mason/stock/index.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /stock/index.mas - a page for displaying stock details (e.g. accession, population, etc.)
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 parameters:
  10
  11 =over 1
  12
  13 =item $stockref
  14
  15 a hashref with all the parameters needed for printing the stock page!
  16
  17  $stockref->{stock_id}
  18  $stockref->{stock}
  19  $stockref->{schema}
  20  $stockref->{uniquename}
  21  $stockref->{curator}  (boolean)
  22  $stockref->{submitter} (boolean)
  23  $stockref->{is_owner} (boolean)
  24  $stockref->{props} (hash of arrayrefs of stockprops. Keys = prop name, value = prop value)
  25  locus_add_uri
  26  locus_autocomplete_uri
  27
  28 =back
  29
  30 =head1 AUTHOR
  31
  32 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  33
  34 =cut
  35
  36 </%doc>
  37
  38 <%args>
  39
  40 $stockref => undef
  41 $locus_add_uri
  42 $locus_autocomplete_uri => ''
  43
  44 </%args>
  45
  46
  47 <%perl>
  48
  49 use Bio::Chado::Schema;
  50 use CXGN::Chado::Stock;
  51 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw / html_optional_show info_table_html /;
  52 use CXGN::People::Person;
  53
  54 my $stock = $stockref->{stock};
  55 my $stock_id = $stockref->{stock_id};
  56 my $action = $stockref->{action} || 'view';
  57 my $person_id = $stockref->{sp_person_id};
  58 my $curator = $stockref->{curator};
  59 my $submitter = $stockref->{submitter};
  60 my $sequencer = $stockref->{sequencer};
  61
  62 my $schema = $stockref->{schema};
  63 my $dbh = $stockref->{dbh};
  64
  65 my $stockprop_cv = $schema->resultset("Cv::Cv")->search( {
  66  'me.name' => 'stock_property'} );
  67
  68
  69 my $type_name;
  70 my $type = $stock->get_object_row()->type();
  71 $type_name  = $type->name() if $type;
  72
  73 #################
  74 my $is_owner = $stockref->{is_owner};
  75
  76 my $this_page = "/stock/view/id/$stock_id";
  77
  78 my $add_image_link = qq|<a href="/image/add?type_id=$stock_id&action=new&type=stock&refering_page=/stock/view/id/$stock_id">[Add new image]</a>|;
  79 my $image_ids =  $stockref->{props}->{'sgn image_id'} || [] ;
  80 my $stockprops = $stockref->{props};
  81
  82 my $metadata = ['variety', 'donor', 'donor institute', 'country', 'state' , 'adaptation' , 'notes'];
  83
  84 my $pedigree= ['pedigree', 'male parent', 'female parent'];
  85 my $experiment = ['experiment','year', 'location', 'replicate'];
  86 my $resources = ['solcap number' , 'synonym'];
  87
  88 my $alleles = $stockref->{props}->{'sgn allele_id'} || [] ;
  89 my $allele_div = "stock_alleles";
  90 my $new_locus_link ;#= qq|<a href="<">[associate new locus]</a> |;
  91
  92 #owner
  93 my $owners = $stockref->{owners};
  94 my $editor_link;
  95 foreach my $o_id (@$owners) {
  96   my $person = CXGN::People::Person->new($dbh, $o_id);
  97   my $first_name = $person->get_first_name;
  98   my $last_name = $person->get_last_name;
  99   $editor_link .= qq|<a href="/solpeople/personal-info.pl?sp_person_id=$o_id">$first_name $last_name</a> |;
 100 }
 101
 102 my $dbxrefs = $stockref->{dbxrefs};
 103 my $new_pub_link = $curator || $submitter || $sequencer  ?   qq|<a href="/chado/add_publication.pl?type=stock&amp;type_id=$stock_id&amp;refering_page=$this_page&amp;action=new"> [Associate publication] </a>| : qq|<span class=\"ghosted\">[Associate publication]</span>| ;
 104
 105 my $pubmeds = $dbxrefs->{PMID} || [];
 106 my $pub_count = scalar( @$pubmeds );
 107 #tgrc (stock_dbxref)
 108 # sp, po, go , PMID, EUSOL, tgrc
 109 </%perl>
 110
 111 <script language="javascript" type="text/javascript">
 112 <!--
 113     var stockPage = new CXGN.Phenome.Stock.StockPage();
 114     stockPage.setStockId( <% $stock_id %> );
 115 -->
 116 </script>
 117
