support_data/mapviewer/physicalabstract

   1 <h3><font color='#ff0000'>Physical Map</font></h3>
   2
   3 <p>
   4 The purpose of this project was to develop a tomato physical map
   5 anchored to the genetic map and to identify the tomato BAC minimum
   6 tiling path for positional cloning and whole genome sequencing.</p>
   7
   8 <p>
   9 88,642 BAC clones from a Lycopersicon esculentum cv. Heinz 1706 BAC
  10 library with 129,024 clones and roughly 15 genome equivalents
  11 generated Unambiguous fingerprints (Arizona Genome Institute).  In
  12 order to anchor the fingerprinted BACs onto the tomato genetic map,
  13 overgo (overlapping oligonucleotide) probes were generated from a
  14 total of 1535 sequenced, mapped markers from the <a
  15 href='map.pl?map_id=MAPID'>current high density tomato map.</a></p>
  16
  17 <p>
  18 Overgo probes were multiplexed into
  19 two-dimensional arrays in 96 well plates.   In order to avoid
  20 potentially confounding results, overgo clones were grouped in such a
  21 way that, within a single array, the genetic distance between any two
  22 markers is more than 5.0 cM. Overgo hybridizations completed thus far
  23 have identified unambiguous BAC matches for 180 genetic markers.
  24 Currently, combining the BAC fingerprint and overgo hybridization
  25 data has resulted in total of 7388 BAC contigs and 24,563 singleton BACs,
  26  with 97 contigs and 718 singleton BACs being  anchored to the genetic
  27 map.</p>
  28
  29 <p>
  30 The maps show the chromosome on the left and the associated BAC
  31 contigs or BAC singletons. Clicking on the  contigs in the zoomed in
  32 image on the right will display a page with more information on that contig.</p>
  33
  34 <p>
  35 To view the <i>Fingerprint Contiging (FPC)</i> pages for the BAC's
  36 collection, please visit the pages of the <a
  37 href='http://www.genome.arizona.edu/fpc/tomato/' target='ARIZONA'>Arizona
  38 Genomics Institute</a>.</p>
  39