t/phenome/qtl_analysis.t

   1
   2 =head1 NAME
   3
   4 qtl_analysis.t - tests for cgi-bin/phenome/qtl_analysis.pl. This page takes 2 - 4 min to run R computations.
   5
   6 =head1 DESCRIPTION
   7
   8 Tests for cgi-bin/phenome/qtl_analysis.pl
   9
  10
  11 =cut
  12
  13 use strict;
  14 use warnings;
  15 use Test::More;
  16 use lib 't/lib';
  17 use SGN::Test::WWW::Mechanize;
  18
  19 {
  20     my $mech = SGN::Test::WWW::Mechanize->new;
  21
  22     $mech->get_ok(
  23         '/phenome/qtl_analysis.pl?population_id=12&cvterm_id=39945',
  24         ' got a qtl_analysis.pl page. (In case of failure, try to run it again. Takes 2 - 4 min to run R computations)' );
  25
  26     $mech->content_contains($_)
  27       for (
  28         'Population Details',
  29         'QTLs',
  30         'Phenotype Frequency Distribution',
  31         'Phenotype Data',
  32         'Literature Annotation',
  33         'User comments',
  34       );
  35
  36
  37
  38     my @qtl_images = $mech->find_all_images(alt_regex => qr/chromosome/i );
  39     cmp_ok( scalar(@qtl_images), '>=', 12, 'got 12 or more qtl map images' );
  40
  41    $mech->content_contains( 'lines', 'frequency distribution plot generated');
  42    $mech->content_contains( 'Trait data', 'Phenotype data table generated');
  43    $mech->content_contains( 'Abstract', 'abstract content');
  44    $mech->content_contains( 'QTL genotype probability method',  'Legend for QTL map: key');
  45    $mech->content_contains( 'Based on 95%',  'Legend for QTL map: value');
  46    $mech->content_contains( 'Abstract', 'abstract content for qtl pub');
  47    $mech->content_contains( 'Standard deviation', 'descriptive statistics for trait phenotype data');
  48
  49
  50    my $phenotype_download_link =
  51       $mech->find_link( text_regex => qr/phenotype data/i );
  52     ok( $phenotype_download_link, 'got a phenotype data download link' );
  53
  54     $mech->links_ok( $phenotype_download_link->url,
  55         'phenotype data download link works' );
  56
  57     cmp_ok( length( $mech->content ),
  58         '>=', 1000,
  59         'got at least 1KB of data from the phenotype data download' );
  60
  61     my $genotype_download_link =
  62       $mech->find_link( text_regex => qr/genotype data/i );
  63
  64     ok( $genotype_download_link, 'got a genotype data  download link' );
  65
  66     $mech->links_ok($genotype_download_link->url,
  67         'genotype data download link works' );
  68
  69     cmp_ok( length( $mech->content ),
  70         '>=', 1000,
  71         'got at least 1KB of data from the genotype data download' );
  72
  73 }
  74
  75 done_testing;