t/legacy/integration/bulk_feature.t

   1 use strict;
   2 use warnings;
   3 use Test::More tests => 34;
   4
   5 use Digest::SHA1 qw/sha1_hex/;
   6 use Data::Dumper;
   7
   8 use lib 't/lib';
   9 use SGN::Test::Data qw/ create_test /;
  10 use aliased 'SGN::Test::WWW::Mechanize' => 'Mech', skip_cgi => 1;
  11
  12 use_ok 'SGN::Controller::Bulk';
  13
  14 my $mech = Mech->new;
  15
  16 my $poly_cvterm     = create_test('Cv::Cvterm',        { name => 'polypeptide' });
  17 my $poly_feature    = create_test('Sequence::Feature', { type => $poly_cvterm  });
  18
  19 # TODO: these tests depend on live data.
  20 $mech->with_test_level( local => sub {
  21     # do it twice to test for bugs relating to the cache directory getting removed
  22     submit_bulk_form();
  23     submit_bulk_form();
  24     #diag $mech->content;
  25 });
  26
  27 $mech->with_test_level( local => sub {
  28     $mech->get('/tools/bulk/tabs/feature_tab');
  29     $mech->submit_form_ok({
  30         form_name => "bulk_feature",
  31         fields    => {
  32             ids => "BAR",
  33         },
  34     }, "submit bulk_feature with a single invalid identifier");
  35     $mech->content_unlike(qr/Caught exception/);
  36     $mech->content_contains('Your query did not contain any valid identifiers. Please try again.');
  37 });
  38
  39 $mech->with_test_level( local => sub {
  40     $mech->get('/tools/bulk/tabs/feature_tab');
  41     $mech->submit_form_ok({
  42         form_name => "bulk_feature",
  43         fields    => {
  44             ids => "FOO\nBAR",
  45         },
  46     }, "submit bulk_feature with no valid identifiers");
  47     $mech->content_unlike(qr/Caught exception/);
  48     $mech->content_contains('Your query did not contain any valid identifiers. Please try again.');
  49 });
  50
  51 $mech->with_test_level( local => sub {
  52     $mech->get('/tools/bulk/tabs/feature_tab');
  53     $mech->submit_form_ok({
  54         form_name => "bulk_feature",
  55         fields    => {
  56             ids => "\nSGN-E398616  ",
  57         },
  58     }, "submit bulk_feature form with leading+trailing whitespace");
  59     $mech->content_unlike(qr/Caught exception/);
  60
  61     $mech->get('/tools/bulk/tabs/feature_tab');
  62     $mech->submit_form_ok({
  63         form_name => "bulk_feature",
  64         fields    => {
  65             ids => "\nSGN-E398616 BLARG",
  66         },
  67     }, "submit bulk_feature form with invalid identifiers");
  68     $mech->content_contains('Your query was successful.');
  69     $mech->content_contains('A total of 1 matching features were found for 2 identifiers provided');
  70 });
  71
  72 $mech->with_test_level( local => sub {
  73     $mech->get('/tools/bulk/tabs/feature_tab');
  74     $mech->submit_form_ok({
  75         form_name => "bulk_feature",
  76         fields    => {
  77             # NOTE: no trailing whitespace, to test for colliding identifiers
  78             ids => "SGN-E398616",
  79             feature_file => [ [ undef, 'ids.txt', Content => "AP009263\n" ] ],
  80         },
  81     }, "submit bulk_feature form with file upload and textarea");
  82     my $sha1  = sha1_hex(<<ID_LIST);
  83 SGN-E398616
  84 AP009263
  85 ID_LIST
  86
  87     my @flinks = $mech->find_all_links( url_regex => qr{/bulk/feature/download/$sha1\.fasta} );
  88
  89     cmp_ok(@flinks, '==', 1, "found one FASTA download link for $sha1.fasta");
  90     $mech->links_ok( \@flinks );
  91
  92     for my $url (map { $_->url } (@flinks)) {
  93         $mech->get( $url );
  94         my $length = length($mech->content);
  95         cmp_ok($length, '>', 0,"$url has a content length $length > 0");
  96         $mech->content_unlike(qr/Caught exception/);
  97     }
  98
  99 });
 100
 101 $mech->with_test_level( local => sub {
 102     # attempt to post an empty list
 103     $mech->post('/bulk/feature/submit/', { ids => "" }  );
 104     $mech->content_like(qr/At least one identifier must be given/);
 105 });
 106
 107 done_testing();
 108
 109 sub submit_bulk_form {
 110     my $ids =<<IDS;
 111 SGN-E398616
 112 SGN-E540202
 113 SGN-E541638
 114 C06HBa0222J18.1
 115 C06HBa0229B01.1
 116 AP009263
 117 AP009262
 118 SGN-E200027
 119 SGN-E201684
 120 SGN-E587346
 121 SGN-E443637
 122 SGN-E403108
 123 IDS
 124     $mech->get_ok('/tools/bulk/tabs/feature_tab');
 125     $mech->submit_form_ok({
 126         form_name => "bulk_feature",
 127         fields    => {
 128             ids => $ids,
 129         },
 130     }, "submit bulk_feature form");
 131     $mech->content_like(qr/Download as/);
 132
 133     my $sha1  = sha1_hex($ids);
 134     my @flinks = $mech->find_all_links( url_regex => qr{/bulk/feature/download/$sha1\.fasta} );
 135
 136     cmp_ok(@flinks, '==', 1, "found one FASTA download link for $sha1.fasta");
 137     $mech->links_ok( \@flinks );
 138
 139     for my $url (map { $_->url } (@flinks)) {
 140         $mech->get( $url );
 141         my $length = length($mech->content);
 142         cmp_ok($length, '>', 0,"$url has a content length $length > 0");
 143         $mech->content_unlike(qr/Caught exception/);
 144     }
 145
 146     @flinks =  grep { $_ =~ qr{$sha1} } $mech->find_all_links(url_regex => qr{/bulk/feature/download/.*\.fasta} );
 147
 148     cmp_ok(@flinks, '==', 0, "found no other fasta download links") or diag("Unexpected fasta download links" . Dumper [ map {$_->url} @flinks ]);
 149
 150 }