mason/gem/template/probe_composition.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  probe_composition.mas
   6  Mason code to get probe composition data and show it in a web_page.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 DESCRIPTION
  17
  18  Mason code to get probe composition data and show it in a web_page.
  19
  20  Its controller is: template_design.pl
  21
  22 =cut
  23
  24 =head 1 AUTHOR
  25
  26  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  27
  28 =cut
  29
  30 </%doc>
  31
  32
  33 <%args>
  34 $template
  35 </%args>
  36
  37 <%perl>
  38 use strict;
  39 use warnings;
  40
  41 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  42
  43
  44 my $probe_comp_content;
  45 my $probe_composition_html;
  46
  47 my $default_message = '<i><font color="gray">data not available</font></i>';
  48
  49 ## If there aren't any template_row that comes from template it will do nothing. The error message will returned by basic information
  50
  51 my @probe_list;
  52 my $probe_n = 0;
  53
  54 if (defined $template->get_template_id() ) {
  55
  56     ## Get schema
  57
  58     my $schema = $template->get_schema();
  59
  60     ## Get the data from the row as hash
  61
  62     my $template_id = $template->get_template_id();
  63
  64     ## Search probe data, put into an array and use columnar table to give the html format. If don't exists any data, print message.
  65
  66
  67     my @probes_rows = $schema->resultset('GeProbe')
  68                              ->search( { template_id => $template_id } );
  69
  70     $probe_n = scalar(@probes_rows);
  71
  72     if ($probe_n > 0) {
  73         foreach my $probe_row (@probes_rows) {
  74
  75             my %probe_data = $probe_row->get_columns();
  76             my $probe_name = $probe_data{'probe_name'};
  77
  78             my $probe_link = '/sedm/probe.pl?id='.$probe_data{'probe_id'};   ## It will be used when the
  79                                                                              ## when the code to get sequences
  80                                                                              ## will be developed
  81
  82             my $probe_type = $probe_data{'probe_type'} || $default_message;
  83             my $start_coord = $probe_data{'template_start'} || $default_message;
  84             my $end_coord = $probe_data{'template_end'} || $default_message;
  85
  86             my @spots = $schema->resultset('GeProbeSpot')
  87                                ->search( { probe_id => $probe_data{'probe_id'} } );
  88
  89             my $spots_n = scalar(@spots) || $default_message;
  90
  91             push @probe_list, [ $probe_name, $probe_type, $start_coord, $end_coord, $spots_n];
  92        }
  93
  94        $probe_composition_html = columnar_table_html( headings => [ 'Probe name',
  95                                                                    'Probe type',
  96                                                                    'Template start coord',
  97                                                                    'Template end coord',
  98                                                                    'Spots' ],
  99                                                        data     => \@probe_list,
 100                                                        __align  => ['l', 'c', 'c', 'c', 'c'],
 101                                                     );
 102     } else {
 103       $probe_composition_html = 'None probe was found associated to this template';
 104    }
 105    $probe_comp_content = info_section_html( title       => "Probe Composition (". $probe_n .")",
 106                                             contents    => $probe_composition_html,
 107                                             collapsible =>1,
 108                                             collapsed   =>1, );
 109
 110
 111 }
 112
 113 </%perl>
 114
 115 <% $probe_comp_content %>
 116
 117
 118 <&
 119    /util/import_javascript.mas,
 120    classes => 'CXGN.Effects'
 121 &>