mason/chado/cvterm.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /chado/cvterm.mas - a component for printing the cvterm page
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 Parameters:
  10
  11 =over 1
  12
  13 =item cvterm
  14
  15 CXGN::Chado::Cvterm object
  16
  17
  18
  19 =back
  20
  21 =head1 AUTHOR
  22
  23 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  24
  25 =cut
  26
  27 </%doc>
  28
  29 <%args>
  30   $cvterm
  31   $cvtermref
  32 </%args>
  33
  34 <%once>
  35 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/
  36  info_section_html
  37  page_title_html
  38  columnar_table_html
  39 /;
  40 use CXGN::Phenome::Qtl::Tools;
  41 </%once>
  42
  43 <%perl>
  44
  45 my $cvterm_id   = $cvterm->cvterm_id;
  46 my $db_name     = $cvterm->db->name;
  47 my $accession   = $cvterm->accession;
  48 my $cvterm_name = $cvterm->name;
  49 my $definition  = $cvterm->definition;
  50 my $comment     = '' ;#$cvterm->comment;
  51 #$stockref->{props} (hash of arrayrefs of cvtermprops. Keys = prop name, value = prop value)
  52 my $editable_cvterm_props_string = $cvtermref->{editable_cvterm_props};
  53 my @editable_cvterm_props = split "," , $editable_cvterm_props_string;
  54
  55
  56 my $is_obsolete = $cvterm->is_obsolete();
  57 my @synonyms    = $cvterm->synonyms();
  58 my @def_dbxrefs = $cvterm->def_dbxrefs();
  59 my @secondary_dbxrefs = $cvterm->secondary_dbxrefs();
  60 my @image_ids = $cvterm->get_image_ids;
  61
  62 my $curator   = $cvtermref->{curator};
  63 my $submitter = $cvtermref->{submitter};
  64 my $sequencer = $cvtermref->{sequencer};
  65 my $cvtermprops = $cvtermref->{props};
  66
  67
  68 my @def_accessions;
  69 if ( scalar (@def_dbxrefs ) > 0 ) {
  70   # @def_accessions = map( $_->db->name . ":" . $_->accession , @def_dbxrefs);
  71 }
  72
  73 my @secondary_accessions = ();
  74 foreach ( @secondary_dbxrefs) {
  75   my $db_name =       $_->db->name;
  76   my $acc =           $_->accession;
  77   my $urlprefix=      $_->db->urlprefix;
  78   my $url =           $_->db->url;
  79   my $full_acc =      $db_name . ":" . $acc;
  80   my $link = $full_acc;
  81   if ( $url ) {
  82     my $xref_link = $urlprefix . $url . $acc;
  83     $link = qq | <a href="$xref_link">$full_acc</a> |
  84   }
  85   push @secondary_accessions , $link ;
  86 }
  87
  88 my @qtl_pops = CXGN::Phenome::Qtl::Tools->new()->is_from_qtl( $cvterm_id );
  89 my @qtl_data;
  90
  91 if ( @qtl_pops )
  92  {
  93     foreach my $pop (@qtl_pops)
  94     {
  95       my $pop_id   = $pop->get_population_id();
  96       my $name     = $pop->get_name();
  97       my $desc     = $pop->get_description();
  98       my $qtl_link = qq | <a href="/phenome/qtl_analysis.pl?population_id=$pop_id&amp;cvterm_id=$cvterm_id" onClick="Qtl.waitPage()">$name</a> |;
  99       push @qtl_data, [ $qtl_link, $desc ];
 100     }
 101  }
 102
