mason/publication/index.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /publication/index.mas - a page for displaying SGN publication details
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 parameters:
  10
  11 =over 1
  12
  13 =item $pubref
  14
  15 a hashref with all the parameters needed for printing the publication page!
  16
  17  $pubref->{pub_id}
  18  $pubref->{pub}
  19  $pubref->{schema}
  20
  21  $pubref->{curator}  (boolean)
  22  $pubref->{submitter} (boolean)
  23  $pubref->{is_owner} (boolean)
  24
  25
  26 =back
  27
  28 =head1 AUTHOR
  29
  30 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  31
  32 =cut
  33
  34 </%doc>
  35
  36
  37 <%args>
  38   $pubref => undef
  39
  40 </%args>
  41
  42
  43 <%perl>
  44
  45 my $pub       = $pubref->{pub};
  46 my $pub_id    = $pubref->{pub_id};
  47 my $action    = $pubref->{action} || 'view';
  48 my $person_id = $pubref->{person_id};
  49 my $curator   = $pubref->{curator};
  50 my $submitter = $pubref->{submitter};
  51 my $sequencer = $pubref->{sequencer};
  52 my $doi       = $pubref->{doi};
  53
  54 my $dbh       = $pubref->{dbh};
  55 my @xrefs     = $pub->get_dbxrefs;
  56 my $dbxrefs_html;
  57 foreach my $d(@xrefs) {
  58         my $db = $d->get_db_name();
  59         if ($db  ne 'SGN_ref') {
  60             my $url = $d->get_urlprefix() . $d->get_url() . $d->get_accession();
  61             $dbxrefs_html .=  qq| <a href= "$url" >| . "$db:" . $d->get_accession() . "</a>";
  62         }
  63     }
  64
  65 my @loci = $pub->get_loci;
  66 my $loci_link;
  67 foreach my $locus(@loci)  {
  68         my $locus_id = $locus->get_locus_id();
  69         my $locus_symbol= $locus->get_locus_symbol();
  70         my $cname=$locus->get_common_name();
  71         $loci_link .= qq|<a href="/locus/$locus_id/view">$cname '$locus_symbol'</a><br />| if $locus->get_obsolete() eq 'f';
  72     }
  73
  74 my $this_page = "/publication/$pub_id/view/";
  75 if ($doi) { $this_page = "/doi/pub/$doi/"; }
  76 my $pub_title = $pub->get_title;
  77
  78
  79 </%perl>
  80
  81
  82 <& /util/import_javascript.mas, classes => ["jquery","jqueryui", "CXGN.Phenome.Tools" ] &>
  83
  84
  85 <& /page/page_title.mas, title=> $pub_title  || 'New publication' &>
  86
  87
  88 <&| /page/info_section.mas, title=>"Publication details"  &>
  89
  90
  91 <& /page/form.mas,
  92     object_type          => 'publication',
  93     object_id            => "$pub_id",
  94     form_name            => 'pub_form',
  95     server_side_script   => '/jsforms/pub_ajax_form.pl',
  96     form_div_name        => 'pub_details',
  97     js_object_name       => 'pubForm',
  98     page_url             => "$this_page",
  99     alternate_new_button => '<a href ="/publication/0/new">[New]</a>'
 100     &>
 101
 102
 103 </&>
 104
 105
 106 % if ($pub_id) {
 107
 108 <&| /page/info_section.mas, title=>"External resources",
 109   collapsible=>1, collapsed=>1
 110   &>
 111   <% $dbxrefs_html %>
 112
 113 </&>
 114
 115 <&| /page/info_section.mas, title=>"Associated loci (" .  scalar(@loci)  . ")", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 116   <% $loci_link %>
 117
 118 </&>
 119
 120
 121
 122
 123 <& /page/comments.mas, object_type=>'publication', object_id=>$pub_id, referer=>$this_page &>
 124
 125
 126 % }