features/gbrowse2/conf/templates/GBrowse.conf.mas

   1 # This is the global configuration for gbrowse
   2 # It contains setting common to all data sources as well
   3 # as the various constants formerly scattered amongst scripts and libraries
   4
   5 [GENERAL]
   6 config_base            = <% $feature->conf_dir   %>
   7 htdocs_base            = <% $feature->static_dir %>
   8 url_base               = <% $feature->static_url %>
   9 db_base                = <% $feature->conf_dir   %>
  10 tmp_base               = <% $feature->tmp_dir    %>
  11
  12 # These paths are relative to the url base
  13 buttons       = images/buttons
  14 balloons      = images/balloons
  15 openid        = images/openid
  16 gbrowse_help  = .
  17 js            = js
  18
  19 # These paths are relative to the config base
  20 plugin_path    = plugins
  21 language_path  = languages
  22 templates_path = templates
  23 moby_path      = MobyServices
  24
  25 # session settings
  26 session lock type = default
  27
  28 # If no session driver is set, then GBrowse will pick one for you.
  29 # It will use db_file for the driver and storable for the serializer
  30 # if available; otherwise falling back to the file driver and default serializer.
  31
  32 # Override driver guessing by setting these options
  33 # The safest, but slowest session driver...
  34 #session driver    = driver:file;serializer:default
  35 #session args      = Directory <% $feature->tmp_dir->subdir('sessions') %>
  36
  37 # to use the berkeley DB driver comment out the previous
  38 # line and uncomment these two
  39 #session driver = driver:db_file;serializer:default
  40 #session args   = FileName <% $feature->tmp_dir->file('sessions.db') %>
  41
  42 # DBI backend to use for uploaded userdata.
  43 # The SQLite option is better tested
  44 # if this option is commented out, then GBrowse will
  45 # try 'DBI::SQLite', 'berkeleydb', 'DBI::mysql' and finally the 'memory'
  46 # backend. For the DBI::mysql adaptor to work, you must give the web user
  47 # permission to create databases named userdata_% using the following
  48 # mysql command:
  49 #    mysql> grant create on `userdata\_%`.* to 'www-data'@localhost;
  50 # note the backquotes around the database name.
  51
  52 # for SQLite
  53 #userdb_adaptor = DBI::SQLite
  54
  55 # for Berkeleydb
  56 #userdb_adaptor = berkeleydb
  57
  58 # for mysql
  59 #userdb_adaptor = DBI::mysql
  60 #userdb_host    = localhost
  61 #userdb_user    = www-data
  62 #userdb_pass    =
  63
  64 # Debug settings
  65 debug                  = 0
  66 debug_external         = 0
  67 debug_plugins          = 0
  68
  69 # Performance settings
  70 renderfarm             = 1
  71 slave_timeout          = 45
  72 global_timeout         = 60
  73
  74 # Clean up settings (used by the gbrowse_clean script)
  75 expire session  = 1M  # expire unused sessions after a month
  76 expire cache    = 2h  # expire cached data if unmodified for >2 hours
  77 expire uploads  = 6w  # expire uploaded data if unused for >6 weeks
  78
  79 # Appearance settings
  80 truecolor     =  1   # better appearance at the expense of larger image files
  81
  82 # The #include line following this one defines a transparent theme.
  83 # Replace "transparent_colors" with "solid_gray_colors"
  84 # or "warm_colors" for different themes.
  85
  86 #include "themes/sgn"
  87
  88 balloon tips        = 1
  89 titles are balloons = 1
  90 plugins             = FastaDumper RestrictionAnnotator SequenceDumper TrackDumper
  91 overview grid       = 0
  92 region grid         = 0
  93 detail grid         = 1
  94 image widths        = 450 640 800 1024
  95 default width       = 800
  96 pad_left            = 30
  97 pad_right           = 30
  98 too many landmarks  = 100
  99
 100 # where to link to when user clicks in detailed view
 101 link          = AUTO
 102
 103 # HTML to insert inside the <head></head> section
 104 head   = sub{ require LWP::Simple; LWP::Simple::get("http://$ENV{HTTP_HOST}/bare_mason/site/header/head") }
 105
 106 # At the top of the HTML...