 103 my $this_page = "/cvterm/$cvterm_id/view/";
 104 my $image_subtitle =
 105    " <a href=\"/image/add?type_id=$cvterm_id&type=cvterm&refering_page=$this_page\">[Add image]</a>" ;
 106
 107
 108 my $edit_privs = $curator ;
 109
 110 </%perl>
 111
 112
 113 <& /util/import_javascript.mas, classes => [qw [CXGN.AJAX.Ontology  CXGN.Phenome.Qtl thickbox jquery  jquery.dataTables] ] &>
 114
 115
 116 <script language="javascript">
 117   function recursiveAnnotations( a ) {
 118       jQuery.ajax( { url:      a.url+"?cvterm_id=<% $cvterm_id %>" ,
 119                      dataType: "json",
 120                      success: function(response) {
 121                               //jQuery("#"+a.content_id).html(response.html);
 122                               jQuery("#"+a.count_id).html( response.count + ' ' + a.inflect[ response.count == 1 ? 0 : 1 ]);
 123                        if( response.error )  {
 124                              alert(response.error);
 125                       }
 126                      }
 127                   });
 128   }
 129 </script>
 130
 131
 132 <& /page/page_title.mas, title=> "$accession '$cvterm_name' " &>
 133
 134
 135 <&| /page/info_section.mas, title=>"Cvterm details" &>
 136 <table>
 137 <tr><td>Term id</td><td><b><% $accession %></b></td></tr>
 138 <tr><td>Term name</td><td><b><% $cvterm_name %></b></td></tr>
 139 <tr><td>Term definition</td><td><b><% $definition %></b></td></tr>
 140 <tr><td>Comment</td><td><b><% $comment %></b></td></tr>
 141 </table>
 142
 143 % if ($is_obsolete) {
 144 <b>Obsolete:</b> TRUE <br />
 145 % }
 146
 147 <br /><b>Synoyms</b><br />
 148 % foreach my $synonym (@synonyms) {
 149 <% $synonym %> <br />
 150 % }
 151
 152 <br /><b> Definition dbxrefs</b><br />
 153 % foreach my $da (@def_accessions) {
 154 <% $da %><br />
 155 % }
 156
 157 <br /><b> Related dbxrefs</b><br />
 158 % foreach my $sa (@secondary_accessions) {
 159 <% $sa %><br />
 160 %  }
 161
 162 </&>
 163 <br />
 164
 165
 166 % my $props_subtitle = $edit_privs ? "[<a id=\"cvterm_add_props\" href=\"javascript:cvtermprops_addPropDialog()\">Add...</a>]" : "[Add]";
 167
 168 <&| /page/info_section.mas, title => "Trait Properties" , collapsible=> 1, is_subsection => 1, subtitle=>$props_subtitle &>
 169       <& /chado/cvtermprops.mas,
 170        cv_name    => 'trait_property',
 171        cvterm_id  =>$cvterm_id,
 172        props      => $cvtermprops,
 173         div_name   => 'cvtermprops',
 174         edit_privs => $edit_privs,
 175         subset     => \@editable_cvterm_props,
 176         editable   => \@editable_cvterm_props  &>
 177 </&>
 178
 179 <h4>Add this term to a list</h4>
 180
 181 <div id="cvterm_id" style="display:none" ><% $cvterm_name %>|<% $accession %></div>
 182
 183 <&| /page/info_section.mas, title=>"Add to list", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 184 <div id="paste_to_list">
