t/DrawContigAlign/ContigAlign.t

   1 use Test::More tests => 11;
   2
   3 use CXGN::Transcript::DrawContigAlign::ContigAlign;
   4 use constant ContigAlign => 'CXGN::Transcript::DrawContigAlign::ContigAlign';
   5
   6 my $contigAlign = ContigAlign->new('foo', 'bar', 'baz', 1, 3060, 50, 40, 1);
   7 is($contigAlign->sourceID, 'foo', 'ContigAlign sourceID');
   8 is($contigAlign->sequenceID, 'bar', 'ContigAlign sequenceID');
   9 is($contigAlign->strand, 'baz', 'ContigAlign strand');
  10 is($contigAlign->startLoc, 1, 'ContigAlign startLoc');
  11 is($contigAlign->endLoc, 3060, 'ContigAlign endLoc');
  12 is($contigAlign->startTrim, 50, 'ContigAlign startTrim');
  13 is($contigAlign->endTrim, 40, 'ContigAlign endTrim');
  14 is($contigAlign->start, 51, 'ContigAlign start');
  15 is($contigAlign->end, 3020, 'ContigAlign end');
  16 ok($contigAlign->highlight, 'ContigAlign highlight');
  17
  18 my$contigAlign2 = ContigAlign->new('foo2', 'bar2', 'baz2', 1000, 9000, 2, 3, 0);
  19 is($contigAlign->compare($contigAlign2), (50+1)-(1000+2), 'ContigAlign comparison');