mason/feature/jbrowse_exact_match.mas

   1 <%args>
   2     $feature
   3     $src_feature
   4 </%args>
   5
   6
   7 <%perl>
   8 my $jbrowse_url ;
   9 my $iframe_url ;
  10 if ( $feature && $src_feature ) {
  11
  12    # check if $feature and $src_feature are an object (as used in the locus and feature pages)
  13    # or a scalar (as used in the marker pages)
  14     my $feature_name= ref($feature) ? $feature->name : $feature;
  15     my $data_source = ref($src_feature)  ? $src_feature->name : $src_feature;
  16
  17     $data_source =~ s/(.*\d)(\.?chr?\d\d)/$1/;
  18     $jbrowse_url = $c->config->{jbrowse_path} . "/$data_source&loc=$feature_name&tracks=DNA,gene_models" ;
  19     $iframe_url = $jbrowse_url . "&tracklist=0&nav=1&overview=0" ;
  20     print STDERR "JB.MAS\njbrowse_url = $jbrowse_url\niframe_url = $iframe_url \n\n";
  21  }
  22
  23 </%perl>
  24
  25 % if ( $jbrowse_url ) {
  26
  27   <iframe style="border: 1px solid rgb(80, 80, 80);" src="<% $iframe_url %>" height="250" width="700"  name="jbrowse_iframe">
  28   <p>Your browser does not support iframes.</p> </iframe>
  29
  30 % }
  31
  32 <script language="javascript" type="text/javascript">
  33   jQuery.noConflict();
  34 </script>