 185 LOAD...
 186 </div>
 187
 188 </&>
 189 <script>
 190
 191   if (isLoggedIn()) {
 192     addToListMenu('paste_to_list', 'cvterm_id', { listType: 'traits' } );
 193   }
 194   else {
 195     jQuery('#paste_to_list').html("&nbsp;Please log in to use lists.");
 196   }
 197
 198 </script>
 199
 200 <br />
 201
 202
 203 <& /ontology/embedded_browser.mas, cvterm => $cvterm &>
 204
 205
 206
 207 <&| /page/info_section.mas,
 208     title=> "Annotated loci",
 209     subtitle => '',
 210     collapsible => 1,
 211     collapsed   => 1,
 212 &>
 213
 214 <table id="loci_data" class="display">
 215 <thead>
 216   <tr>
 217     <th>Organism</th>
 218     <th>Locus symbol</th>
 219     <th>Locus name</th>
 220   </tr>
 221 </thead>
 222
 223 </table>
 224
 225 <script>
 226
 227   jQuery(document).ready(function () {
 228
 229     jQuery('#loci_data').DataTable( {
 230       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/annotated_loci',
 231      });
 232   });
 233
 234 </script>
 235
 236
 237 </&>
 238
 239
 240
 241 <&| /page/info_section.mas,
 242        title=> "Annotated stocks",
 243        collapsible => 1,
 244        collapsed=>1,
 245        subtitle => '',
 246        hide_if_empty => 1,
 247  &>
 248
 249 <table id="annotated_stocks_data" class="display">
 250 <thead>
 251   <tr>
 252      <th>Type</th>
 253     <th>Stock name</th>
 254     <th>Description</th>
 255   </tr>
 256 </thead>
 257
 258 </table>
 259
 260 <script>
 261
 262   jQuery(document).ready(function () {
 263
 264     jQuery('#annotated_stocks_data').DataTable( {
 265       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/annotated_stocks',
 266      });
 267   });
 268
 269 </script>
 270
 271
 272 </&>
 273
 274
 275
 276 % if ( @qtl_pops )
 277 % {
 278     <&| /page/info_section.mas,
 279         title       => "QTL analysis",
 280         collapsible => 1,
 281    &>
 282      <& /page/columnar_table.mas,
 283         headings     => ["Analyze QTL in population", "Population description"],
 284         data         => \@qtl_data,
 285         __alt_freq   => 2,
 286         __align      =>'l',
 287      &>
 288   </&>
 289 % }
 290
 291
 292
 293 <&| /page/info_section.mas,
 294       title       => "Phenotyped accessions",
 295       collapsible => 1,
 296       collapsed=>1,
 297       subtitle    => '' ,
 298 &>
 299
 300
 301 <table id="phen_stocks_data" class="display">
 302 <thead>
 303   <tr>
 304      <th>Type</th>
 305     <th>Stock name</th>
 306     <th>Description</th>
 307   </tr>
 308 </thead>
 309
 310 </table>
 311
 312 <script>
 313
 314   jQuery(document).ready(function () {
 315
 316     jQuery('#phen_stocks_data').DataTable( {
 317       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/phenotyped_stocks',
 318      });
 319   });
 320
 321 </script>
 322
 323
 324 </&>
 325
 326
 327
 328 <&| /page/info_section.mas,
 329       title       => "Phenotyping trials",
 330       collapsible => 1,
 331       collapsed=>1,
 332       subtitle    => '<span id="trial_count"></span>',
 333 &>
 334
 335 <script language="javascript">
 336     recursiveAnnotations({
 337                          url:        "/cvterm/"+<% $cvterm_id %>+"/datatables/direct_trials",
 338                          content_id: "trial_div",
 339                          count_id:   "trial_count",
 340                          inflect:    [ 'trial', 'trials' ],
 341                        });
 342 </script>
 343
 344
 345
 346 <table id="trial_data" class="display">
 347 <thead>
 348   <tr>
 349      <th>Trial name</th>
 350      <th>Description</th>
 351   </tr>
 352 </thead>
 353
 354 </table>
 355
 356 <script>
 357
 358   jQuery(document).ready(function () {
 359
 360     jQuery('#trial_data').DataTable( {
 361       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/direct_trials',
 362        }
 363      );
 364   });
 365
 366 </script>
 367
 368 </&>
 369
 370 <&| /page/info_section.mas,
 371     title => "Images and figures",
 372     subtitle      => $image_subtitle,
 373     collapsible   => 1,
 374     collapsed     => 0,
 375     hide_if_empty => 1,
 376 &>
 377
 378 <& /image/print_images.mas, images => \@image_ids &>
 379
 380 </&>
 381
 382 <& /qtl/waitmessage.mas &>