t/legacy/integration/bulk_gene.t

   1 use strict;
   2 use warnings;
   3 use Test::More tests => 61;
   4 use Test::Differences;
   5
   6 use lib 't/lib';
   7 use SGN::Test::WWW::Mechanize skip_cgi => 1;
   8 use SGN::Test::Data qw/ create_test /;
   9 use Catalyst::Test 'SGN';
  10 use Digest::SHA1 qw/sha1_hex/;
  11 use Data::Dumper;
  12
  13 my $mech = SGN::Test::WWW::Mechanize->new;
  14
  15 $mech->with_test_level( remote => sub {
  16     $mech->get('/tools/bulk/tabs/gene_tab');
  17     $mech->submit_form_ok({
  18         form_name => "bulk_gene",
  19         fields    => {
  20             ids       => "Solyc02g081670 BLARG",
  21             gene_type => 'cdna',
  22         },
  23     }, "submit bulk_gene with some invalid identifiers");
  24 });
  25
  26 $mech->with_test_level( remote => sub {
  27     $mech->get('/tools/bulk/tabs/gene_tab');
  28     $mech->submit_form_ok({
  29         form_name => "bulk_gene",
  30         fields    => {
  31             ids       => "NYARLATHOTEP BLARG",
  32             gene_type => 'cdna',
  33         },
  34     }, "submit bulk_gene with all invalid identifiers");
  35     $mech->content_like(qr/did not contain any valid identifiers/);
  36 });
  37
  38 $mech->with_test_level( remote => sub {
  39     $mech->get('/tools/bulk/tabs/gene_tab');
  40     $mech->submit_form_ok({
  41         form_name => "bulk_gene",
  42         fields    => {
  43             ids       => "Solyc02g081670",
  44             gene_type => '',
  45         },
  46     }, "submit bulk_gene with a single valid identifier but invalid gene_type");
  47     $mech->content_like(qr/Invalid data type chosen/);
  48 });
  49
  50 $mech->with_test_level( remote => sub {
  51     $mech->get('/tools/bulk/tabs/gene_tab');
  52     $mech->submit_form_ok({
  53         form_name => "bulk_gene",
  54         fields    => {
  55             ids       => "Solyc02g081670",
  56             gene_type => 'not_valid',
  57         },
  58     }, "submit bulk_gene with a single valid identifier");
  59     $mech->content_like(qr/Invalid data type chosen/);
  60 });
  61
  62 $mech->with_test_level( remote => sub {
  63     $mech->get('/tools/bulk/tabs/gene_tab');
  64     $mech->submit_form_ok({
  65         form_name => "bulk_gene",
  66         fields    => {
  67             ids       => "Solyc02g081670",
  68             gene_type => "cds",
  69         },
  70     }, "submit bulk_gene with a single valid identifier for cds");
  71     $mech->content_unlike(qr/Caught exception/);
  72     $mech->content_unlike(qr/Your query did not contain any valid identifiers/);
  73 });
  74
  75 $mech->with_test_level( remote => sub {
  76     my $id        = 'Solyc02g081670';
  77     my $gene_type = 'cds';
  78     $mech->get_ok('/tools/bulk/tabs/gene_tab');
  79     $mech->submit_form_ok({
  80         form_name => "bulk_gene",
  81         fields    => {
  82             ids       => $id,
  83             gene_type => $gene_type,
  84         },
  85     }, "submit bulk_gene with a single valid identifier for cdna");
  86     my $sha1 = sha1_hex("cds $id");
  87     $mech->content_unlike(qr/Caught exception/) or diag $mech->content;
  88     $mech->content_unlike(qr/Your query did not contain any valid identifiers/);
  89     $mech->content_unlike(qr/Invalid data type/);
  90     $mech->content_unlike(qr/At least one valid identifier must be given/);
