mason/breeders_toolbox/download.mas

   1 <%args>
   2
   3 </%args>
   4
   5 <& /util/import_javascript.mas, classes => [ 'jqueryui', 'jquery.cookie', 'CXGN.BreederSearch', 'CXGN.List', 'CXGN.BreedersToolbox.HTMLSelect', 'spin_min', 'ladda_min' ] &>
   6
   7 <& /page/page_title.mas, title=>"Download Using Lists" &>
   8
   9 <div class="container-fluid">
  10
  11 <div class="well">
  12 Choose a list for each parameter and click "Download".
  13 </div>
  14
  15 <div class="well well-sm">
  16 <form id="download_form" action="/breeders/download_action" method="POST" >
  17 <table class="table" cellpadding="10" border="0" >
  18   <thead>
  19   <tr><td colspan="4"><h4>Download Phenotype</h4><p>Select parameter:</p></tr>
  20   <tr>
  21     <th>
  22       Accessions
  23     </th>
  24     <th>
  25       Trials
  26     </th>
  27     <th>
  28       Traits
  29     </th>
  30     <th>
  31       Format
  32     </th>
  33     <th>
  34       Timestamps
  35     </th>
  36     <th>
  37       Data Level
  38     </th>
  39     <th>
  40       Action
  41     </th>
  42   </tr>
  43   </thead>
  44   <tbody>
  45   <tr>
  46     <td>
  47       <div id="accession_list">
  48       </div>
  49     </td>
  50     <td>
  51       <div id="trial_list">
  52       </div>
  53     </td>
  54     <td>
  55       <div id="trait_list">
  56       </div>
  57    </td>
  58    <td>
  59 <div class="radio">
  60  <label><input type="radio" id="format" name="format" value=".csv" checked>.csv</label>
  61 </div>
  62 <div class="radio">
  63   <label><input type="radio" id="format" name="format" value=".xls">.xls</label>
  64 </div>
  65 <div class="radio">
  66   <label><input type="radio" id="format" name="format" value="html">html</label>
  67 </div>
  68     </td>
  69     <td>
  70     <select class="form-control" id="timestamp" name="timestamp">
  71         <option value="0">No</option>
  72         <option value="1">Yes</option>
  73     </select>
  74     </td>
  75     <td>
  76     <select class="form-control" id="phenotype_datalevel" name="phenotype_datalevel">
  77         <option value="all">All</option>
  78         <option value="plot">Plot</option>
  79         <option value="plant">Plant</option>
  80     </select>
  81     </td>
  82     <td>
  83       <button class="btn btn-primary" type="button" id="phenotype">Download</button>
  84       <input type="hidden" id="phenotype_download_token" name="phenotype_download_token"/>
  85     </td>
  86   </tr>
  87   </tbody>
  88   </table>
  89 </form>
  90 </div>
  91
  92 <script>
  93 $(document).ready(function() {
  94
  95     var lo = new CXGN.List();
  96
  97     $('#accession_list').html(lo.listSelect('accession_list', [ 'accessions' ], 'select'));
  98     $('#trial_list').html(lo.listSelect('trial_list', [ 'trials' ], 'select' ));
  99     $('#trait_list').html(lo.listSelect('trait_list', [ 'traits' ], 'select'  ));
 100
 101     $('#phenotype').click(function() {
 102
 103       var accession_list_id = $('#accession_list_list_select').val();
 104       var trial_list_id = $('#trial_list_list_select').val();
 105       var trait_list_id = $('#trait_list_list_select').val();
 106
 107       var accession_validation = 1;
 108       if (accession_list_id) { accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true); }
 109
 110       var trial_validation = 1;
 111       if (trial_list_id) { trial_validation = lo.validate(trial_list_id, 'trials', true); }
 112
 113       var trait_validation = 1;
 114       if (trait_list_id) { trait_validation = lo.validate(trait_list_id, 'traits', true); }
 115
 116       var problem_lists = new Array();
 117
 118       if (accession_validation != 1) {
 119         problem_lists.push('accessions');
 120       }
 121       if (trial_validation != 1) {
 122         problem_lists.push('trials');
 123       }
 124       if (trait_validation != 1) {
 125         problem_lists.push('trials');
 126       }
 127
 128       if (problem_lists.length > 0) {
 129          alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 130          return;
 131       }
 132
 133       var ladda = Ladda.create(this);
 134       ladda.start();
