t/legacy/integration/phenome/solqtl.t

   1
   2 =head1 NAME
   3
   4 solqtl.t - Tests for /phenome/qtl_analysis.pl &   /phenome/qtl.pl
   5
   6 This page takes a few minutes to run R computations.
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 Tests for /phenome/qtl_analysis.pl &   /phenome/qtl.pl
  11
  12 =cut
  13
  14 use strict;
  15 use warnings;
  16 use Test::More;
  17 use lib 't/lib';
  18 use SGN::Test::WWW::Mechanize;
  19 use SGN::Test qw/qsub_is_configured/;
  20
  21 {
  22     local $TODO = "qsub not configured properly" if !qsub_is_configured();
  23     my $mech = SGN::Test::WWW::Mechanize->new;
  24
  25
  26 ##############################
  27 #/phenome/qtl_analysis.pl page
  28 ##############################
  29 print STDERR "\n\n.....starting to test /phenome/qtl_analysis.pl.....\n\n";
  30
  31     $mech->get_ok(
  32         '/phenome/qtl_analysis.pl?population_id=12&cvterm_id=39945',
  33         ' got a qtl_analysis.pl page. (In case of failure, try to run it again. Takes 2 - 4 min to run R computations)' );
  34
  35     $mech->content_contains($_)
  36       for (
  37         'Population details',
  38         'QTLs',
  39         'Phenotype frequency distribution',
  40         'Download data',
  41         'Publication(s)',
  42         'User comments',
  43       );
  44
  45
  46     my @qtl_images = $mech->find_all_images(alt_regex => qr/chromosome/i );
  47     cmp_ok( scalar(@qtl_images), '>=', 12, 'got 12 or more qtl map images' );
  48
  49    $mech->content_contains( 'lines', 'frequency distribution plot generated');
  50    $mech->content_contains( 'Trait data', 'Phenotype data table generated');
  51    $mech->content_contains( 'Abstract', 'abstract content');
  52    $mech->content_contains( 'QTL genotype probability method',  'Legend for QTL map: key');
  53    $mech->content_contains( 'Based on 95%',  'Legend for QTL map: value');
  54    $mech->content_contains( 'Abstract', 'abstract content for qtl pub');
  55    $mech->content_contains( 'Standard deviation', 'descriptive statistics for trait phenotype data');
  56
  57
  58    my $phenotype_download_link =
  59       $mech->find_link( text_regex => qr/phenotype data/i );
  60     ok( $phenotype_download_link, 'got a phenotype data download link' );
  61
  62     my $url = defined $phenotype_download_link ? $phenotype_download_link->url : '';
  63
  64     $url ? $mech->links_ok( $url, 'phenotype data download link works' ) : ok(0, 'no phenotype url found');
  65
  66     cmp_ok( length( $mech->content ),
  67         '>=', 1000,
  68         'got at least 1KB of data from the phenotype data download' );
  69
  70     my $genotype_download_link = $mech->find_link( text_regex => qr/genotype data/i );
  71
  72     ok( $genotype_download_link, 'got a genotype data  download link' );
  73
  74     if ($genotype_download_link) {
  75         $mech->links_ok($genotype_download_link->url, 'genotype data download link works' );
  76     } else {
  77         ok(0, 'no genotype download link');
  78     }
  79     cmp_ok( length( $mech->content ),
  80         '>=', 1000,
  81         'got at least 1KB of data from the genotype data download' );
  82
  83
  84
  85 ####################
  86 #/phenome/qtl.pl page
  87 ####################
  88     print STDERR "\n\n.....starting to test /phenome/qtl.pl.....\n\n";
  89     $mech->get_ok(
  90     '/phenome/qtl.pl?population_id=12&term_id=39945&chr=3&peak_marker=T0581&lod=3.6&qtl=../data/qtl.png',
  91     'got a qtl detail page (/phenome/qtl.pl).'