  91     my @flinks = $mech->find_all_links( url_regex => qr{/gene/download/$sha1\.fasta} );
  92     cmp_ok(@flinks, '==', 1, "found one FASTA download link for $gene_type $id $sha1.fasta");
  93     $mech->links_ok( \@flinks );
  94
  95 # cds sequence for Solyc02g081670.1
  96 my $expected_sequence =<<SEQ;
  97 >Solyc02g081670.1.1 Fimbriata (Fragment) (AHRD V1 **-- Q6QVW9_MIMLE); contains Interpro domain(s)  IPR001810  Cyclin-like F-box
  98 ATGGAAGCTTTTCATCATCCCCCTATTAGCTTTCACTTTCCCTATGCTTTTCCTATCCCA
  99 ACACCAACAACCAATTTTCTTGGAACTCCAAATTCATCATCAGTTAATGGAATGATCATC
 100 AACACTTGGATGGATAGTAGAATTTGGAGTAGACTTCCACATAGGCTTATTGATAGAATC
 101 ATTGCTTTTCTACCACCACCTGCTTTCTTTAGAGCTAGAGTTGTGTGTAAGAGATTCTAT
 102 GGACTTATTTACTCTACACATTTTCTTGAATTGTACTTGCAAGTTTCACCTAAGAGGAAC
 103 TGGTTCATTTTCTTTAAACAAAAAGTACCAAGAAACAACATTTACAAGAACGTGATGAAT
 104 AGTAGTAACTCAGGAGTTTGTTCTGTTGAAGGTTACTTGTTTGATCCTGATAATCTTTGT
 105 TGGTATAGGCTTTCTTTTGCTTTAATCCCACAAGGGTTTTCTCCTGTTTCATCTTCTGGT
 106 GGATTAATTTGCTTTGTTTCTGATGAATCTGGATCAAAAAACATTCTTTTATGTAATCCA
 107 CTTGTAGGATCCATAATTCCCCTGCCTCCAACTTTAAGGCCTAGGCTTTTTCCTTCTATT
 108 GGTTTAACTATAACCAACACATCTATTGATATAGCTGTAGCTGGAGATGACTTGATATCA
 109 CCTTATGCTGTTAAAAACTTAACTACAGAGTCATTTCATATTGATGGTAATGGATTTTAC
 110 TCAATATGGGGTACAACTTCTACACTTCCAAGATTATGCAGTTTTGAATCAGGCAAAATG
 111 GTGCATGTACAGGGGAGATTTTATTGCATGAATTTTAGTCCTTTTAGTGTGCTTTCTTAT
 112 GATATAGGGACTAATAACTGGTGCAAGATTCAAGCCCCGATGCGACGATTCCTACGTTCA
 113 CCGAGCCTTGTTGAAGGGAATGGTAAGGTTGTTTTAGTTGCAGCAGTTGAAAAGAGTAAA
 114 CTGAATGTGCCAAGAAGTTTGAGGCTTTGGGCATTGCAAGATTGTGGTACAATGTGGTTG
 115 GAAATAGAAAGAATGCCACAACAATTGTATGTGCAGTTTGCTGAAGTGGAGAATGGACAA
 116 GGGTTTAGTTGTGTTGGACATGGTGAATATGTGGTGATAATGATTAAGAATAATTCAGAT
 117 AAGGCATTGTTGTTTGATTTCTGTAAGAAGAGATGGATTTGGATACCTCCTTGTCCATTT
 118 TTGGGAAATAATTTAGACTATGGTGGTGTTGGTAGTAGTAATAATTATTGTGGAGAATTT
 119 GGAGTTGGAGGGGGAGAGTTGCATGGATTTGGTTATGACCCTAGACTTGCTGCACCTATT
 120 GGTGCACTTCTTGATCAGTTGACATTGCCCTTTCAGTCATTCAACTGA
 121 SEQ
 122
 123     map {
 124         cmp_ok(length($mech->get($_->url)->content), '>', 0, $_->url . " length > 0 ");
 125         $mech->content_unlike(qr/Caught exception/) or diag $mech->content;
 126         eq_or_diff($mech->content,$expected_sequence, $_->url . " looks like expected sequence");
 127     } @flinks;
 128
 129 });
 130
 131 $mech->with_test_level( remote => sub {
 132     my $id        = 'Solyc02g081670';
 133     my $gene_type = 'cdna';
 134     $mech->get_ok('/tools/bulk/tabs/gene_tab');
 135     $mech->submit_form_ok({
 136         form_name => "bulk_gene",
 137         fields    => {
 138             ids       => $id,
 139             gene_type => $gene_type,
 140         },
 141     }, "submit bulk_gene $id with a single valid identifier for cdna");
 142     my $sha1 = sha1_hex("cdna $id");
 143     $mech->content_unlike(qr/Caught exception/) or diag $mech->content;
 144     $mech->content_unlike(qr/Your query did not contain any valid identifiers/);
 145     $mech->content_unlike(qr/Invalid data type/);
 146     $mech->content_unlike(qr/At least one valid identifier must be given/);
 147     my @flinks = $mech->find_all_links( url_regex => qr{/bulk/gene/download/$sha1\.fasta} );
 148     cmp_ok(@flinks, '==', 1, "found one FASTA download link for $gene_type $id $sha1.fasta");
 149     $mech->links_ok( \@flinks );
 150
 151     # TODO: Depends on live data.
