t/unit/CXGN/SNPsIO.t

   1
   2 use strict;
   3 use Test::More;
   4
   5 use Data::Dumper;
   6 use CXGN::SNPsIO;
   7 use CXGN::SNPs;
   8
   9 my $io = CXGN::SNPsIO->new( { file => 't/data/test.file' }); #cassava_test.vcf' });
  10
  11 my @lines = ();
  12 while (my $line = $io->next_line()) {
  13     push @lines, $line;
  14 }
  15
  16 like($io->header(), qr/header/, "header test");
  17 like($lines[0], qr/1/, "first line test");
  18 like($lines[9], qr/10/, "last line test");
  19
  20 $io->close();
  21
  22 my $io = CXGN::SNPsIO->new( { file => 't/data/test_missing_header.txt' });
  23
  24 eval {
  25     while (my $snp_data = $io->next_line()) {
  26
  27     }
  28 };
  29
  30 like($@, qr/Header not seen/, "missing header test");
  31
  32 $io->close();
  33
  34 $io = CXGN::SNPsIO->new( { file => 't/data/cassava_test.vcf' }); #cassava_test.vcf' });
  35
  36 my @lines = ();
  37
  38 my @ids  = qw(
  39 S1_14740
  40 S1_14743
  41 S1_14746
  42 S1_14748
  43 S1_14749
  44 S1_14750
  45 S1_14755
  46 S1_14757
  47 S1_14895
  48 S1_14897
  49 S1_14900
  50 S1_14901
  51 S1_14907
  52 S1_14909
  53 S1_14911
  54     );
  55
  56 my @depths = (24235,24235,24206,24235,24235,24235,24235,24235,25058,25058,25037,25058,25058,25058,25058);
  57
  58 my $format = "GT:AD:DP:GQ:PL";
  59
  60 my @snp_raw = qw(
  61 0/0:3,0:3:88:0,9,108
  62 0/0:3,0:3:88:0,9,108
  63 0/0:3,0:3:88:0,9,108
  64 0/0:3,0:3:88:0,9,108
  65 0/0:3,0:3:88:0,9,108
  66 0/0:3,0:3:88:0,9,108
  67 0/0:3,0:3:88:0,9,108
  68 0/0:3,0:3:88:0,9,108
  69 ./.:0,0:0:-1:-1,-1,-1
  70 ./.:0,0:0:-1:-1,-1,-1
  71 ./.:0,0:0:-1:-1,-1,-1
  72 ./.:0,0:0:-1:-1,-1,-1
  73 ./.:0,0:0:-1:-1,-1,-1
  74 ./.:0,0:0:-1:-1,-1,-1
  75 ./.:0,0:0:-1:-1,-1,-1
  76 );
  77
  78 my @ref_counts = (3,3,3,3,3,3,3,3,0,0,0,0,0,0,0);
  79 my @alt_counts = (0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);
  80
  81 my $line = 0;
  82 while (my $snps = $io->next()) {
  83     print STDERR "Processing snp ".$snps->id()."\n";
  84     is($snps->id, $ids[$line], "ID test");
  85     is($snps->depth, $depths[$line], "depth test");
  86     is($snps->format, $format, "format test");
  87     is($snps->snps->{'1002:250060174'}->vcf_string(), $snp_raw[$line], "raw data test line $line");
  88     is($snps->snps->{'1002:250060174'}->ref_count(), $ref_counts[$line], "ref_count test line $line");
  89     is($snps->snps->{'1002:250060174'}->alt_count(), $alt_counts[$line], "alt_count test line $line");
  90     is($snps->snps->{'1002:250060174'}->accession(), '1002:250060174', "accession test");
  91     my $af = $snps->calculate_allele_frequency_using_counts();
  92 print STDERR " AF = $af\n";
  93     $snps->calculate_dosages();
  94 #    print STDERR "Calculating Hardy Weinberg filter...\n";
  95     my %scores = $snps->hardy_weinberg_filter();
  96    print STDERR Dumper(\%scores);
  97
  98
  99
 100     $line++;
 101 }
 102
 103 done_testing();
 104