  92     );
  93
  94     $mech->content_contains($_)
  95       for (
  96         'QTL map',
  97         'QTL 95%',
  98         'QTL markers\' genomic matches',
  99         'Browse QTL region',
 100         'QTL markers\' genetic positions',
 101         'Genetic map',
 102         'User comments',
 103       );
 104     my $qtl_image = $mech->find_image( alt_regex => qr/qtl for/i );
 105     ok( $qtl_image, 'There is a qtl image' );
 106
 107 ###########################
 108 # lib/SGN/Controller/Qtl.pm
 109 ###########################
 110
 111 print STDERR "\n\n.....starting to test qtl search related pages.....\n\n";
 112
 113 use_ok(  'SGN::Controller::Qtl'  )
 114     or BAIL_OUT('could not include SGN::Controller::Qtl');
 115
 116 $mech->get_ok("/search/qtl", "Got qtl search page");
 117 $mech->get_ok("/qtl/search", "Got qtl search page, another url");
 118 $mech->get_ok("/qtl/search/results?trait=fruit+shape", "Got qtl search results page");
 119 $mech->get_ok("/qtl/search/help", "Got qtl search help page");
 120
 121 print STDERR "\n\n.....starting to test qtl data submission webforms.....\n\n";
 122
 123 $mech->get_ok("/qtl/form", "intro qtl data submission webform");
 124 $mech->get_ok("/qtl/form/intro", "intro qtl data submission webform -intro");
 125 $mech->get_ok("/qtl/form/pop_form", "population detail -- qtl data submission webform");
 126 $mech->get_ok("/qtl/form/trait_form/12", "trait data -- qtl data submission webform");
 127 $mech->get_ok("/qtl/form/pheno_form/12", "phenotype data -- qtl data submission webform");
 128 $mech->get_ok("/qtl/form/geno_form/12", "genotype data -- qtl data submission webform");
 129 $mech->get_ok("/qtl/form/stat_form/12", "statistical parameters -- qtl data submission webform");
 130 $mech->get_ok("/qtl/form/confirm/12", "confirmation-- qtl data submission webform");
 131
 132 print STDERR "\n\n.....starting to test traits list pages.....\n\n";
 133
 134 $mech->get_ok("/qtl/traits/H", "qtl traits list page");
 135 $mech->get_ok("/qtl/submission/guide/", "qtl submission guide page");
 136
 137 print STDERR "\n\n.....starting to test qtl population page.....\n\n";
 138 $mech->get_ok("/qtl/view/12", "Got qtl population page - old url");
 139 $mech->get_ok("/qtl/population/12", "Got qtl population page");
 140 $mech->content_contains("Population summary", "there is population summary section");
 141 $mech->content_contains("Set statistical parameters", "there is statistical parameters section");
 142 $mech->content_contains("Analyze QTLs", "there is list of traits section");
 143 $mech->content_contains("Pearson correlation", "there is correlation section");
 144 $mech->content_contains("Download", "there is data download section");
 145 $mech->content_contains("Set your own QTL analysis parameters", "interactive statistics interface loaded");
 146
 147 ok($mech->find_image(alt_regex => qr/run solQTL/i ), "Got atleast one trait for solQTL");
 148 my @links_to_solqtl = $mech->find_all_links( text_regex => qr/run solQTL/i );
 149 my $traits = scalar(@links_to_solqtl);
 150 cmp_ok($traits, '>=', 1, "this population has $traits traits for QTL analysis");
 151
 152 ok($mech->find_image(alt_regex => qr/correlation/i ), "Got correlation heatmap");
 153 $mech->content_contains("Acronyms key", "Got trait acronyms key");
 154
 155
 156 #$mech->with_test_level( process => sub {
 157 #      my ($res, $c) = ctx_request("qtl/view/12");
 158 #      my $controller = SGN->Controller("Qtl");
 159 #
 160 #});
 161
 162 }
 163
 164 done_testing;