 152
 153 # cDNA sequence for Solyc02g081670.1
 154 my $expected_sequence =<<SEQ;
 155 >Solyc02g081670.1.1 Fimbriata (Fragment) (AHRD V1 **-- Q6QVW9_MIMLE); contains Interpro domain(s)  IPR001810  Cyclin-like F-box
 156 ATGGAAGCTTTTCATCATCCCCCTATTAGCTTTCACTTTCCCTATGCTTTTCCTATCCCA
 157 ACACCAACAACCAATTTTCTTGGAACTCCAAATTCATCATCAGTTAATGGAATGATCATC
 158 AACACTTGGATGGATAGTAGAATTTGGAGTAGACTTCCACATAGGCTTATTGATAGAATC
 159 ATTGCTTTTCTACCACCACCTGCTTTCTTTAGAGCTAGAGTTGTGTGTAAGAGATTCTAT
 160 GGACTTATTTACTCTACACATTTTCTTGAATTGTACTTGCAAGTTTCACCTAAGAGGAAC
 161 TGGTTCATTTTCTTTAAACAAAAAGTACCAAGAAACAACATTTACAAGAACGTGATGAAT
 162 AGTAGTAACTCAGGAGTTTGTTCTGTTGAAGGTTACTTGTTTGATCCTGATAATCTTTGT
 163 TGGTATAGGCTTTCTTTTGCTTTAATCCCACAAGGGTTTTCTCCTGTTTCATCTTCTGGT
 164 GGATTAATTTGCTTTGTTTCTGATGAATCTGGATCAAAAAACATTCTTTTATGTAATCCA
 165 CTTGTAGGATCCATAATTCCCCTGCCTCCAACTTTAAGGCCTAGGCTTTTTCCTTCTATT
 166 GGTTTAACTATAACCAACACATCTATTGATATAGCTGTAGCTGGAGATGACTTGATATCA
 167 CCTTATGCTGTTAAAAACTTAACTACAGAGTCATTTCATATTGATGGTAATGGATTTTAC
 168 TCAATATGGGGTACAACTTCTACACTTCCAAGATTATGCAGTTTTGAATCAGGCAAAATG
 169 GTGCATGTACAGGGGAGATTTTATTGCATGAATTTTAGTCCTTTTAGTGTGCTTTCTTAT
 170 GATATAGGGACTAATAACTGGTGCAAGATTCAAGCCCCGATGCGACGATTCCTACGTTCA
 171 CCGAGCCTTGTTGAAGGGAATGGTAAGGTTGTTTTAGTTGCAGCAGTTGAAAAGAGTAAA
 172 CTGAATGTGCCAAGAAGTTTGAGGCTTTGGGCATTGCAAGATTGTGGTACAATGTGGTTG
 173 GAAATAGAAAGAATGCCACAACAATTGTATGTGCAGTTTGCTGAAGTGGAGAATGGACAA
 174 GGGTTTAGTTGTGTTGGACATGGTGAATATGTGGTGATAATGATTAAGAATAATTCAGAT
 175 AAGGCATTGTTGTTTGATTTCTGTAAGAAGAGATGGATTTGGATACCTCCTTGTCCATTT
 176 TTGGGAAATAATTTAGACTATGGTGGTGTTGGTAGTAGTAATAATTATTGTGGAGAATTT
 177 GGAGTTGGAGGGGGAGAGTTGCATGGATTTGGTTATGACCCTAGACTTGCTGCACCTATT
 178 GGTGCACTTCTTGATCAGTTGACATTGCCCTTTCAGTCATTCAACTGA
 179 SEQ
 180
 181     map {
 182         cmp_ok(length($mech->get($_->url)->content), '>', 0, $_->url . " length > 0 ");
 183         $mech->content_unlike(qr/Caught exception/) or diag $mech->content;
 184         eq_or_diff($mech->content,$expected_sequence, $_->url . " looks like expected sequence");
 185     } @flinks;
 186
 187 });
 188
 189 $mech->with_test_level( remote => sub {
 190     $mech->get('/tools/bulk/tabs/gene_tab');
 191     my $gene_type = 'protein';
 192     my $id        = "Solyc02g081670";
 193     $mech->submit_form_ok({
 194         form_name => "bulk_gene",
 195         fields    => {
 196             ids       => $id,
 197             gene_type => $gene_type,
 198         },
 199     }, "submit bulk_gene $id with a single valid identifier for protein");
 200     my $sha1 = sha1_hex("protein $id");
 201     $mech->content_unlike(qr/Caught exception/) or diag $mech->content;
 202     $mech->content_unlike(qr/Your query did not contain any valid identifiers/);
 203     $mech->content_unlike(qr/At least one valid identifier must be given/);
 204     my @flinks = $mech->find_all_links( url_regex => qr{/bulk/gene/download/$sha1\.fasta} );
 205     cmp_ok(@flinks, '==', 1, "found one FASTA download link for $gene_type $id $sha1.fasta");
 206     $mech->links_ok( \@flinks );
 207     # TODO: Depends on live data.
