mason/util/organism_tree.mas

   1 <%doc>
   2 =head1 NAME
   3
   4 organism_tree.mas - mason component for printing organism phylo trees
   5
   6 =head1 DESCRIPTION
   7
   8 Queries the database for web_visible (see chado: organismprop table ) sgn organisms, and buids a species tree from the phylonode table  using the L<CXGN::Phylo::Tree> framework
   9
  10 =head1 AUTHOR
  11
  12 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  13
  14 =cut
  15
  16
  17 </%doc>
  18
  19
  20 <%args>
  21
  22 $schema
  23 $root
  24 $species_hashref
  25 $uri_dir
  26 $tmp_dir
  27 $image_only => 0
  28
  29 </%args>
  30
  31 <%perl>
  32
  33 use CXGN::Phylo::OrganismTree;
  34 use CXGN::Tools::WebImageCache;
  35
  36 my $cache = CXGN::Tools::WebImageCache->new();
  37 $cache->set_temp_dir($uri_dir);
  38 $cache->set_basedir($tmp_dir);
  39
  40 my $file_key_name = $root . "-" . (join '-', keys %$species_hashref);
  41 $cache->set_key($file_key_name);
  42 $cache->set_expiration_time(86400);
  43 my $map_name= $root . "_map";
  44
  45 $cache->set_map_name($map_name);
  46
  47 my $newick_file  = $tmp_dir . "/" . $uri_dir . "/" . $root . ".newick";
  48
  49 if ( !$cache->is_valid() ) {
  50
  51   my $tree = CXGN::Phylo::OrganismTree->new($schema);
  52   my $newick_string = $tree->build_tree($root, $species_hashref);
  53
  54   open(my $FH, ">$newick_file" ) or die $! . "cannot open file $newick_file for writing! \n\n";
  55   print $FH $newick_string;
  56   close $FH;
  57   my $image_map = $tree->get_renderer()->get_html_image_map($map_name);
  58   my $image_png = $tree->render_png(undef, 1);
  59
  60   $cache->set_image_data($image_png);
  61   $cache->set_image_map_data($image_map);
  62 }
  63
  64 my $image_html= $cache->get_image_html();
  65
  66 open( my $MF, "<$newick_file" );
  67 my $tree_string = "";
  68 $tree_string .= $_ while <$MF>;
  69 close($MF);
  70
  71 if ($image_only) { print $image_html; return; }
  72 </%perl>
  73
  74
  75 <&| /page/info_section.mas,
  76   title         => $root,
  77   subtitle      => 'click on organism name to see more details ',
  78   empty_message => 'Tree not available',
  79   collapsible   =>1,
  80   collapsed  =>0
  81   &>
  82
  83   <form action="/tools/tree_browser/" method="post"><input type="hidden" name="tree_string" value=" <% $tree_string %> "><input type="submit" value="show in treebrowser" /></form>
  84  <% $image_html %>
  85
  86 </&>
  87
  88