 107 header = sub{ require LWP::Simple; LWP::Simple::get("http://$ENV{HTTP_HOST}/bare_mason/site/header/body") }
 108
 109 # At the footer
 110 footer = sub{ require LWP::Simple; LWP::Simple::get("http://$ENV{HTTP_HOST}/bare_mason/site/footer/body") }
 111
 112 # Various places where you can insert your own HTML -- see configuration docs
 113 html1 =
 114 html2 =
 115 html3 =
 116 html4 =
 117 html5 =
 118 html6 =
 119
 120 # Limits on genomic regions (can be overridden in datasource config files)
 121 region segment         = 200000
 122 max segment            = 5000000
 123 default segment        = 5000
 124 zoom levels            = 100 200 1000 2000 5000 10000 20000 50000 100000 200000 5000000 1000000
 125 region sizes           = 1000 5000 10000 20000
 126 default region         = 5000
 127 fine zoom              = 10%
 128
 129 # keyword search maxima
 130 max keyword results    = 1000
 131
 132 ####### User Account Registration Database ######
 133 # If "user accounts" is true, then we will try to use
 134 # a user registration database
 135 user accounts          = 0
 136
 137 # Path to the database -- you will need to create this database and grant all
 138 # privileges on it to the indicated user.
 139 #user_account_db        = /usr/share/gbrowse/example_data/users.sqlite
 140
 141 # What email gateway to use for outgoing registration confirmation messages.
 142 # The full format is
 143 #      <smtp.server.com>:<port>:<encryption>:<username>:<password>
 144 # Only the first field, the server name, is required.
 145 #    The port is assumed to be 25 unless ssl encryption is specified, in
 146 #               which case it defaults to 465.
 147 #    protocol is either "plain" or "ssl", "plain" assumed.
 148 #    username and password may be required by the gateway for authentication
 149 #smtp_gateway           = smtp.gmail.com:465:ssl:authorized_user:authorized_password
 150
 151 # These values are used in the login confirmation message sent during
 152 # user registration. You may customize
 153 application_name       = GBrowse
 154 application_name_long  = GBrowse on SGN
 155 email_address          = noreply@gmod.org
 156
 157 # name of the "superuser" who can add public tracks
 158 #admin_account          = admin
 159 #admin_dbs              = /etc/cxgn/SGN/gbrowse/admin_uploads
 160
 161
 162 ###############################################################################################
 163 #
 164 # One stanza for each configured data source
 165 #
 166 ###############################################################################################
 167
 168 default source = ITAG1_genomic
 169
 170 [ITAG1_genomic]
 171 path          = ITAG1_genomic.conf
 172 description   = ITAG1 Release: genomic annotations
 173 extended_description = Tomato release 1 annotations on genomic sequences by the International Tomato Annotation Group (ITAG).
 174
 175 [ITAG1_protein]
 176 path          = ITAG1_protein.conf
 177 description   = ITAG1 Release: protein annotations
 178 extended_description = Tomato release 1 annotations on protein sequences by the International Tomato Annotation Group (ITAG).
 179
 180 [ITAG_devel_genomic]
 181 path          = ITAG_devel_genomic.conf
 182 description   = ITAG_devel snapshot: BAC-based genomic annotations
 183 extended_description = Annotations on BAC-based genomic sequences by the International Tomato Annotation Group (ITAG).
 184
 185 [ITAG_devel_protein]
 186 path          = ITAG_devel_protein.conf
 187 description   = ITAG_devel snapshot: BAC-based protein annotations
 188 extended_description = Annotations on protein sequences by the International Tomato Annotation Group (ITAG).
 189
 190 [tomato_bacs]
 191 path         = tomato_bacs.conf
 192 description  = Tomato Preliminary BAC Annotations (SGN)
 193 extended_description = Preliminary automatic annotations on tomato BACs, no manual validation.
 194
 195 [fpc_tomato_sgn_2009]
 196 path         = fpc_tomato_sgn_2009.conf
 197 description  = Tomato FPC (SGN 2009)
 198 restrict_xrefs = sub { my ($q) = @_; my $r = ref $q; return $r && $r eq 'HASH' || $q =~ /^(SGN-M|LE|SL|C\d\d)/  }
 199 extended_description = <p>This map shows the contig positions of the SGN2009 physical map constructed at the Arizona Genome Institute in late 2009. The marker positions shown are from the latest <a href="/cview/map.pl?map_id=9">EXPEN2000 map</a>.</p>  <p>This physical map contains clones from the HindIII, EcoRI, MboI and sheared BAC library.</p>
 200
 201 [sanger_tomato_fpc]
 202 path         = sanger_tomato_fpc.conf
 203 description  = Tomato FPC (Sanger 2006)
 204 extended_description = Tomato fingerprint contigs, 2006 build (from the Sanger Centre).
 205 restrict_xrefs = sub { my ($q) = @_; my $r = ref $q; return $r && $r eq 'HASH' || $q =~ /^(SGN-M|LE|SL|C\d\d)/  }
 206
 207 # [yeast]
 208 # description = Test
 209 # path = yeast_simple.conf
 210