 118 <& /util/import_javascript.mas, classes => ["jquery", "thickbox", "CXGN.Page.FormattingHelpers", "CXGN.Phenome.Stock.StockPage"] &>
 119
 120
 121 <& /page/page_title.mas, title=> ucfirst($type_name)  .  ": " . $stock->get_uniquename()  . "\n" &>
 122
 123
 124 <&| /page/info_section.mas, title=>"Stock details" , subtitle => "<a href=/stock/search/>Back to stock search</a>"  &>
 125
 126   <& /page/form.mas, object_type=>'stock', object_id=>"$stock_id", form_name=> 'stock_form', server_side_script => '/phenome/stock/stock_ajax_form.pl', form_div_name=>'stock_details', js_object_name=> 'stockForm', page_url => '/stock/view/id' , alternate_new_button => '<a href ="/stock/view/new">[New]</a>' &>
 127
 128 <div><b>Stock editors: </b> <% $editor_link %></div>
 129 <br />
 130
 131    <&| /page/info_section.mas, title => "Synonyms" , is_subsection => 1 &>
 132       <& /stock/stockprops.mas, props=> $stockprops , subset=> $resources  &>
 133 </&>
 134
 135 <&| /page/info_section.mas, title => "Pedigree data" , collapsible=> 1, is_subsection => 1 &>
 136       <& /stock/stockprops.mas, props=> $stockprops, subset=> $pedigree  &>
 137 </&>
 138
 139
 140     <&| /page/info_section.mas, title => "Additional information" , collapsible=> 1, is_subsection => 1 &>
 141       <& /stock/stockprops.mas, props=> $stockprops, subset=> $metadata  &>
 142 </&>
 143
 144
 145 </&>
 146
 147
 148 <&| /page/info_section.mas, title => "Associated loci" , subtitle => $new_locus_link, collapsible=> 1 &>
 149 <div id = "$allele_div">
 150       <& /phenome/linked_alleles.mas, alleles=> $alleles , dbh=> $dbh, div=> $allele_div  &>
 151 </div>
 152
 153 <& /phenome/associate_locus.mas, object_id => $stock_id , type => "stock", locus_add_uri=> $locus_add_uri,  locus_autocomplete_uri => $ locus_autocomplete_uri &>
 154 </&>
 155
 156
 157 <&| /page/info_section.mas, title => "Experimental data" , collapsible=> 1, is_subsection => 0 &>
 158       <& /stock/stockprops.mas, props=> $stockprops, subset=> $experiment  &>
 159 </&>
 160
 161 % if($is_owner) {
 162 <&| /page/info_section.mas, title=>"Stock history", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 163
 164 </&>
 165
 166 % }
 167
 168 % if ($type) {
 169 <&| /page/info_section.mas, title=>"Related stocks" , collapsible=>1, collapsed=>0 &>
 170   <& /stock/related_stocks.mas, stock => $stock->get_object_row &>
 171
 172 </&>
 173
 174 % }
 175
 176
 177 <&| /page/info_section.mas, title=>"images (" .  scalar(@$image_ids)  . ")", subtitle => "$add_image_link", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 178   <& /image/print_images.mas , images=>$image_ids , dbh=>$dbh &>
 179
 180 </&>
 181
 182
 183 <&| /page/info_section.mas, title=>"Literature annotation ($pub_count)" , subtitle=>$new_pub_link, id=>"publications" , collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 184
 185 % my $pub_count = 0;
 186 % foreach my $pub_id ( @ { $dbxrefs->{PMID} } ) {
 187 %  #if the dbxref is not obsolete
 188 %   my $pub = CXGN::Chado::Publication->new($dbh, $pub_id );
 189   <& /chado/publication.mas, pub=>$pub, count=>$pub_count++, db=>'PMID', accession=>$pub->get_accession() &>
 190     <br >
 191 % }
 192
 193 </&>
 194
 195 <&| /page/info_section.mas, title=>"Ontology annotation" &>
 196
 197 </&>
 198
 199 <&| /page/info_section.mas, title=>"Phenotype data " &>
 200
 201 </&>
 202
 203 <&| /page/info_section.mas, title=>"Genotype data " &>
 204
 205 </&>
 206
 207
 208 <&| /page/info_section.mas, title=>"dbxrefs" &>
 209 % foreach my $d (keys %$dbxrefs) {
 210 %  foreach my $item ( @{ $dbxrefs->{$d} } ) {
 211 %   print "$d: " . $item . "\n" ;
 212 %  }
 213 %}
 214
 215 </&>
 216
 217
 218
 219 <& /page/comments.mas, object_type=>'stock', object_id=>$stock_id, referer=>$this_page &>