mason/genomes/Solanum_lycopersicum.mas

   1 <%args>
   2 $organism
   3 </%args>
   4 <& /page/page_title.mas, title => 'International Tomato Genome Sequencing Project' &>
   5
   6 <div style="padding-left: 7px; margin-bottom: 2em">
   7
   8   <p> <& /genomes/Solanum_lycopersicum/project_background.mas &> </p>
   9
  10   <p> Please note that all data is released under the data access agreement below. </p>
  11
  12   <img style="display: block" src="/documents/img/tomato_varieties_720x.jpg" border="0" width="720" />
  13
  14 </div>
  15
  16 <&| /page/info_section.mas, title => 'Data access agreement' &>
  17   <& /genomes/Solanum_lycopersicum/disclaimer.mas &>
  18 </&>
  19
  20 <&| /page/info_section.mas,
  21       title       => 'Official annotation',
  22       subtitle    => 'browse genome contigs and official annotations',
  23       collapsible => 1
  24  &>
  25
  26   <table class="indentedcontent" style="margin: 0 10px 10px 10px">
  27       <tr>
  28
  29         <td>The official annotation for the tomato genome is provided
  30
  31             by the <a href="http://www.ab.wur.nl/TomatoWiki">International
  32             Tomato Annotation Group (ITAG)</a>, a multinational
  33             consortium, funded in part by the
  34             <a href="http://www.eu-sol.net">EU-SOL project</a>.
  35         </td>
  36         <td><a class="footer" href="http://www.eu-sol.net"><img src="/img/eusol_logo_small.jpg" border="0" /></a></td>
  37       </tr>
  38    </table>
  39
  40    <& /genomes/Solanum_lycopersicum/itag_releases.mas &>
  41
  42 </&>
  43
  44 <&| /page/info_section.mas, title => 'Tomato genome sequence builds', collapsible => 1 &>
  45   <& /genomes/Solanum_lycopersicum/wgs_builds_table.mas &>
  46 </&>
  47
  48 <&| /page/info_section.mas, title => 'Clone sequences', collapsible => 1 &>
  49   <ul>
  50   <li><a href="/organism/Solanum_lycopersicum/clone_sequencing">Clone sequencing home</a></li>
  51   <li><a href="/search/direct_search.pl?search=bacs">Search BACS</a></li>
  52   </ul>
  53 </&>
  54
  55 <&| /page/info_section.mas, title => 'Other tomato genome pages on SGN', collapsible => 1 &>
  56   <ul>
  57   <li><a href="/about/tomato_project_overview.pl">Tomato Project Details</a></li>
  58   <li><a href="/sequencing/tpf.pl">View chromosome tiling path (TPF) files</a></li>
  59   <li><a href="/sequencing/agp.pl">View chromosome assembly (AGP) files</a></li>
  60   <li><a href="ftp://ftp.sgn.cornell.edu/genomes/Solanum_lycopersicum/">Tomato genome FTP</a></li>
  61   <li><a href="http://docs.google.com/View?docid=dggs4r6k_1dd5p56">Tomato Sequencing and Bioinformatics Guidelines</a> (Google doc)</li>
  62   </ul>
  63 </&>
  64
  65 <&| /page/info_section.mas, title => 'Tomato sequencing tools elsewhere on the web', collapsible => 1 &>
  66   <ul>
  67   <li><a href="http://tgrc.ucdavis.edu/Data/Acc/AccDetail.aspx?AccessionNum=LA4345">Heinz 1706 order link at TGRC</a> (the variety used in tomato genome sequencing project)</li>
  68   <li><a href="http://tomato.cribi.unipd.it/files/bepindex.html">BAC Extension Tool</a> at the University of Padua, Italy.</li>
  69   <li><a href="http://www.genome.arizona.edu/fpc/tomato/">Tomato FPC pages</a> at University of Arizona, USA.</li>
  70   <li>Sanger FTP site with <a href="ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/tomato/map/">MboI BAC library FPC build</a></li>
  71   <li><a href="http://tomato.genetics.ac.cn/TomatoFPC/">FPC builds</a> produced at the Chinese Academy of Sciences.</li>
  72   <li><a href="http://www.sanger.ac.uk/Software/">Software links at Sanger</a></li>
  73   <li>The <a href="http://biosrv.cab.unina.it">Tomato Genome Annotation pages</a> at the <a href="http://cab.unina.it">computational biology group</a> of the <a href="http://www.unina.it">University of Naples</a>, Italy.</li>
  74   <li><a href="http://www.mitochondrialgenome.org">Tomato mitochondrial genome resource</a></li>
  75   <li><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=149384932">Tomato chloroplast sequence (Genbank)</a></li>
  76
  77   </ul>
  78 </&>
  79
  80 <&| /page/info_section.mas, title => 'Publications' &>
  81   <a href="/genomes/Solanum_lycopersicum/publications.pl">List of tomato genome publications</a>
  82 </&>
  83
  84 <%once>
  85
  86 sub cview_map_links {
  87     my ($dbh) = @_;
  88     my $map_factory = CXGN::Cview::MapFactory->new($dbh);
  89     my %maps = ( c9  => 'clones anchored in FPC contigs from Sanger 2006 FPC build (Tomato HindIII and MboI libraries)',
  90                  p9  => 'clones anchored with overgo, computational, or manual methods',
  91                  13  => 'clones anchored with FISH',
  92                  agp => 'clones anchored in manually-curated final chromosome assemblies',
  93                 );
  94     my @links;
  95     foreach my $mid (sort keys %maps) {
  96         if( my $mvid = CXGN::Cview::Map::Tools::find_current_version($dbh, $mid) ) {
  97             if( my $m = $map_factory->create({map_version_id => $mvid}) ) {
  98                 my $sn = $m->get_short_name;
  99                 push @links, qq|<a href="/cview/map.pl?map_id=$mid">$sn</a> &ndash; $maps{$mid}|;
 100             }
 101             else {
 102                 warn "no map found with map_version_id $mvid, link will not be displayed";
 103             }
 104         }
 105         else {
 106             warn "no map_version_id found for map_id $mid, link will not be displayed";
 107         }
 108     }
 109
 110     return @links;
 111 }
 112
 113 </%once>