, $regions) = $vg->get_best_coverage();
  34 my $coverage = $vg->get_best_coverage();
  35 # 5. check coverage value
  36 is($coverage, 2, "coverage test (target subjects)");
  37
  38 # check target_graph
  39 my @targets = $vg->target_graph(1);
  40
  41 # 6. check a mapped target position with coverage=1
  42 is($targets[100], 1, "targets, test a one target position");
  43 # 7. check a not mapped target position with coverage=1
  44 is($targets[1000], undef, "targets, test a not covered region");
  45
  46 @targets = $vg->target_graph(2);
  47
  48 # 8. check a mapped position with 2 targets and coverage=2
  49 is($targets[500], 2, "targets, test a two target position");
  50 # 9. check a mapped position with 1 target and coverage=2
  51 is($targets[200], 1, "targets, test a one target position with a coverage velue=2");
  52
  53 # check off_target_graph
  54 my @off_targets = $vg->off_target_graph(2);
  55 #print STDERR join ",", @off_targets;
  56
  57 # 10. check a position without off_targets
  58 is($off_targets[100], undef, "off targets, in a position without off targets");
  59 # 11. check a position with 3 off targets
  60 is($off_targets[360], 3, "off targets, in a position with 3 off targets");
  61
  62 @off_targets = $vg->off_target_graph(1);
  63 # 12. check a position with off targets and coverage=1
  64 is($off_targets[360], 4, "off targets, in a position with coverage=1");
  65
  66 #print STDERR "\n";
  67
  68 # check longest_vigs_sequence
  69 my @regions = $vg ->longest_vigs_sequence(2,1116);
  70 #print Dumper(\@regions);
  71
  72 # 13. check best region start
  73 is($regions[4], 377, "best region start coord test");
  74 # 14. check best region end
  75 is($regions[5], 676, "best region end coord test");
  76
  77 # 15. check score value
  78 is($regions[1], 366, "score test");
  79
  80 # only one target match
  81 @regions = $vg ->longest_vigs_sequence(3,1116);
  82
  83 # 16. check best region start when coverage=3
  84 is($regions[4], 587, "three target best region start test");
  85 # 17. check best region end when coverage=3
  86 is($regions[5], 886, "three target best region end test");
  87
  88