 208 my $expected_sequence =<<SEQ;
 209 >Solyc02g081670.1.1 Fimbriata (Fragment) (AHRD V1 **-- Q6QVW9_MIMLE); contains Interpro domain(s)  IPR001810  Cyclin-like F-box
 210 MEAFHHPPISFHFPYAFPIPTPTTNFLGTPNSSSVNGMIINTWMDSRIWSRLPHRLIDRI
 211 IAFLPPPAFFRARVVCKRFYGLIYSTHFLELYLQVSPKRNWFIFFKQKVPRNNIYKNVMN
 212 SSNSGVCSVEGYLFDPDNLCWYRLSFALIPQGFSPVSSSGGLICFVSDESGSKNILLCNP
 213 LVGSIIPLPPTLRPRLFPSIGLTITNTSIDIAVAGDDLISPYAVKNLTTESFHIDGNGFY
 214 SIWGTTSTLPRLCSFESGKMVHVQGRFYCMNFSPFSVLSYDIGTNNWCKIQAPMRRFLRS
 215 PSLVEGNGKVVLVAAVEKSKLNVPRSLRLWALQDCGTMWLEIERMPQQLYVQFAEVENGQ
 216 GFSCVGHGEYVVIMIKNNSDKALLFDFCKKRWIWIPPCPFLGNNLDYGGVGSSNNYCGEF
 217 GVGGGELHGFGYDPRLAAPIGALLDQLTLPFQSFN*
 218 SEQ
 219     map {
 220         cmp_ok(length($mech->get($_->url)->content), '>', 0, $_->url . " length > 0 ");
 221         $mech->content_unlike(qr/Caught exception/) or diag $mech->content;
 222         $mech->content_unlike(qr/Unable to perform storage-dependent operations/);
 223         eq_or_diff($mech->content,$expected_sequence, $_->url . " looks like expected sequence");
 224     } @flinks;
 225 });
 226
 227 $mech->with_test_level( remote => sub {
 228     $mech->get('/tools/bulk/tabs/gene_tab');
 229     my $gene_type = 'protein';
 230     my $id        = "Solyc02g092680";
 231     $mech->submit_form_ok({
 232         form_name => "bulk_gene",
 233         fields    => {
 234             ids       => $id,
 235             gene_type => $gene_type,
 236         },
 237     }, "submit bulk_gene $id with a single valid identifier for protein");
 238     my $sha1 = sha1_hex("protein $id");
 239     $mech->content_unlike(qr/Caught exception/) or diag $mech->content;
 240     $mech->content_unlike(qr/Your query did not contain any valid identifiers/);
 241     $mech->content_unlike(qr/At least one valid identifier must be given/);
 242     my @flinks = $mech->find_all_links( url_regex => qr{/bulk/gene/download/$sha1\.fasta} );
 243     cmp_ok(@flinks, '==', 1, "found one FASTA download link for $gene_type $id $sha1.fasta");
 244     $mech->links_ok( \@flinks );
 245     # TODO: Depends on live data.