 135       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 136       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 137       jQuery('#phenotype_download_token').val(token);
 138       jQuery('#download_form').submit();
 139
 140         });
 141
 142 });
 143
 144 </script>
 145
 146
 147 <!-- start of code for pedigree download -->
 148
 149 <div class="well well-sm">
 150 <form id="download_pedigree" action="/breeders/download_pedigree_action" method="POST">
 151 <table class="table"  cellpadding="10">
 152   <thead>
 153   <tr><td colspan="2"><h4>Download Pedigree </h4><p>Select parameter:</p></tr>
 154   <tr>
 155     <th>
 156       Accessions
 157     </th>
 158     <th>
 159       Format
 160     </th>
 161     <th>
 162       Action
 163     </th>
 164   </tr>
 165   </thead>
 166   <tbody>
 167   <tr>
 168     <td>
 169       <div id="accession_list4">
 170       </div>
 171     </td>
 172     <td>
 173  <div class="radio">
 174   <label><input type="radio" id="ped_format" name="ped_format" value="parents_only" checked>Direct parents only</label>
 175  </div>
 176  <div class="radio">
 177    <label><input type="radio" id="ped_format" name="ped_format" value="full">Full pedigrees</label>
 178  </div>
 179      </td>
 180     <td>
 181       <button class="btn btn-primary" type="button" id="pedigree">Download</button>
 182       <input type="hidden" id="pedigree_download_token" name="pedigree_download_token"/>
 183     </td>
 184   </tr>
 185   </tbody>
 186   </table>
 187 </form>
 188 </div>
 189
 190
 191 <script>
 192 $(document).ready(function() {
 193
 194     var lo = new CXGN.List();
 195
 196     $('#accession_list4').html(lo.listSelect('pedigree_accession_list', [ 'accessions' ], 'select'));
 197
 198     $('#pedigree').click(function() {
 199
 200         var accession_list_id = $('#pedigree_accession_list_list_select').val();
 201         if (!accession_list_id) {
 202             alert("You need to select an accession list!");
 203             return;
 204         }
 205
 206         var accession_validation = 1;
 207         if (accession_list_id) {
 208             accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 209
 210         }
 211
 212         if (accession_validation != 1) {
 213             alert("The accession list did not pass validation. Please correct the list and try again");
 214             return;
 215         }
 216
 217         var ladda = Ladda.create(this);
 218         ladda.start();
 219         var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 220         manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 221         jQuery('#pedigree_download_token').val(token);
 222         jQuery('#download_pedigree').submit();
 223
 224     });
 225 });
 226
 227 </script>
 228
 229 <!-- end of code for pedigree download -->
 230
 231
 232 <div class="well well-sm">
 233 <form id="download_gbs" action="/breeders/download_gbs_action" method="POST">
 234 <table class="table"  cellpadding="10">
 235   <thead>
 236   <tr><td colspan="2"><h4>Download GBS Genotype </h4><p>Select parameter:</p></tr>
 237   <tr>
 238     <th>
 239       Accessions
 240     </th>
 241     <th>
 242       Genotyping Protocol
 243     </th>
 244     <th>
 245       Action
 246     </th>
 247   </tr>
 248   </thead>
 249   <tbody>
 250   <tr>
 251     <td>
 252       <div id="accession_list2">
 253       </div>
 254     </td>
 255     <td>
 256       <div id="protocol_list">
 257       </div>
 258     </td>
 259     <td>
 260       <button class="btn btn-primary" type="button" id="genotype">Download</button>
 261       <input type="hidden" id="gbs_download_token" name="gbs_download_token"/>
 262     </td>
 263   </tr>
 264   </tbody>
 265   </table>
 266 </form>
 267 </div>
 268
 269 <script>
 270   $(document).ready(function() {
 271
 272       var lo = new CXGN.List();
 273
 274       $('#accession_list2').html(lo.listSelect('genotype_accession_list', [ 'accessions' ], 'select'));
 275       get_select_box("genotyping_protocols", "protocol_list");
 276
 277       $('#genotype').click(function() {
 278
 279       var accession_list_id = $('#genotype_accession_list_list_select').val();
 280       var protocol_list_id = $('#protocol_list').val();
 281
 282       var accession_validation = 1;
 283       if (accession_list_id) {
