t/legacy/integration/solgs/solgs.t

   1 =head1 NAME
   2
   3 solgs.t - integration tests for solgs
   4
   5 =head1 DESCRIPTION
   6
   7
   8
   9 =cut
  10
  11 use strict;
  12 use warnings;
  13 use lib 't/lib';
  14 use Test::More;
  15 use SGN::Test::WWW::Mechanize;
  16
  17
  18 BEGIN { use_ok( 'SGN::Test::WWW::Mechanize' ) or
  19             BAIL_OUT('Could not load SGN::Test::WWW::Mechanize');
  20 }
  21
  22 BEGIN { use_ok( 'Test::More' ) or
  23             BAIL_OUT('Could not load Test::More');
  24 }
  25
  26 BEGIN { use_ok(  'SGN::Controller::solGS::solGS'  ) or
  27         BAIL_OUT( 'Could not load SGN::Controller::solGS::solGS');
  28 }
  29 BEGIN { use_ok(  'SGN::Model::solGS::solGS'  ) or
  30         BAIL_OUT( 'Could not load SGN::Model::solGS::solGS');
  31 }
  32 BEGIN { use_ok(  'SGN::Controller::solGS::solgsStock'  ) or
  33         BAIL_OUT( 'Could not load SGN::Controller::solGS::solgsStock');
  34 }
  35
  36
  37 my $mech = SGN::Test::WWW::Mechanize->new;
  38
  39 $mech->get_ok('/solgs/search', 'search page');
  40 $mech->content_contains('Search for a trait', 'search trait section');
  41 $mech->content_contains('Browse by traits', 'traits index');
  42
  43 my @traits_indices = $mech->find_all_links( url_regex => qr/solgs\/traits/ );
  44 $mech->links_ok( \@traits_indices, 'trait indices links work' );
  45 $mech->get_ok($traits_indices[0], 'a page for a list of traits starting with a certain letter');
  46 $mech->content_contains('Traits beginning with', 'traits list section');
  47
  48 my @traits_list= $mech->find_all_links( url_regex => qr/solgs\/search\/result\/traits/i );
  49 $mech->links_ok( \@traits_list, 'links to traits starting with a certain letter work.' );
  50 $mech->get_ok($traits_list[0], 'a link to a traits search page works');
  51 $mech->content_contains('Traits with genomic selection data',  'Traits with genomic selection data');
  52
  53 my @traits_pop= $mech->find_all_links( url_regex => qr/solgs\/search\/result\/populations/i );
  54 $mech->links_ok( \@traits_pop, 'links to search page for populations evaluated for a trait work.' );
  55 $mech->get_ok($traits_pop[0], 'a link to populations evaluated for a trait  search page works');
  56 $mech->get_ok($traits_pop[0], $traits_pop[0]->url);
  57 $mech->content_contains('select a training population to calculate GEBV', 'list of training populations for a trait section');
  58 # diag('Please wait..this may take a few minutes..');
  59 # my @training_pops = $mech->find_all_links(url_regex=> qr/trait\/70682\/population/);
  60
  61
  62 # foreach my $tr_pop (@training_pops) {
  63 #     my $url = $tr_pop->url;
  64 #     $mech->links_ok( $url, $url ) or
  65 #         diag("if similar urls are passing the test, page $url  might be
  66 #               failing because of the type of its dataset.");
  67 # }
  68
  69 $mech->get_ok('/solgs/trait/70682/population/128', 'a training population page');
  70 $mech->content_contains($_)
  71       for (
  72         'Population summary',
  73         'Trait phenotype data',
  74         'Predicted genomc estimated breeding values',
  75         'Top 10 genotypes',
  76         'Marker Effects',
  77         '10 folds cross-validation report',
  78       );
  79
  80 diag('GEBV data download');
  81 my $gebv_download_link = $mech->find_link( text_regex => qr/download all gebvs/i );
  82 ok( $gebv_download_link, 'got a GEBV data download link' );
  83 my $url = defined $gebv_download_link ? $gebv_download_link->url : '';
  84 $url ? $mech->links_ok( $url, 'GEBV data download link works' )
  85     : ok(0, 'no GEBV download url found');
  86 $mech->get_ok($url);
  87 my $size =  length( $mech->content );
  88 cmp_ok( $size, '>=', 1000,"got at least 1KB (file size: $size, $url) of data from the GEBV data download url" );
  89
  90
  91 diag('Marker Effects data download');
  92 $mech->get_ok('/solgs/trait/70682/population/128', 'a training population page');
  93 my $marker_download_link = $mech->find_link( text_regex => qr/download all marker effects/i );
  94 ok( $marker_download_link, 'got a marker effects data download link' );
  95 $url = defined $marker_download_link ? $marker_download_link->url : '';
  96 $url ? $mech->links_ok( $url, 'Marker effects data download link works' )
  97     : ok(0, 'no marker effects download url found');
  98 $mech->get_ok($url);
  99 $size =  length( $mech->content );
 100 cmp_ok( length( $mech->content ), '>=', 1000,"got at least 1KB (file size: $size, $url) of data from the marker effects data download url" );
 101
 102
 103 diag('Model accuracy data download');
 104 $mech->get_ok('/solgs/trait/70682/population/128', 'a training population page');
 105 my $accuracy_download_link = $mech->find_link( text_regex => qr/download model accuracy/i );
 106 ok( $accuracy_download_link, 'got a model accuracy data download link' );
 107 $url = defined $accuracy_download_link ? $accuracy_download_link->url : '';
 108 $url ? $mech->links_ok( $url, 'Model accuracy data download link works' )
 109     : ok(0, 'no model accuracy download url found');
 110 $mech->get_ok($url);
 111 $size =  length( $mech->content);
 112 cmp_ok( $size, '>=', 100,"got at least 0.1KB (file size: $size, $url) of data from the model accuracy data download url" );
 113
 114
 115 $mech->get_ok('/solgs/population/128', 'Got a population page');
 116 $mech->content_contains($_)
 117       for (
 118         'Population summary',
 119         'Traits',
 120         'Run GS',
 121       );
 122
 123 diag("Please wait... this may a few minutes..");
 124 my @traits= $mech->find_all_links( url_regex => qr/solgs\/trait/ );
 125 my $no_traits = scalar(@traits);
 126 cmp_ok($no_traits, '>=', 1, "this population has $no_traits traits for GS analysis");
 127
 128 diag("Please wait... this may take a few minutes..");
 129 $url = $traits[0]->url;
 130 $mech->get_ok($traits[0], "run GS for a trait ($url) of a training population");
 131 $mech->content_contains($_)
 132       for (
 133         'Population summary',
 134         'Trait phenotype data',
 135         'Predicted genomc estimated breeding values',
 136         'Top 10 genotypes',
 137         'Marker Effects',
 138         '10 folds cross-validation report',
 139         'prediction population',
 140       );
 141
 142 diag("Please wait... combining populations...this may a few minutes..");
 143 $mech->get_ok('/solgs/combine/populations/trait/confirm/70762', 'confirmation page for populations to be combined');
 144 $mech->get_ok('/solgs/model/combined/populations/2789927696/trait/70762', 'GEBV output for combined training populations');
 145 $mech->content_contains($_)
 146       for (
 147         'Population summary',
 148         'Trait phenotype data',
 149         'Predicted genomc estimated breeding values',
 150         'Top 10 genotypes',
 151         'Marker Effects',
 152         '10 folds cross-validation report',
 153       );
 154
 155 done_testing()
 156
 157