 246 my $expected_sequence = <<SEQ;
 247 >Solyc02g092680.1.1 Subtilisin-like protease (AHRD V1 ***- A9XG40_TOBAC); contains Interpro domain(s)  IPR015500  Peptidase S8, subtilisin-related
 248 MSTYPLIVVVVVLVCLCHMSVAMEEKKTYIIHMAKSQMPATFDDHTHWYDASLKSVSESA
 249 EMIYVYNNVIHGFAARLTAQEAESLKTQPGILSVLSEVIYQLHTTRTPLFLGLDNRPDVF
 250 NDSDAMSNVIIGILDSGIWPERRSFDDTGLGPVPESWKGECESGINFSSAMCNRKLIGAR
 251 YFSSGYEATLGPIDESKESKSPRDNEGHGTHTASTAAGSVVQGASLFGYASGTARGMAYR
 252 ARVAVYKVCWLGKCFGPDILAGMDKAIDDNVNVLSLSLGGEHFDFYSDDVAIGAFAAMEK
 253 GIMVSCSAGNAGPNQFSLANQAPWITTVGAGTVDRDFPAYVSLGNGKNFSGVSLYAGDPL
 254 PSGMLPLVYAGNASNATNGNLCIMGTLIPEKVKGKIVLCDGGVNVRAEKGYVVKSAGGAG
 255 MIFANTNGLGLLADAHLLPAAAVGQLDGDEIKKYITSDPNPTATILFGGTMVGVQPAPIL
 256 AAFSSRGPNSITPEILKPDIIAPGVNILAGWSGAVGPTGLPEDDRRVEFNIISGTSMSCP
 257 HVSGLAALLKGVHPEWSPAAIRSALMTTAYTTYRNGGALLDVATGKPSTPFGHGAGHVDP
 258 VSAVNPGLVYDINADDYLNFLCALKYSPSQINIIARRNFTCDSSKIYSVTDLNYPSFSVA
 259 FPADTGSNTIRYSRTLTNVGPSGTYKVAVTLPDSSVEIIVEPETVSFTQINEKISYSVSF
 260 TAPSKPPSTNVFGKIEWSDGTHLVTSPVAISWS*
 261 SEQ
 262     map {
 263         cmp_ok(length($mech->get($_->url)->content), '>', 0, $_->url . " length > 0 ");
 264         $mech->content_unlike(qr/Caught exception/) or diag $mech->content;
 265         $mech->content_unlike(qr/Unable to perform storage-dependent operations/);
 266         eq_or_diff($mech->content,$expected_sequence, $_->url . " looks like expected sequence");
 267     } @flinks;
 268 });
 269
 270
 271
 272 $mech->with_test_level( remote => sub {
 273     $mech->get('/tools/bulk/tabs/gene_tab');
 274     my $gene_type = 'protein';
 275     my $id        = "Os01g0276000";
 276     $mech->submit_form_ok({
 277         form_name => "bulk_gene",
 278         fields    => {
 279             ids  => "01g0274500\r\n Os01g0274601\r\n Os01g0274800\r\n Os01g0274901\r\n Os01g0275200\r\n Os01g0275300\r\n Os01g0275500\r\n Os01g0275600\r\n Os01g0275800\r\n Os01g0275900\r\n Os01g0275950\r\n Os01g0276000\r\n Os01g0276100\r\n Os01g0276200\r\n Os01g0276300\r\n Os01g0276400\r\n Os01g0276500\r\n Os01g0276600\r\n Os01g0276700\r\n Os01g0276800\r\n Os01g0276900\r\n",
 280             gene_type => $gene_type,
 281         },
 282     }, "submit bulk_gene with a single valid identifier for protein");
 283     my $sha1 = sha1_hex("protein $id");
 284     $mech->content_unlike(qr/Caught exception/) or diag $mech->content;
 285     $mech->content_unlike(qr/Your query did not contain any valid identifiers/);
 286     $mech->content_unlike(qr/At least one valid identifier must be given/);
 287     my @flinks = $mech->find_all_links( url_regex => qr{/bulk/gene/download/[a-f\d]+\.fasta} );
 288     cmp_ok(@flinks, '==', 1, "found one FASTA download link for $gene_type $id $sha1.fasta");
 289     $mech->links_ok( \@flinks );
 290
 291     for( @flinks ) {
 292         cmp_ok(length($mech->get($_->url)->content), '>', 0, $_->url . " length > 0 ");
 293         $mech->content_unlike(qr/Caught exception/) or diag $mech->content;
 294         $mech->content_unlike(qr/Unable to perform storage-dependent operations/);
 295     }
 296 });
 297
 298