 284         accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 285       }
 286
 287       if (!( accession_list_id || protocol_list_id) ) {
 288         alert("You need to select a list of accessions and a protocol !");
 289         return;
 290       }
 291
 292       var problem_lists = new Array();
 293
 294       if (accession_validation != 1) {
 295         problem_lists.push('accessions');
 296       }
 297
 298
 299       console.log(problem_lists);
 300
 301       if (problem_lists.length > 0) {
 302         alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 303         return;
 304       }
 305
 306       var ladda = Ladda.create(this);
 307       ladda.start();
 308       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 309       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 310       jQuery('#gbs_download_token').val(token);
 311       jQuery('#download_gbs').submit();
 312
 313     });
 314
 315   });
 316 </script>
 317
 318 <div class="well well-sm">
 319 <form id="gbs_qc" action="/breeders/gbs_qc_action" method="POST">
 320 <table class="table" cellpadding="10">
 321   <thead>
 322   <tr><td colspan="3"><h4>GBS Genotype QC</h4><p>Select parameter:</p></tr>
 323   <tr>
 324     <th>
 325       Trials
 326     </th>
 327     <th>
 328       Accessions
 329     </th>
 330     <th>
 331       Action
 332     </th>
 333   </tr>
 334   </thead>
 335   <tbody>
 336   <tr>
 337     <td>
 338       <div id="trial_list3">
 339       </div>
 340     </td>
 341     <td>
 342       <div id="accession_list3">
 343       </div>
 344     </td>
 345     <td>
 346       <div id="protocol_list2">
 347       </div>
 348     </td>
 349     <td>
 350       <button class="btn btn-primary" type="button" id="genotype_qc">Download</button>
 351       <input type="hidden" id="qc_download_token" name="qc_download_token"/>
 352     </td>
 353   </tr>
 354   </tbody>
 355   </table>
 356 </form>
 357 </div>
 358
 359 </div>
 360
 361 <script>
 362   $(document).ready(function() {
 363
 364       var lo = new CXGN.List();
 365
 366       $('#accession_list3').html(lo.listSelect('genotype_qc_accession_list', [ 'accessions' ], 'select'));
 367       $('#trial_list3').html(lo.listSelect('genotype_trial_list', [ 'trials' ], 'select' ));
 368       get_select_box("genotyping_protocols", "protocol_list2", {'id':'protocol_list2_select', 'name':'protocol_list2_select'});
 369
 370       $('#genotype_qc').click(function() {
 371
 372         $('#working').dialog( {
 373                 height: 100,
 374                 width:  300,
 375                 modal: true,
 376                 autoOpen: false,
 377                 closeOnEscape: true,
 378                 draggable: true,
 379                 resizable: true,
 380                 open: function() { $(this).closest('.ui-dialog').find('.ui-dialog-titlebar-close').hide(); },
 381                 title: 'Downloading genotype...'
 382                 });
 383
 384       var accession_list_id = $('#genotype_qc_accession_list_list_select').val();
 385       var trial_list_id = $('#genotype_trial_list_list_select').val();
 386
 387       var accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 388       var trial_validation = lo.validate(trial_list_id, 'trials', true);
 389
 390       if (! (accession_list_id || trial_list_id) ) {
 391         alert("You need to select an accession or a trail !");
 392         return;
 393       }
 394
 395       var problem_lists = new Array();
 396
 397       if (accession_validation != 1) {
 398         problem_lists.push('accessions');
 399       }
 400
 401       if (trial_validation != 1) {
 402         problem_lists.push('trials');
 403       }
 404
 405
 406       //alert("problem_lists is " + problem_lists);
 407
 408       console.log(problem_lists);
 409
 410       if (problem_lists.length > 0) {
 411         alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 412         return;
 413       }
 414
 415       var ladda = Ladda.create(this);
 416       ladda.start();
 417       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 418       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 419       jQuery('#qc_download_token').val(token);
 420       jQuery('#gbs_qc').submit();
 421
 422     });
 423
 424   });
 425 </script>